Gene detail

Detailed information of ENSNOVP00005023521.1 in Eunicella verrucosa

Genomic Location: :...
NR annotation: XP_028403599.1, ATP-dependent RNA helicase DDX4-like isoform X2 [Dendronephthya gigantea]

Gene Structure

More details in Jbrowse

Sequence

CDS

ENSNOVT00005026751

acaatagcgagatctcatctaGTGGTGTCCCAGGCTCCTAGCTGATAGTGACTGGAGTGATTCAAGGGCTACATTTAGTGCTTTCTTAATCTGGTCGATAGATTAATTAAattaataaatttgttacagtaaaattgatttctaatcAAGGTAAATTTCTTGGCAACCATGCCAGTCAGATGTTGCACCGATGATGCTCAATCTTCCTTGTTGGGCACACCAATTTTGTGTGCTCTTGTTGacaaaaaatgcaaattaaaatgacaGTGTTGTAACAAAAGAAACCTCTAATGATTTAAGAaaccaaaatataataaatcTACCAAAAACGTAGTGTTAAAAGGTACTGTCAATTCATGTTTGCTGCATAAAGACATTTTTTTTTGCCGTCGCTACGTGTTGCTAAGGACGGATCCTTGAAAGTCAGTCGTTggtttttgtcaatatttgctaatttaaaaCGATTTCTTTAGCGTGTAAGGAATTAGGAGAATGTCAGTGCGtattaacatataaataaatatccttCGACCgcttaaatactaaaaaaatcctacatgcaagcgaaaaacgtttttaatcaagttgttattttatagatttgatttacaaaaatgtccaaacatttcttgttattatttaaaagtgtacaacagaatttatagaacttaccggtgaagagatacattcttttctttctacaccaaagcacggagcaagaattcggcatatttgaatttctttacaaactttgcaaaaagcaaattcgctttttaaaaaaaattaaaatgcacggggggtgaagcatagagattataaaagaatagagtgggcattcaggtcaaaatcgcgggacaaattgaagcatctaatgggggccaaatcacgctctctgattggctaacatcgcattccccggatgtcaacattgaaaattcccgattttaagtaGAGCGacaaaaatatctaactttaaaaacatcgacttttatcagtttaaacataatcgcagcaaggactaaaagctcaaaatcaacaggaatatctggacttcagtacaaaacaagttttggaccggtagaaatgttttaatttgtgtttttttggtgttgaagtgcgaagtttacttcgttgctcatcgctacgttgaaatttttgtcattttctgtactaaaatacggttactcttcagtcttttgccagaaataaatgtaaaatagccTAGACTgttgataaaaccaggtttcaatactcaacacgcagctaaatggtgaaaaaataaggttttttgtcttttgtgtctgcttttggcccccattagcaagcttcaatttgtcccgcgcgatatacgacattttttgcgagatgcccactctattcttttataatctctatggggtgaagttattttaatttctcattcattcaccgcattttagcttgtcagtggtctttaccatgaaaatacgaataattatgacgtcaaaatgacgtaaatttggccaaaatccgccatgtttttgcggacacttttttgactgacgagatgcgagagcacgatctccagatatattaagtatagctcagtggtcccAACCGAACAATCACGCAGGAAGGTCTGGGACTAGGCTAGTAAAATGCATGATTCTCATATATTCTCCACCTTTATTTTATGGATATTGCTTAAATTACGaataatccctaaaataagaGCATTCTACCTCCCTTAATAATTAGACAATGGTTTAGTCTATATAAGTAATGGTCGTGCAGGGCTGGGGAGGTTGCGCAATGGCGTTTAGGATTACGTTTGGGATTATCCTTAATTTAAGCAAtatgtacaattatggattatcccTAAATAAAGTTCGAGAATGTGCTGCACAGTATTTAAAGCAGTCATGCATGTTGTTAACAACTGAGAACATGCAAATGATCAGACATCTGCTGCTAATTGGCCTCATGTCATGCGTTTAAGCATACATCTTAATGATTTCATAATGCCTAGATGATGAATTGTGATCCCACTGAACCTTCGTAGCAATTCTCAAGTTTTGTTGTGGTGAGTATAAGAAACATTATTGtgcattttaataataatatcagTGCAAATAGCTGCTGCAGAGACTAAATGCAAATACAAAGATATTGCATAGTTTACATAGGTGCACACTATGGTGC

Transcript

ENSNOVT00005026751

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Protein

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00098	zf-CCHC	Zinc knuckle	Domain	Interproscan
PF00076	RRM_1	RNA recognition motif	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR001878	Domain	Zinc finger, CCHC-type	Interproscan
IPR036875	Homologous_superfamily	Zinc finger, CCHC-type superfamily	Interproscan
IPR000504	Domain	RNA recognition motif domain	Interproscan
IPR051714	Family	CCHC-type Zinc Finger Nucleic Acid Binding	Interproscan
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IPR012677	Homologous_superfamily	Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR23002	ZINC FINGER CCHC DOMAIN CONTAINING PROTEIN	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0003676	Molecular Function	nucleic acid binding	Interproscan
GO:0008270	Molecular Function	zinc ion binding	Interproscan
GO:0003723	Molecular Function	RNA binding	Interproscan
GO:0003727	Molecular Function	single-stranded RNA binding	Interproscan
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GO:0005737	Cellular Component	cytoplasm	Interproscan
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GO:2000767	Biological Process	positive regulation of cytoplasmic translation	Interproscan

KEGG pathway

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