Gene detail

Detailed information of HOLI00216.G41250 in Hydra oligactis

Genomic Location: HOLI00216:467036...635980
NR annotation: XP_047125795.1, vacuolar protein sorting-associated protein 13A [Hydra vulgaris]

Gene Structure

More details in Jbrowse

Sequence

CDS

HOLI00216.g41250.t3

ATGGTACTAGAAGCTGTAGTGGTGTCCATTTTAAAAAAGTATATTGGAAAATATATTGAAAATTTTGATGGAAAAAATCTCACTCTTAGTCTATGGTCAGGTGAAGCAACGTTATTTGACTTGGAGCTGAAAGCTGAAGCTTTGGCTGAGTTAGATTTACCTATTCAAGTAACATCTGGATATATAGGGAAATTGTTTTTAAGTATACCGTGGTCATCACTTTATACGCAATCAGTAATCCTGAAGATTGACAGTGTATTTGTAGTGGCATCTCCGCAAATTGAATCACCTTATGACGAGGAACAAAATAATAAATTCAATTATATTACCAAGCAAAATCAATTAAATTTTATTACCAATCTAAAAGATAAGGAAAAAGAAAAATTAGTTGATGCTAGCAATGACACATTAACAGAGAAACTTACTGCTCAAATTATAAAAAATATTCAGATTTTAATAACCAACATTCATGTGCGTTATGAAGATAAGACATCTAACCCTTCATCACCATTTGCTTTTGGGGTTACTTTGAATGAACTATCAGTACAGACAACAGATGAAAACTGGTTACCTTCAATTATTGATGGACCAGCACATATTATATATAAGATGATCAAAGCTACAAGTGTATCGGTTTACTGGAATACTAATATAACACAATATGCAAAAGGACAAACTTATTGGAAGAGGTTCATGAAAAATCACATTAACTTACCAGATAAGATAAACCCTCAGGAATTTTTAATAAAGCCTCTGCTAATTGCTGTTGAGTTAAAAATTGACCAAGATCTCGACAGTTCATTGGGTCTTCCTAAGTTTCTTCTTGATGTTGTTCTAAAGGAGATATCAATAGAGATTTCAAAGAAACAATTTGAAAGCATGATTAATTTGATTGAAACATTTGAAAGAATGGCAATCAATAGTGTTTATCGAAAATACAAACCTCTTGTAAGTGTCAAAGAAAACCCTAAACTTTGGTGGAGATATATATTTGAGAGTTATGTTGAAATTAAATATAAATGCTGGACATGGGAAAGAATAAAACAGCACAGAGATAACTACAGATCATATGTAGATTTTTATAAAGAAAAGTTGAAAGATCAGTATCTGAGTCTAAACAACATTAAAGTATACAAAGATTGCGAGATAGCAGAGGAGCTTCTTGATGTAGCAAATATATTAATTGCTAGAAAGCAAGCTGAAAACGAGTTTAATATTGAAAAAGAAAGTGGTACTTTTGATCTTGCAGAAAAATCAGAACAACCTGTAGGTTGGTTGGAATGGCTTGGTATAAGTTCCAGACCAAATAGTTTGGAGGATAAAAAAATCATTGAAAAAGCAAGTATGTTGTCTTTGGCTGGATTCAGTGTAAAAGAAAAGAATGATCTTTACCATGCTATAGGATACACTAAAGATAGGGAACATCCTGCTTATTCAAAAGAATATGTTCGTTTTCAAATTTCATTATATCTTGAAACAAGCTCAGTTAATTTAAAAGATGAAGCAAAGAGAAGTGTTTTGAATTTTGGAATAACAAAGTTGATATGTAAATTTACTGAAAGACCTGGTTCTGAAGGATATGGAGTAGATTTTAGTCTTGAAGACTTGCATTTGGAAAGTGACTTGAATGATACAAACTTAATAAAAGCAGACTCTGAATTTTTAGAAAGAATTCTGTGGTGTAACTTTCAAATTAATCCGGTTGATGTTAAAGCAGATTACAGCATAATGGTTTCTATGGAGCCTTTAAGTGTTATATTTGACGAGAAAGCTATTAACAGTGTCAAAGATTTTTTTTTGATTTCCAATCAGTCAAAACTGCAAGAGCTTAGTAACATAGCAACTGGTAGTATGAAAGAAATTACTGTTGCCTCTAGAGCTGGAATTGAATTTGCAGTAGATCATAACAAAGTTATGTTTATTGACATAAATATGAAATGCCCCATTCTAATTTTTCAAGTTGAATGGAATTCTATTGAGAGAACACCCAAACTTCTGCATTTAAATCTTGGAATACTAAGAGTGATAACTAATTTAAACTCTGATACAAGAGCCCTCTCTGTAAAGAATGCAACAGACATTGAGTTGGAAACCATTTTTTATTATCAAACAGAAGTTAATCTTACAGATATTCATGCAGCCGTGCATAAAGAAAAAGACTTTGTTCTTATGCCGACTAACGTAAATGTTCAGGTCCACAGAAGTTTGAAATTTGGCTATGCCAACTATCCAGATATCAAAGTATATTGTTCAATGTCTGCCTTGCAATTTTATATTTCAGAAGAGAAATGTCTCCTAATCCATCAGATTTTCAATAATTTAGCAAACATATTTGTTAATACAAGCAGTTTAAAGTTGGATCCATCTTCCGGATTTACAAAAAGTGAGTTGTCCTCGTCAAAAAATGGTGTACTCCAACAAGAGAATATATTCTTCCAAAGTTATGATGAATCACTGCCTCCGATTTCTTCTTCCGATGAATTTTTTGATCCTAATGGTGCACCATATTTGAATAATTTTCGATTCAGCCATTTGCATCACACAAAGTTTATTGGAAATTTTACAGTAGAAAAGCTTGCAATAATAATTAATGAAGAACGAGAGGTTTTTTTATTGAGCTTAGATAAACAAGAAGAGTTAGTTCAAGCTAAATTCATTCAGGCTGATCCCAAGGGACCAGAGTTTTATACCAAGTTTAATAAGATTGAAAATTTTCTTTCTGTCTACATTGGTATGATAAAGCTTAATGTTATGGAGGAAGCTATATTGGATCTCGTGAAATACATTATCAATTTAAACAAAAGTATAAAAATTGAGAGTAAATCAAGTAATCAAAGTGCAGTATTATCAAAAAAAGTTCAGTTAATAAAATCAGTAGAGAAAAAAGGATATGATGCATTTAAAATAGATTTCAAGTATGAATTAGTACTTGCTGGTATAGAATTGCTTGTGCATGATTTTTTGACTCTTGCTCTAACTGATTTAGAAGCATCTGTTGCTATCAGTTTTTATTCAACAAAATATTCTTTCAAATTAAAAGATGTTTATTTCACAGATGAATGCAAGGAAACAAAATACAGAAAAATATTAGCTGTTACTACTTTCAAAACATGGTTTTACTGTGAGATTGTTTTTAACAGTAACATTGAAAAAGATAGTATTGATCCTGACATGAAAATTAATCTTCAAGTCAGAAAAGTGAAGTTATATATTGTTCCTGAGTTTTCAACTCAGCTCTTGGAATCATTCAATTCCTTCATGAAAAGTTTTGGTTCTTCAAGCGCTACTACTTCAACTTCGGAGAGCATAAAAAATAGAAATTTGAAAATTCAACTGGTGATGTCATTTGATGCCCCATATGTTTATCTTCCTATAAGTAGACAGTCAATAAACTGTTTTTTGATTGATCTTGGCCATATTGATATATCAACCTCCATTATTAATGACAAAATGTTTCTTTATGAAGAAATGAATGTTGATGTTAGGGATTTTAGCTTTTTAAGGAATTTCGAAGAAATCATTTTTCCGTTATCAATTCAAATTGAGTGTGGGAGATCATTGAATAAACTTCATCAAGATATTAATGTGAAAATTCAAATTACAACGATTTCAATAAAAGTTCACAATGATATTGTTAATGATGGATTTATGTTCTTCTTGAATATATCTAACAACGGTTCTTCAGATTTGAAAAAATCTACTATTGAAAAGCGTTTATCATTCCATGTTAATGAGATTTTACTTATAATAAATTCATCGATAGAGTGCCCACTTTTGGCCGTAAATGTCCAAAAGCTGCTTTTAGTTTCCGAAAATCGTTCAGCCGCATACAACTCCCACTTTATAATCAAATATATTGAAATTAAAAACTTTGACAATGAAAAATCAAAGATTCTTTTGACTTCATTCGATGATAGTAATATGTTCACAGTTTATTATGACGCAACTGAAAAACTTCAGGATTTTAATATTTCACTAGGCCGTGTTTTACTTTTGTTGGATGATAGTGCAATACGAAGTATAATGTTGTATACAAACACACACATAAAAAGTTTCTATGATGTGTTTCAAATTCTTGGAGAAATAAAAAACATGTGCTTTGAAAATAAAGTTAACAATCAAATTGAAAATCATCTCAATATTCATGCAGCTGTAACATCATTGTCAATGACTTGGTGTTGCTCGGATATTAGTTTTGCTGTGGCAAGAATAAAAGATATGGATTTTGTGGCATTCTTGACAGAAAAGATTGCTTCTTATAAATTAAGATTAAACAGTTTTGTTATTGAAGATCAGTCACCAGAGAGTTTATACAGTCAGGTTTTTGTTATGCAAGATGATGATGTGCTTGTATTGGAGTACTTAGCTTCAGAAATTACAACAGACAATGTATCCCAGCAACAAACCATGCTAAGCTTGAAAGCTAGAGGAGTAAAATATATCTATCTTTACAAGTTTGTGAAAGATGTTATGTTTTACTTTGACTGTCTCCTGGAATCTATGGCTTTGACCTATAATAATGAAAAAGACAAAGTTAAAGAAATACCATTAACTTGTTTCCAAATTCATGTTGATATTGTTTCATCTTTGGTTATTTATCCTGAAACATCTGTATCAAATAGATATCTGTTAGCTAGTTTTGACAGATGCGTTGTTAAGAATTCACCATTGGTGCTGATAAATAACTTTTCAGTTGAAATAAGTGAGATGAATTTATCAATGATTGATAAAAAATCAGTAACCAAACTTACTAATCAGCTAAATCCGTTTTTACAAATTAATCAATCTATTTTGCCAGCAAATCAGTCCAGATTAACACCAGACCAAAATTTAAAGATAGATATTCATATAAATCCAATTACTGTGCAATTGAGTGAAAAGCATATACAACTATGTATGTATATGTTTCAAGCAAACTATTATGAAAAAGGAGAAACAGAGAAACGCAATGATCTTTTTAAAGAAAAGTATATATCTGAGCAAGTTAATGTCTGTGAGCT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Transcript

