Gene detail

Detailed information of FUN_027849-T1 in Acropora pulchra

Genomic Location: ptg000021l:11646337...11677537
NR annotation: XP_029207354.2, uncharacterized protein LOC114971017 isoform X2 [Acropora millepora]
Species Acropora pulchra · all data for this species · gene families

Gene Structure

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Sequence

CDS

FUN_027849-T1

ATGACTTTCAGAGTGGATGATGACGTCACACTCGACTGCCGAGCAACTTCAGATTCTCCTGTTACGTTGTCATGGGAACGCGAAGGTTCTCCCCTTCCAAAAGACCGCTCGGTTGTAAAAGACGGAAAGCTTACCATTCGACGTATACAGAAGGATGATTATGGCATCTACACGTGTATTGCCAGCTCCAATGACGGAAAAGCAAGGCAATCGACAACTCTAGCCGTTATATCAACTCCCAGCAAGCCCAGTATAACTAGCGTGACCTTCAACGGCAGTACGGTTGTAGTCAGATGGCGACCTGGGTACGATGGAGGCTATCCTCAAAAGATGGAAGTCTGGTATCGACTCTTTCCAGATGACGACTACAAGTGGTCGTATTCGCCTCGTCTGTCAGCCAGTGTGACGTCATACAGGATTCCGGGCCTCCAGGCAGGGAAGCCGTATTTATTTAGTGTTCGGGGCGTCAACAGAGAAGGACTTGGGCCTTTTAGCGAAATGGTTGAAGCAAAGGGACTACCCCCAGAACTAAACCGTGACCCCAAAAAATCAGATAAACCCTTAGCTCCAGAGAGCGTCACTTTGAATATCACAAGAGACGGTTACCTCGTCTCTTGGCAATACAAGGATGTGCCCGGCCGACCTTCGGTGGAAAAATTCGTTATCGAATACAGAGAAGGTAATCACAGTTCAACGTGGTTTCGGGCGGATGACAATGTACCCGCGGGACGCAAGGACTACTTGTTTTCAGCAAAATTGGCGGAAGCGGATAAGTCATATGACTTCAGGGTGTCATCCTGTGACGCCACCAAATGCAGCGAGCCGGCTTATGTAACTGTGACATATAAAATCGCGTCTCCTGTTTTCGGCGTGAGCCCGAGCAGAAGTAACATCTATCGGATCATTGGTGGAGTTCTCGGAGCCATATGTGCTGTTTTGTTGATCGCGTTATTTTGCTTTTGTTGCTATCGCAAGAGGAAAAGAGATAAATTAAGTATCAATCAGTCTGGAAGTAAGAAAGTCCAGTTTGTCCTGCCTCGTTCCGAAGGGACGGAACCAGAAGAATCAGAAGAGGACTTTCTTGATGCCGAGATCAAGCTGCTACCCGAGGCTGTCCGGTTTGTTCCCGACCACAATGACACTAGCTATCCGTACGAAAAATACGCAAAGATGAAACGAGAAGAGGACTTTCTTTTAATGGGTCATGGCGGCTGTTACGGTGGCGATATGTTGCGTCGGAGTAATGTGGTCAACAGTGCATCCGCCGGCCACTCTCCGGAATTATCGTTGGATTCGGAGAAAGTTCGTTTCTTTGGCGATTTTGAGACACGGGACGGGCAGTCTGCTTGGTATGACTGTTCGCTCGGTAAGCCCGCATCCCGCGAGGTGCGGGATTCCTTTGATCAATTTTGCAGAGCCGATATTGGGTCGAAGGACTCGATTCACAGATCACCCACCGGAAGCAATGGAAGGAAGTCATCACAGGACCAGATAGGATCGAAAGGCGCGTCGAAATTTGGATCAAATGTCAGCCTACCTGAGGGAAAAGCAACCAACGGTAATTTCCGAAACTCACGCTTTACGCCAATAAAAGAGGAGAGCCCGCGAGAAAGGGATGTCCCACGAGGGAATGGAACCCTCGGACGCAGACAGCCACACCATTGGTCTAGCCCTGCGGTTTATTCCAAACGCCAAGATACAAATAACAACAGCGACGGAAAGAACTCTGATTCCGATTCGGGGGACTCCTCGAGTAGAGGTCGGACAAGGCGACATCGTCCTCATTCGTTGTACGAAGGCAAGCTTCGGCCAATTTCGGAACAGGATGCGGATGGTAAGCTGCGTTGCACCTGCGATGCAGATGAAGAGTCAGACGACTATGCAAATTATCCGACTTTAAAGCTTGGTGAAGGTGGAGCACCTCTTACGTCTGAATCTTCGTCGTACCTTCATCTTGATAGATCAGACACACTCAAGCGTCCCTTCCCTAACCGATCCAAAGAATGGAATGAGCCTACACCCGGTGAACCCTACACCTCGCATCGCCACAGGAGGCCACTTGATACAGACTCAGAGAATAGCATATCTCCTGCAATATCCTTGGCAACGCTTTCGGAAACCGAGAGTGATCAAGAGATTGCCCGAAAACTTTACGGCAGTAGGTCGAGCGAGACAACGAACGGTGCTGTTGCAGCGACTCTGCCTCGTGCGGTTAAGAAATTGAAGTCGAATGACTCCGAATCTTCTTCGGACGAGCACGGGTTGCAAAGGAGTCGAGATCGATCGCGAAAATCATCTCCGCCTGTTTATAAGGACAAAAAGCCTGCGTCAGTCACAGATTTGGAATTAAAACCCGTGGATAGATTGGACTCCATGGAACTACTGAAAGCATGCGATCCTTACTTCAAGAATAGTAATCCTGTATCGCGCTCATCGTCAAACGCATCGAGTGGGATTGGCTCTGTTCCAGTATCCTCTTGCGAAACCAATAGCATTGAATCACCTCGGGAGAGACGACCCCGATTTAGCTCACGATCATCTCTCGATCGTGCCTCGAGTGGTTATAACTCTCCTCGGGAGAGCCTTCGGAGTTCTTCGCTTCGACCATCACAAATGTCCACCTCGGCTCGTTCATCGGTTTCTAGTGACAGGACTTCAACTGACCGCACGTCGAGCGGGTACACATCCTCGCGGGACAGCTACGAAAATACCGAAGGCTTACGGCCAGAAGATTATTCCAAAGCTCACGCGCAAATGCGATTGAGCGGGAAAGGAAGGAGGTCTGATGAGAGTTACGATTTAGATCCATCATCGCACGACTTACATGAAGTGGAGACTGAAGGATCAGCATACGATCCTAAAGTATTTGAGGAAATCATAGCAATGCAACAGGCAATGGGCGTGAACTTAGACGGAAGTGACTCTAGCAGGGAAAGCTTGAAAGAAATGGCAAAACTTAGTAATTCCGAGATGATGACGTATTCTCCTAGAATGTCGCCTTCAAAGTTTAAAGTTGATTTATACAGCGACGAGGAGAAAGATCAGCGTTGTACAAAGTTGATGGCAGAGTATAAAACGAACAAGAAACTTCAGGACGTGAAGGCGAGACCAGGAAGTCAGATATATAGAACATGGGATCTCTGA

