Gene detail

Detailed information of FUN_028831-T2 in Acropora pulchra

Genomic Location: ptg000022l:4735589...4767021
NR annotation: XP_029201471.2, exonuclease 3'-5' domain-containing protein 2-like [Acropora millepora]
Species Acropora pulchra · all data for this species · gene families

Gene Structure

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Sequence

CDS

Transcript

FUN_028831-T2

TATGGCGACCGCATGTGCCAGATTACTCTAGCTTTTCTAAGTTAGAATGAATTTTGCGATCTGTCCTTCCCTTTTCTGTTCAAAGCGTAGAAATGGATAATAAGGGAGATAGCGTGAACCAGAGTGTCGAATCTAGTTGCTCTCATAGCAACGAAACCAAGGAAAACTCATCACCGTTGGAGCCAAACAATACACGGAGCTTACATTCATTAGTTATCTCATTTGTAGCAGTTTTAGGCTGGTTTCTCGGCTTTCTACTCTTTAGGCCTGCTGGAGATATCAAGAATTCGACAAATATGAGCTCTTCTCAAGGAAGGAAGCGTCCCAAAGACCCGAAAACAGCACGAGTTTTTGTGATAGACGACGCGTCTTCTTGTGATAAACTTCTGCAATTTCATCGTTCAAAATATGCTTTCAAGTTGAATTACATTGGCATTGACTGCGAGTGGGTAAACAATGAAGGCCAACAGAATATGCCCGTGGCATTACTACAGATTGCTACTCCACTGTGTGACTGTTTTCTTGTTCGTCTGTGTAAAATGGACGGTCAAATGCCTCAGATTGTTAAAGAGATTTTGGAGGACAAGACTATTCTTAAATTTGGTGTTGGTATCCAGAATGACGCAAAAAGACTGTTGGAAATGTTTGGTATCCATGTACGAGGCTGTGTAGACCTGAGACATGTTGCACAAAGAACTCAGTTGAAGAATGGCGACCAAAGGTTTGTGACATGGGCCCATCCATTTTGAAACTGTATTTTCCAGTCATACAGTAGAACCCCGCTAACTCGAACCCCTACAACTCGAACAACCCCGCTAACTCGAACAGAGTCTCAATTCCCTTGGATTTGAACTAACTTTTCAGTCATTTTTACCCGGATAACTCGAACCCCGATAACTCGAAAACCCCGCTAACTCGAACAGATTTTTGCTTCCCTTGACCAAAGTTTACCCCGATAACTCGAATTTCTGGTTCTTATAACTCAACAGGAAGGTCAATTGAGATATCCCATTAGCTTTTCTTATTGTGTGATCGAACTCTAGAACAAAGACTGGAGCAATTTGATTTTAATTAGTCAAACGAACAGATCACGTAATTGACAATTACATGAGATCATAGAGGCATTGGCAGAACGAAACTTCAGGAGCTCCCAACGACAGCAGACGCTGCTTTCTTTTTTTGGTTCTAAAATGCAATCACCACTGAACAATAGGGACCAGTAAGAACGTTACGTACAGTTACATTTACAGTCGGTGCAGTTTATCGTTACAGTTGTTTAAAATGTTTTTTTTTTCTTGAAATAAGTTTAATATCCGTAATTTGCACTACATTGTATACCGAAGTGCTGAAAATCAATAAACTTTTAATTATTAACCTAAAATATTGAATATTTTAATCGACCCCGATAACTCGAAACCCCGCTAACTCGAACAGATTTTCGTTTCCCTTCAGAGTTCGAGTTAGCGAGGTTCTACTGTAGTTACTAAAATATGGAAACAGCCAAAGCCAGCAAAACCACCAACAACCACCGACAAAACCAGCCAAAACGACCGAAAACCATCTACAATTTACCTTGATATGACCGGTTTGTGTGATATTCGTGTAGATGGCCATCTGTGATGTTGTGTGACTATCGCGTTGACAGACCAGATAAGAGTGTCTTGATGTGAGATGTGTAAAAAAGAACCAGGTAAAAACATATCGAGTGCATTGTTTGCATGTTTCACAAGAATGAGAGGTTAAGATATTCATCAGTCTTTGCTTTTGCAACTCTTCAATTGCAAGACAAGCCGATAGGATTTGAGATGAAAATCCTATGTCAGAATTGCCACGCGAAAATTTAGTCTTGGTATTGACTTGACATCAGTATGAGTTGCAAAAATATATCTGCTGGCCTGTTTTAGGGTAGAGAGCACGCTTTGACATTTCTTGAGATTTTTAATGCGAAGTTCACGATAAGGCCAAGAAAATTCCACGCATAATTGTCAATGTGATAGTCCCACAACATCACAGATGGCCATCTACGCAAATAGCACAGTGACCTGTCAAACCGGTCATATTAAGGTATAATGTAGATGGTTTTAGGTCATTTTGGCTGGTTTTGAGTCGTTTTGGGTGGTTTTGGCTGGTTCCATGTTTTAGTAACTACGATTTTCCAGTGCATAAGTTGACTATTTGAGTCTTACGAATGACTCCAAGAAATTGACCTTTACTTGTTCACTGACGAAAACCTCAATGGTCACCCAGTGGACAGAAAAATAGCACCTCATTGGTATAACCATAGTAATAATACACATGAAAAAATTACTCGATTCTGATTGGCTGAGAGCAGTGCAGTTCAAGCATAACACCAGTGCAAAAAGTGTAACACCAGTACAAATTACACATTGTAATTCTGGATTATGATTTGCAGAAAGACATTGAGAAAGTTTGTAGGTCAATGATCTCATGTAAACAGCAATGGCCAAAATTTTGTACAGAAACTCTGAAAAGCGTTTTCTCAAATGCAAAAAAAGAGCTTCAAGAAACATCTTTTTCCACAGGAATTTTTTCATGTTTGTATTATTAATAAGTAATCATACAGTTTTTCTTGTTCAATTTGGAATTAATTTGCACTTGTGAGTTTTTCAAAAAGCTGAAATTGCACTCCCCGAAGCGGCTCGTGCAATTTCAGCTTTTTGAAAAACTCACTTCTGCAAATTAATTCCAAATTGAACTTGAAACCGTAAGATTACCTACACAAATTCCAGGACACAACAAAGAATTATTATGAGGAAAACTTGGAGTTGAATATTTTAGCTGGAAAACGCTTTTGTACAAACTTTAACTACCATAATTACGGGAAATACAGTCTGGTCTCTCATTTAAAAATTTATTTTTTTACTTTTTAAAGAAACTGTGGTGCTGTGTGAGTGGGAGAGTGAAATTAAAACTTGGTTTTATCAAAAATAATTAATGAGTTGATAAAGGTGAAATTACCACTGTGAAAGATTTGGTCAGCTGCCGTTCCCAGTATTAGGCCTCCATCAGATTGAATCAATCATTTGCAAAGTGAACTCATTGCTGCTTTTTAGACTAACATGAAGGTGTATGACATCCTTGCAGTTTTTATTAGTGCTACTGAAGCAGTAACAAGAAAGGCCTGAAAAATTCAGGCGTGATGGTGCAGTTTAAATCCCAGTTAAATCTCCAGGCCTTTCTTGCGACTGCTTAAGTAGTGCTCAAAGAACTGTGAGGATGATGCACATTCATTTTAATCCACACTTCTTGCTCATGAAATTCTTGTATTAACATCATATTATACCCTATTTTCCAGTGTATAAGTTGACTAATGTAGGAGTTAACCCCAGGGAGTTAACCCTATTTATTGTGGCTTAAAGTTCAGGTTTTACTTATTTTTAGCGTACAATCCGATTTAGAAATCCTTGTATTTTGCTGAAACAGAGTTCCATGCAGAAAAAATTTGTATTATATTTTATGGAGTGACTGATTTCAATGCAAGTTATGTTGAAATTTCCAAATTAAATGCGATGCTTTTGAGAGACAGTTATTTTAACAAACTTGAGAATTTTTGGGTGATGTATGGAAACCTTTTTGCCAAGCGATATGTCAAAACAATTCCAAAACATGAAATAATGAAGTCACAGTAAGACAGCGGAAGGCACATAAAAGCGGCAGGCAACGAGGATCAGGAGACTTGATGGGGCTGAATTAAAACATTGTGGCCAGATTCCGGTCAACCTCGTTCCCAGGGTCTCTCATTTTAACACCTCTCTCCTTGCTCACCCTACGCGTTAAGATGAGAGACCCTGGGAACGAGGTTGGATTTCAGCATCCAGCATGCAGGCCTGGTTACCTTGAATCTTGAGTAGTTCTTATCCTGATCTCACCATTATTGTCAACAAGAACTTGCAATTATTATCGTTTGAGACAAAAAGACCATCTCATGCAATTGAATATATTTACATACTGTAAGCTTTTTTGTGGGAATTAGTCTGAATTCTTTTACTAGTACCTTCTTCATATATAGCCAAAAAGTTATATTTCATTGAGGAAAATTTTTACCAATGATGTGGGGCTACTATTTTCTTGGTAACATCTTTTTTTAGTAACCTGTATTACTGGAAATAATTATTTTTTGTGGTTTGTTTTTTATTTTTACAACATAGTTGTCAGAAAATGAGTCTTGATGCCTTGGCCAAGAGAATATTGGGAGTTAAATTGAATAAATCTTGGAGAATTCAATGCAGCAATTGGGAGGAAGAAAAGCTCAGTGCGCAACAGATTGAATATGCTATGAATGATGCTTTGGTTGCAAGCCATATATTTCTTATGTTAGTGAAAGAAAAGGCCAAGCAAAGCTTAGATTCAGAGGATTTTTCCTCTGGTAAAGAGATGTTCAGTGTCGGAGATGTTTGCAGTAGAGATGACGGCACAAACCAGTCATCTGCCATTACAGGCAAATGTCACCCAGACAGTAGTGAAACTTGTTTAAACTTAGAGCAGTCTGGAGTAAATGTTGAACTTTACTTGACTGGCCAAGAAGCAGCAACAGGTTACAATGAACACCATGACAGCCCTCCATCAGAATTTGCAGAGAACAGAAACCTTAACCAGGAGGGCAAATATCAGGAAAAAATCGATGATCAGAACACAATACTCACTTGCAGAAGATCTGCGGTGAAAGGAGAGCATTATTTATTTCCTGATTCTCAAATTTGTGATAAAACTTTTCAAAGAATGGCCAGTGGTGCTTATTATTATGAAACTACGGTAGATCTTGGCAAGTTTGAATATGATGAGATGGCAGGATACCTTTCAAGGGACGAGGTCATCAGTCTCATTTCTGACCCTTACTTTGCTCAAAGAGCAGGTTCACTCTGTCAGGGTGTGATCGATATGGCATTCAAGGCAAGAAAAAGGAAGGTGATTGACAAAGACAGTAACTCTTTTAGTCAACAAAAATCACACAAACCTTACAAAAAGGGCACAACAAGAAA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Protein

