Gene detail

Detailed information of FUN_029664-T2 in Acropora pulchra

Genomic Location: ptg000023l:4216807...4236265
NR annotation: XP_044163993.1, transcription activator BRG1-like isoform X2 [Acropora millepora]
Species abbreviation APULC · all data for this species · gene families

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Sequence

CDS

Transcript

FUN_029664-T2

GGAAAAATGACAATGGAACTAATTTTGCGGGTGAGTAACTTTTGGTTAAATTTTTGGCTTTGACGAGATGTGAATTGATCCACAAGTTCCTCCCCAGTCCTCTTCACTTCCTCGCAAATCTTCTCAGATGGCGCACACGCAGGCAGGCGACACCTGCGGTATGATTTGGTTCCTGATCAACAAAAAATTTGGCCTCTGGACGAAGAAAGAATCACAGGAAATATCTCTCTATTACTTATTTAGTTATTTGATTCGTAATGGAAGTCGAAACACTTTTAAAATCTGCCTTTCACTTGCACTGCTTTTTTTGTAGCAGCATTCAACTGTTCACAAATGTTGATGTTTCTGGCACTTAAATTTAATTACATGTTTTTCTGCCGAATTTGTCACCCACGCCGAGATAGCTCAGTTGGGAGAGCGTCAGACTGAAGATCTGAAGGTCCCTGGTTCAAATCCGGAGAGTTCGGTATGAACTCTGAACAATCCCGGGTCTCGGCAAGTGATTTTGTTTTTTTTTTTCTTCCCGTAGTTAGTATTGCTTTTTCTCAAGCGCCTTATAATTGTTCGTACGAAAGTAGATGTTGAATTTGAGAAGGCACTTTTCAAAAGAATAACTTGTCGGCGCATTAAATGACCTTTTCTGACATTGGTATTCAGGTGAAATGACTTTGAAAACAGACACATTATAGAGGAATGAAGAATAGCTTTCGAAAAGTAACCTCTGTAACCTCTGTAACCTCTGTTCACAGTAAAGTGAAAACATGTCATTCCAAAAATGCTGGTATTTTTCCCGAAGGAGGGTGGTTGGGGACCGGACGTGACAAGCTTGTGCACGCTTCAAGACGAGACTGCGTGGACATGCGCATTGTTGAGACGAGTCCATGATGGTTCACTCGCGGTTCTACAGCAGGGCTCGGTGAGGGTAGTAGCCAACTTTTTGCCCATTTATCTCAAGGAAGAATTATTGTAGCGTGACAACATTGTTCGGCAGCATGGCATCGATGGCAGGTTTTCAGTACACTCCAGAAAACATGCAACGCCTAGAAAAGGCTTTGCACACGATGCAGGAAAGAGGCATGGAATCTGACCCTCGATATGCGCAGCTGTTGTCATTAATGAGAGCCAAACCTCCAAATCTTGATATGTTAGATGTTGGCCATGGCTCTCTGCCACCCGGTCCCTCGATGTCTTCAATGGGTATTGGAAGCATGCCTGGTGCCACAATGGGAGACATGCAATCGAGGAGTTCCCCCGCACCAAATATTATGTCACCATCAGCACAGAAGGCACACGCTTTCTCTTCACCACAGCTTCTTCAGTTGCGAGCACAGATCATGGCCTACAAACTGTTAGCACGTAATCAACCTCTTCCAGAACACATTCGCAGTGCTATCCAAGGCAAGGCCTCTATAGGGAAACCGTTATTGAGTGGTAGTGGGCCTGCACAGTCGAGTCAAATGTCGTCAATGAGTCAAAATCAAGCAGTGAACCAAGTGACTCCTCAAAGTCAGGCAGCTATGGGTGCTGGAAGTGGAGTAGCATCTGCAACTGGTCCTGTTCCAAATCAAACTGCTTATAATGTCCCTGGAATGACATCCGCTCAGCAACTCCAGAGCAAACAAACAGCTGGATCTACACAGTCATCAAACACAGCCTCTTGGGCGGCAGCCAAAGGTGCTGCTGCCAGTGCAATTGCTGCAGCCACACAGCAGCATAAGCTGAAGGAACAGCAGCGTCAGGCATTGGCACAGCAGCAGCAGCAACAACAGCAACAGCAACAACAACAGCAGCAGCGCAAGGCTTCATCACAGGGTTCATCAGCACAAGGAGGGATTCAGATGCCTAGTAAACCCAGACTGGCACCTGTAGCCAAACCTGTTGGACTAGACCCTGTTACTATTCTTAAAGAGAGAGAAAACAGAATCCAGGCACGTATTGTGCAGCGTATAAAGGAGCTGGAGGGATTGCCAGGGAGTATTCCAGATGACTTGAGAATGAAAGCTATGATTGAATTGAGAGCTCTTAGGCTTCTCAACTTCCAGAAACAGTTAAGAGCCGAAGTGGTTGCATGCACAAGAAGAGATACCACTTTAGAAACTGCTCTGAACTCCAAAGCTTATAAACGAAGCAAGAAACAGTCTCTTAGGGAGGCAAGGATCACTGAAAAGCTTGAGAAGCAACAGAAGATGGAACAAGAGCGAAAACGTCGCCAGAAACACCAGGAGTACTTGAACACCATACTGCAACATGCACGTGACTTCCGTGAATACCATCGAGGAATCCAATCCAAATTGGTGAAACTCAACAGAGCTGTCATGAGCTACCACTCTATTACGGACAGAGAGAAAAAGAAAGAAGAAGAAAGAATTGAAAAAGAAAGAATGAGGAGACTTATGGCTGAAGATGAAGAAGGCTACAGAAAACTTATCGATCAGAAGAAGGACAAACGTCTGGCGTACCTTTTGGCACAGACAGATGAGTATGTTGCCAGCCTTACAAAAATGGTCCAACAACACAAAAGAGAACAACGGAAGAAACACAAAAAAGAAAACAGGAAACGCCGCAAGTCGGACTTTGATGATGACGAGACACCAGATGCTGATAGGCATGTACCTGTGGTGGACACGGAAACTGGAGTGGTCCTTAAGGGAGAGGATGCCCCTGTCGCGCATGATTTAGATCTGTGGCTGGAGACTCATCCAGGCTATCAAGTGGCTCCACGTCAGGAACAGGAGTCAGATGAGGACGAAGACGATGAAGATGAAGACGGTGAAGCTAGTGATGTGGGAAAGGATGCTGCTCAAAAGAAGAGTGAAAAGGAAAAGAAAAGAGAAGAATATGGAAAGGATGAGGAGGATATACAGGAAGAAGAGTAAGAACTAATGTGTTTCCTTTTTAAGTGACAGTTGTACTTGAATTACTTTCCTAACCTTGGTGAAAAAATAGTTCTCTGTGTACATGTACATGTTGTTATCAAACAAGTTAAGCGGTGGCAGGCTAATAGTTATACGAAATCCAACATTTTTGGTTGCTCAAAATTGTCAAAAACGTCAGTGAAGAATCACCACAGGACATGTTGTTAGTGACCAAGTTAAGCAGTGGTGGTTGAGGAGTCTTAAGAAATCCTACATTTTTGGTTACCACTACTTTTCTTGGTATTGTTTAGTACTCTATGTGAAATATTACAATGAAATGAGAGAAACGCAGACACTCCAGAGCCAAACTTAAATATGGTGGCCATGTTTTCTGTTGTGATATTAGGGAGCTTAAGCATGCAACGTTTTAGAGCCACCGACGGCAACCGGAAGTGCTCTGTTTCCGTATTTAACTTCTCTCCACACTTCCACATTAATGTTGTTAAGTCTCTTTTCACTAGCAGATACGATTAGTTTGAAAATATGAGAGAGACCACTGTCCTAGCGTGCTAAATGTTCACTTCCGGTTGCCGTCCGTGGCTCAAAAACGTTGCATGCTTAAGCTCCCTATTATCACGTGGATGGGACATGGACCATAATTATTGCATAATTATGTTACAATTTCTTGCTTATCTCTTACAAGTGTGGGTAAGAATGACAATGACAATGGCAATTGCAAAGAAATTGACTTTGTGAAATACACCTTTTGTGGATAAAGACAAGTAAATTATGGCCAGAAGCTAGCTTAATTGCCAGAATGCCTTTTCTGCTTGCCATCATTGCAAACAAAATAGCTGCCGCTTGGACAACTATCTTGATCTTGAGTGCAATCTCCCAGCATTTGGACCAGCTTTGATATCGTGTATGTGGCCCAATTTTTGCATGCATTACTGTACTTTACAAATGCATTTCAGAGTTGATGACCCAGCAGCCATGGAAAGTCGGCAGTACTACAATATTGCTCACAGTTTCCAGGAAGATATTACTGAACAGCCATCCATTCTTGTTGGTGGCCATCTAAAGGAATATCAGGTATGCTTACCACTGTATTATAATCTCATTCCAACAGTTTTTTTGACTATTTAACAATTAGAACCGTAACCCGAAAGGTCTACGGGCAATAGCCCATGAGGCGAAGCCGAATGGGCTATTGATCCGTAGCCCTTGAGGGCAAAGGGTCTAATTGTTTTAGTATCACCCAACTAGTAGGACAGAAAAAAGCAATAATAAATTCAGCAAAAAAAATATTTATTTGGGAATAAAACGAAATAAATAGGTTGACAAAACCGGCGAACTTCACTACTCGATGACTATTGCTAATAGACCTATAGTAGCTTAGCCAGTCAAAATGCTGGATTTGCATTAGTCCACTAGTTGGGTGATACTAATAATTAATAGTCACTCTGGACTAAAATTCAACCAAGGGTTCAAGTGTTCCATTTTTAAATGATTTTATTGTACATGTATGTATGTATATAGGTATAAATAATTATATATTTGTTGTTCACTTTCAGTTGCGAGGACTTGAGTGGCTGGTTTCTTTGCACAACAATGCTTTGAACGGCATCCTTGCTGATGAGATGGGTCTTGGAAAAACCATTCAAACAATTGCTCTGTTTGCTTATCTGATTGAGATCAAGAAACTCAATGGCCCCTTTTTGGTTATTGTTCCCCTATCGTAAGTAGTACAATTTGCTATAATTTATTATAATACAGTGGAACTTTAATTACTGGAACCTCATGAATATCATGTTAAAGACAGAGATGAACATCAGGCCCAGTTCCTCAAAGCCCGATTAAGCTAATCCTAGATTAGTGGAAAATTTTAATCGCTATTTAATTATTGTTAAAGAAGGATTTTTCACAAGATTCAGGTTTAAGGAAAAGAAATATATAATTTGCAACCTTTTTGGGCCACAATTTTGTTGAAACCCTTCTTTAGCGGTCAAGGAATAGCAATTAAAATTTTCCACTAATTCAGGGTTAGCTTAATTGGGCTTTTATGAACATACTGTATATGTTTTATAAAATATCTGGACATCATGACTGTCTTAAGTTATCTTGGTCATAGTGAGTTAATGGAGG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Protein