HOLI00216.g41250.t3

Protein

HOLI00216.G41250

MVLEAVVVSILKKYIGKYIENFDGKNLTLSLWSGEATLFDLELKAEALAELDLPIQVTSGYIGKLFLSIPWSSLYTQSVILKIDSVFVVASPQIESPYDEEQNNKFNYITKQNQLNFITNLKDKEKEKLVDASNDTLTEKLTAQIIKNIQILITNIHVRYEDKTSNPSSPFAFGVTLNELSVQTTDENWLPSIIDGPAHIIYKMIKATSVSVYWNTNITQYAKGQTYWKRFMKNHINLPDKINPQEFLIKPLLIAVELKIDQDLDSSLGLPKFLLDVVLKEISIEISKKQFESMINLIETFERMAINSVYRKYKPLVSVKENPKLWWRYIFESYVEIKYKCWTWERIKQHRDNYRSYVDFYKEKLKDQYLSLNNIKVYKDCEIAEELLDVANILIARKQAENEFNIEKESGTFDLAEKSEQPVGWLEWLGISSRPNSLEDKKIIEKASMLSLAGFSVKEKNDLYHAIGYTKDREHPAYSKEYVRFQISLYLETSSVNLKDEAKRSVLNFGITKLICKFTERPGSEGYGVDFSLEDLHLESDLNDTNLIKADSEFLERILWCNFQINPVDVKADYSIMVSMEPLSVIFDEKAINSVKDFFLISNQSKLQELSNIATGSMKEITVASRAGIEFAVDHNKVMFIDINMKCPILIFQVEWNSIERTPKLLHLNLGILRVITNLNSDTRALSVKNATDIELETIFYYQTEVNLTDIHAAVHNKISFPVEIFCSEEKDFVLMPTNVNVQVHRSLKFGYANYPDIKVYCSMSALQFYISEEKCLLIHQIFNNLANIFVNTSSLKLDPSSGFTKSELSSSKNGVLQQENIFFQSYDESLPPISSSDEFFDPNGAPYLNNFRFSHLHHTKFIGNFTVEKLAIIINEEREVFLLSLDKQEELVQAKFIQADPKGPEFYTKFNKIENFLSVYIGMIKLNVMEEAILDLVKYIINLNKSIKIESKSSNQSAVLSKKVQLIKSVEKKGYDAFKIDFKYELVLAGIELLVHDFLTLALTDLEASVAISFYSTKYSFKLKDVYFTDECKETKYRKILAVTTFKTWFYCEIVFNSNIEKDSIDPDMKINLQVRKVKLYIVPEFSTQLLESFNSFMKSFGSSSATTSTSESIKNRNLKIQLVMSFDAPYVYLPISRQSINCFLIDLGHIDISTSIINDKMFLYEEMNVDVRDFSFLRNFEEIIFPLSIQIECGRSLNKLHQDINVKIQITTISIKVHNDIVNDGFMFFLNISNNGSSDLKKSTIEKRLSFHVNEILLIINSSIECPLLAVNVQKLLLVSENRSAAYNSHFIIKYIEIKNFDNEKSKILLTSFDDSNMFTVYYDATEKLQDFNISLGRVLLLLDDSAIRSIMLYTNTHIKSFYDVFQILGEIKNMCFENKVNNQIENHLNIHAAVTSLSMTWCCSDISFAVARIKDMDFVAFLTEKIASYKLRLNSFVIEDQSPESLYSQVFVMQDDDVLVLEYLASEITTDNVSQQQTMLSLKARGVKYIYLYKFVKDVMFYFDCLLESMALTYNNEKDKVKEIPLTCFQIHVDIVSSLVIYPETSVSNRYLLASFDRCVVKNSPLVLINNFSVEISEMNLSMIDKKSVTKLTNQLNPFLQINQSILPANQSRLTPDQNLKIDIHINPITVQLSEKHIQLCMYMFQANYYEKGETEKRNDLFKEKYISEQVNVCELCCSKFSLKIFVDDKVSVKLTMKELVTTDLRPYSNFFFKKMFEQSSEEKLASENKDHSEEKNKFTLTYNCDGKEGSTQYYKLKAEGATLLINVDFLTEVIKYYTYVMTPPPEYVYFDTGELLQIRVTYEFPDLKMVLLQDSFCEISNALVLKLQSRLIYEQYKEKMSYELTDGLIGIVLKQYPIKKKQDLLLLLQPSSVTAKISWTNAIEIDVFIKKMIFCLSPSILTAIIYIADGFAGYKILEESKSLSSTRINARVNWSPQLLNQDLLQEQSSYIVSLQNDSQTGLQKFQLLLDALELSLGNDLKGIVVPLIKFNICSSTKILDWSTKISFDIDFTIEASLFNDELALWEPVIEPDNNQNDCFEINIRSFYCENKKLDLSNSFTQVKSEKILEAETDHVKTKDLTKEVIHLVISSDNILQLTITSKFLKVASLISEGFSIKSLRNHVKTELVSPYYFENQLGVNISIWVEKTLKASAGSSSIQIMQKLKSNNLTVGIDSRSLSTYHLVKKSPSVRSRSSRMLNRVFSKTEETSESFNDFIDIQVYGFNVIKNFSMSAVGCYGYKLTPTKNGTNCEILVDVSILNGRRFITFSSTTQIANNLTMGVHILSVSGQELCFAQKCSSIPLEYSFIDEIKVVLERNFVSENLISIKNIEEKTTVIKCSSDESTKYIIVVTKSEFNKNVLKKLIKFAPPAVVLNFLPRKVVIYIQWKNTKGPDYFIESGEMVEILDANICKKAWQIGIKYCNGDDTWIGLTTTKLSQRNYIEMNCQDKLRSSLMLETQVDLVDGTLKISLFTSFWLVNKTGINLLLKNSKGDLYNIFSNNVPTVISYSQQKNEGNLSLLSGAWSDAFLMNVVSNESVIKCLDNMQNEYRILLTVELSSFGLTYIIKFSPTHLIYNNTQFTLLFSNDIPDQQWKIINKIECLPVWSSSLLLLLKEENGAHLSPAIPFDWNFKCVKRLSSSETVCVDVDKLGEQFVMKISPYEDGCIPLRVDNYCHSVSIFIKQRDTTSLLSTNEFLPNHSQYFTWKDLKKPYEILVSSDPNSKDSFIHINLIQNTYGKLESCTSNNMEKKSHSSSCFKFDCFQCSRSVKEHSISIMSSYLTYSLPDIYWVSFYEGLQKVLAFTTDINIARKLHKNGNQESITMEIFVSVCGIGLSLVNSIPLEIAYISFTGGTSKWEVNSGKGWNVLEIVTSTLLEESWNKDCTKINIKNKIKVDFETMVIKFPYSGTLRRTKEPALWLHIIQSKRYLSFHVFIQRLQVDNQQYGVVFPSVLYPTPLPQYILKRRGIKPFLEASFVFSFLKDSIIIRYLKVLIQEISLKLDRDIITGIMSFNGLSKTSSNELILLVDDMHTVQKSEEQAVIDLLGSHSSNIVLNYFHLSPIKVHLSFSIESRKVDSNMNLALLEWLVSAIGIHFTDVSDIVIKLSFFERKNVSLPSEVLVAEIKKHYFIQAAKQFHILVLGLDVIGNPYGLISDYGEGLKDFFYEPYLGSVEGPRQFAEGLAYGVKSLLGHTVGGTIAAASLITEQFGQVVAAMSFDSEYKKKRKARMQAERTRVGQEFVIGGKQFLFGILFGISGLVTQPVQGARAGGVNGFFKGVGKGFIGLLVKPAGGIVDLVTSSLDGIKRLSEQSGKDVVCRVRLPRVTSPNQPVVIYSNEHSYGYGLLKALSIKKKIDFSYKDYVVISDEPLRFVFFTTESMVSGNQKNFFDDWDISFILQYKVIESVEQKESSVFLLLKNSVEMESEMVQEIEHISCKTPVIAKILVEKTMYYTNVAA