Transcript

FUN_027849-T1

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Protein

UniProt (Swiss-Prot top hit)

UniProt accession	Description
Q9QZS7	Nephrin OS=Mus musculus OX=10090 GN=Nphs1 PE=1 SV=2
Q9R044	Nephrin OS=Rattus norvegicus OX=10116 GN=Nphs1 PE=1 SV=2
O60500	Nephrin OS=Homo sapiens OX=9606 GN=NPHS1 PE=1 SV=1

Gene family

Family type	Membership / link
Orthogroup (gene family)	OG0002547 (this species only)

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF07679 all species →	I-set	Immunoglobulin I-set domain	Domain	Interproscan
PF00041 all species →	fn3	Fibronectin type III domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR013098 all species →	Domain	Immunoglobulin I-set	Interproscan
IPR036179 all species →	Homologous_superfamily	Immunoglobulin-like domain superfamily	Interproscan
IPR050964 all species →	Family	Striated Muscle Structural and Regulatory Protein	Interproscan
IPR036116 all species →	Homologous_superfamily	Fibronectin type III superfamily	Interproscan
IPR013783 all species →	Homologous_superfamily	Immunoglobulin-like fold	Interproscan
IPR003598 all species →	Domain	Immunoglobulin subtype 2	Interproscan
IPR003961 all species →	Domain	Fibronectin type III	Interproscan
IPR003599 all species →	Domain	Immunoglobulin subtype	Interproscan
IPR007110 all species →	Domain	Immunoglobulin-like domain	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR13817 all species →	TITIN	Interproscan

Gene Ontology

GO term	Category	Description	Source
GO:0005515 all species →	Molecular Function	protein binding	Interproscan

Search by domain instead of by gene. Any accession above (InterPro, Pfam, PANTHER, GO, KEGG) can be used as a query on the Functional Domain Search page, which searches all 148 annotated genomes at once.

KEGG pathway

No KEGG orthology assignment for FUN_027849-T1.

Searching by KO or pathway ID across all species is available on the KEGG Pathway page.