Gene detail

Detailed information of EVM0013401.1 in Myxobolus honghuensis

Genomic Location: Contig00804:288733...295367
NR annotation: KAF1744987.1, hypothetical protein MXB_5677 [Myxobolus squamalis]

Gene Structure

More details in Jbrowse

Sequence

CDS

EVM0013401.1

ATGGAATCGCCTTTTGACAGGAACGATATTTGTCGAATATGTCACTCGAATGGGACCGAGCAGGATCCATTATTTTACCCTTGTCGTTGCGCAGGAAGCATAAAATACACCCATCAAGCTTGCTTATTAGAATGGCTAAAATCAAGTGGCAGAACCAAATGTGAAGTTTGTGGGACTGTAATCGGAATGATTCCACAAACACCCTCAAAATTATCGATTTTAGATTTCTACAAAGCCATTTCCGATATTTTCAAAAAATACTTTAAAATCTGGTTTCTAGCGTTCCTTTTTATCAATATTTTTGGAATTATTACTCCTTTATCGATCTTTCGGGTTTTGTCATTAGCTTTCGGATTCTTTTCGAATAATTACCAAAACGAGGAATCAGGTATTTTTATAGGATTGATGGCGGTTTCTTTAAGCGTGGCAATAGTTTTTACCACATTTCATCTTTTAGAACACCTTTCTAAACTAGAACAGCCCTGGTGGTTTGACCAGAATCATCCAGATGATGTTTTTCTGGTAGATGTGGAATCTGAGCCGTTTTCGGTGTCAAATTTCATTTCTGAGGGGCTTTCGGTTTTTAATAATTGGGTCAGGGAGGATGCACAGACAACGGCAGTAGAAATTGATATCATAAATGAAAATTTACAGGAAAATGTTCAGGATCAAGTTCCAATTTTTGTCGAGGAAGAATATCCGAGGATTAGGAACAGATTAAGACTTATAATCTCCTCGAATTTAAGCTTTGAAAATTTTCTATACCTAACCGTGGTCACGATTTCTATTATTTCTATAACATGTTGTATAATAATAACATTCACTGGTATGGCTACGTTGCGCATAAATAAAATTTCCCGCCATATCACCTCCGGAAAAATGCGCATGGGATTACTTTTCCCACTTTCCGAAGATGTTGACGAAATTACCCGATTTTTAAGCGAGATTTTATATGAACCCTTCTATTTTCTTGTTTCCAGGATTCTAAAATCATATACAAAATATATTTTTTATTTTCTTATTATTCAAACATTAATTCCATATTACATATCTTTCAAAATATTCAATTTTTCGAGTAATTTATACAGCCATTTAGAATTTTATCAACCAAAAATAGAGATTTATATGATTGTCCATTCTTTAATTTTAATGTTTAAAAGAATTCATTTTAAAGTTCTATTTGAGATTTTGACAAAAAATTGGTTCGAATTCTGTTCTCGATATCTCGACTTGGAATCGTTTTTATTCGGTCGTGTTCCATTAGTGGATGGGGATGAGGTCTCGGATCGACTTGGGACCTATTTTTTCTCTTCGGCTCACATCGACGAACGAGCTCGTTTGACTTGTTCGGCGCCGTTTTATAAAACTAAAAATTTTACCCTTAAAATCTACATTTTCGTTATAAGCACTTTATTTTTAATTACCGCCTCCCTTTCCACCCTTTTTTCAATTTTTACTATTCTGGGTTTTTATACGATAAAATTCATTTTTAACGAAAGAATCGAATCTTTTCATCTTTCTATAATGCTTGGAGTTTTTGCCTTTTTGTGCATTTATTCTATTACGGATGGACTGTTTAACTTTTCCCGCTGGTTATATCCAAATCGGACTTCTATTAAATTTAAAATTTTCCGCTATGTTTTATTCCCTATTTTCTGTCTTTTAACCCTCCCATACCTCAACGGAACCGCCTTGCGGCTGATTATTAACAAATTTGAATGCAAAGGCGGCGAAACTTGTCTGATATTCCCATCATATGATTATATCATTGGTTTTATCGTTTTGAATATGGAATCGCTCGCTTCACATTTTATGCCAGAAAGTGTGATTATTCACTACCCCATCTTCTATTCTTTAAGGACTTCGCTAAGACCATTTAATTTTGAAATTTTTATCTATGGGTTTTTGATGCCGTATTTGATAATTGTTTCGTCATTTATCGCGTTTCCTCATCTGATTATCTTTGGGTTCGGTAAATCCCTTGGATTAGATGCCAACATGCAGCATTATATTCACCAGAATGCTTATTTTTGGATTTTCCTTATAGCTTATCAAGATCGGTTAGGAACTACAGGTACTTTTTGGTTAATCAGACGGATATCAGATTTATATTCAATGTTGGCAATTTGTGACGTAGCCAGAAGAGGGGACTATTCGCCTTTTGCACCTGAGAAAACTTTCACCAAAAGTCAAATCGTTAAAAATTTGGAATGGAATAAAAAATTCAATGTAGTCCATAGGAATCTTCGTCTTGCCCAGCGCCAAATATTTTCAATATTTCGCTGTTATAATCTACAAGGGTACGTGCAGAGATTATGGTTTGAAATGTTGGCGATTTAA

Transcript

EVM0013401.1

Protein

Uniprot

Uniprot term	Description
Q8TCQ1	E3 ubiquitin-protein ligase MARCHF1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=MARCHF1 PE=1 SV=1
Q6NZQ8	E3 ubiquitin-protein ligase MARCHF1 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Marchf1 PE=1 SV=2
P40318	ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase DOA10 OS=Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) OX=559292 GN=SSM4 PE=1 SV=1

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF12906	RINGv	RING-variant domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR013083	Homologous_superfamily	Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type	Interproscan
IPR011016	Domain	Zinc finger, RING-CH-type	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR13145	SSM4 PROTEIN	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0030176	Cellular Component	obsolete integral component of endoplasmic reticulum membrane	Interproscan
GO:0030433	Biological Process	obsolete ubiquitin-dependent ERAD pathway	Interproscan
GO:0008270	Molecular Function	zinc ion binding	Interproscan