Uniprot

Uniprot term	Description
A1Z713	Intermembrane lipid transfer protein Vps13 OS=Drosophila melanogaster OX=7227 GN=Vps13 PE=1 SV=2
Q96RL7	Intermembrane lipid transfer protein VPS13A OS=Homo sapiens OX=9606 GN=VPS13A PE=1 SV=2
Q5H8C4	Intermembrane lipid transfer protein VPS13A OS=Mus musculus OX=10090 GN=Vps13a PE=1 SV=1

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF12624	Chorein_N	VPS13-like, N-terminal	Domain	Interproscan
PF16908	VPS13_ext_chorein	Vacuolar sorting-associated protein 13, extended-chorein	Repeat	Interproscan
PF21679	VPS13_C	Intermembrane lipid transfer protein VPS13, C-terminal	Domain	Interproscan
PF16909	VPS13_DH-like	Vacuolar-sorting-associated 13 protein, DH-like domain	Family	Interproscan
PF16910	VPS13_mid_rpt	VPS13, central RBG modules	Repeat	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR026854	Domain	Vacuolar protein sorting-associated protein 13-like, N-terminal domain	Interproscan
IPR031646	Domain	Vacuolar protein sorting-associated protein 13, extended chorein	Interproscan
IPR049424	Domain	Intermembrane lipid transfer protein VPS13, C-terminal	Interproscan
IPR026847	Family	Vacuolar protein sorting-associated protein 13	Interproscan
IPR031645	Domain	Vacuolar protein sorting-associated protein 13, DH-like domain	Interproscan
IPR031642	Domain	VPS13, middle RBG modules	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR16166	VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN VPS13	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0006623	Biological Process	protein targeting to vacuole	Interproscan
GO:0019898	Cellular Component	extrinsic component of membrane	Interproscan
GO:0045053	Biological Process	protein retention in Golgi apparatus	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
K19525	VPS13A_C; vacuolar protein sorting-associated protein 13A/C	-	Membrane trafficking	ko04131	deepkoala