UniProt (Swiss-Prot top hit)

UniProt accession	Description
A7Z019	SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4 OS=Bos taurus OX=9913 GN=SMARCA4 PE=2 SV=1
Q8K1P7	SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4 OS=Rattus norvegicus OX=10116 GN=Smarca4 PE=1 SV=1
Q3TKT4	SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Smarca4 PE=1 SV=1

Gene family

Family type	Membership / link
Orthogroup (gene family)	OG0002797 (this species only)

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF07529 all species →	HSA	HSA domain	Family	Interproscan
PF08880 all species →	QLQ	QLQ	Domain	Interproscan
PF07533 all species →	BRK	BRK domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR014012 all species →	Domain	Helicase/SANT-associated domain	Interproscan
IPR037259 all species →	Homologous_superfamily	BRK domain superfamily	Interproscan
IPR014978 all species →	Domain	Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ	Interproscan
IPR006576 all species →	Domain	BRK domain	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR10799 all species →	SNF2/RAD54 HELICASE FAMILY	Interproscan

Gene Ontology

GO term	Category	Description	Source
GO:0005524 all species →	Molecular Function	ATP binding	Interproscan
GO:0005634 all species →	Cellular Component	nucleus	Interproscan
GO:0006355 all species →	Biological Process	regulation of DNA-templated transcription	Interproscan
GO:0005515 all species →	Molecular Function	protein binding	Interproscan
GO:0003677 all species →	Molecular Function	DNA binding	Interproscan
GO:0008094 all species →	Molecular Function	ATP-dependent activity, acting on DNA	Interproscan
GO:0008134 all species →	Molecular Function	transcription factor binding	Interproscan
GO:0045944 all species →	Biological Process	positive regulation of transcription by RNA polymerase II	Interproscan

Search by domain instead of by gene. Any accession above (InterPro, Pfam, PANTHER, GO, KEGG) can be used as a query on the Functional Domain Search page, which searches all 148 annotated genomes at once.

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	Pathway	Map ID	Source
K13114	PNN; pinin	-	Spliceosome	ko03041	deepkoala

Searching by KO or pathway ID across all species is available on the KEGG Pathway page.