UniProt (Swiss-Prot top hit)

UniProt accession	Description
Q9NVH0	Exonuclease 3'-5' domain-containing protein 2 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=EXD2 PE=1 SV=2
Q8VEG4	Exonuclease 3'-5' domain-containing protein 2 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Exd2 PE=1 SV=2
Q5UQM4	Putative 3'-5' exonuclease R431 OS=Acanthamoeba polyphaga mimivirus OX=212035 GN=MIMI_R431 PE=4 SV=1

Gene family

Family type	Membership / link
Orthogroup (gene family)	OG0002464 (this species only)

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF01612 all species →	DNA_pol_A_exo1	3'-5' exonuclease	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR002562 all species →	Domain	3'-5' exonuclease domain	Interproscan
IPR036397 all species →	Homologous_superfamily	Ribonuclease H superfamily	Interproscan
IPR051132 all species →	Family	3'-5' Exonuclease domain-containing protein	Interproscan
IPR012337 all species →	Homologous_superfamily	Ribonuclease H-like superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR13620 all species →	3-5 EXONUCLEASE	Interproscan

Gene Ontology

GO term	Category	Description	Source
GO:0003676 all species →	Molecular Function	nucleic acid binding	Interproscan
GO:0006139 all species →	Biological Process	nucleobase-containing compound metabolic process	Interproscan
GO:0008408 all species →	Molecular Function	3'-5' exonuclease activity	Interproscan
GO:0005634 all species →	Cellular Component	nucleus	Interproscan
GO:0005737 all species →	Cellular Component	cytoplasm	Interproscan

Search by domain instead of by gene. Any accession above (InterPro, Pfam, PANTHER, GO, KEGG) can be used as a query on the Functional Domain Search page, which searches all 148 annotated genomes at once.

KEGG pathway

No KEGG orthology assignment for FUN_028831-T2.

Searching by KO or pathway ID across all species is available on the KEGG Pathway page.