Gene detail

Detailed information of KAL9975259.1 in Oculina patagonica

Genomic Location: chr4:13812318...13815191
NR annotation: XP_020611128.1, NLR family CARD domain-containing protein 4-like, partial [Orbicella faveolata]

Gene Structure

More details in Jbrowse

Sequence

CDS

ACROYT_G012402

GACGAAGCTGACCCCAGTAAACTACCAATGTATATCAAACTTGTTGAAAGTAGAGAGCTGCCTGAATGTCGCATCATTCTTACATCTAGACATGAAGTTGGAATGAAATTTAGGCGCTTCTGTGATACCCTGTGGGAAATTGTTGGATTCACCTATCTAGATGCACGAAGTTTCATCTTCAAGCACTTTAAAAACAACAAACCTATGGCTGACAAACTTCTAACGAAACTTTATGGATCTGATTTCTTGGGCGATAGGCCAGAAGAACTAGTGGAATGTTTCTGGCCTCGATCTATTGATCACTTACGCGAACTGACGTCAAATCCTCTAAACACAGCTTTACTTTGTGTACTCTGGGAGGATTTTGAGGGTGATCTTCCGACGAGCAGGACTCAATTGTACATTGAAATTGTTCTCTGTGTTTTGAGAAGATACGAAAAGAAGAATGGCTTAGCTAGCAACAACGAAGACCTAATTAAAGTTTACAAGAAAGAGCTAATATGTCTGGGGCTTATGGCGTTAATTTCTCTACGTAAAGGAGAGCTATATATTGAAGAAAGCGAATCTGGTAGCAATTCAACTGCTTTAACCAAGTTTGGATTTCTGTCAGTCCAAGCTGCAGGCAGTAGAAGGAAAACCTGCCTGCGTTACGGATTTTTACACAAGAGCTTTCAAGAGTTCTTCGCTGGTTTCTATCTCGCCACCAAGATTCTCAGCGAAGAAATTGACTTGGATACAGAAGTGACTGATAAGAGGTATTTAACTGAACTTAAACAAGTATTTTTGTTCATGAGTGGAATTGTTACGTCACAATGCGAAGAAACCGCCGTGTGTCTTGTAAAAAGCATAACTAAGCATATAAATTGCGGCGGTCGCAGTACTCTTTTTAATAAGCTTGAAGTTACAGCCAAAAATGTGCGCTTCGCTTTTGACTGTATAACGGAGTGTATAACTTGTAAAGAAAACCTTCAGTCTCGATTGGCGCATACTTTTGGTTCCCACCTTGACCTTGAAACTTTAACATTAGAGATTAGTGATTCTGAGGCGTGTTTCCTCTCAGATGCGCTTACAGTTAATGCCACTTTAACTGATTTGAATTTAAGTCGGAACGGGATAGGTCATCCTGGTGCTGGTTCTCTCTCTAAGGCCCTTACAGTGAATACCACATTGACTCATTTGGATTTGAGTGGGAACAGGATTGGTGATTTTGGTGCTGATTCACTCTCTAACGCACTTGTAGTGAATACCACATTGGCTAATTTAAATTTAATTTGCAACCGGATTGGTAATTCTGGTGCTGGTTCTCTCTCTGATGCTCTTACAGTGAATACCACATTAACTCATTTGGTTTTAAGTCGGAATACGATTGGTGATTCTGGTGCTGGTTCTCTCTCTAAGGCTCTTACAGTGAATACCGCATTGGCTCATTTGGATTTGAGTGAGAACAGGATTGGTGATTCTGGTGCTTGTTCCCTTGCTAAGGCCCTTACAGTGAATACCACATTGGCTTATTTGGATTTAAGTCGAAACAGCATCGGTCATTCTGGTGCTGGTTTTCTCTCTAAGGCTCTTACAGTGAATGCCGCTTTGGCTTATTTGGATTTGAGTGGGAACACGATTTGTGATTCTGGTGCTGGTTCACTCTCTAGTGCTCTTACTGTTAATACCACAATTACGTATTTGAATTTGAGAGGGAACGGGATTGGTTATTCTGGTGCTGGTTCTCTTTCTAAGGCTCTCGTAGTGAATACCACATTGACGCATTTGGATTTGAGTGGGAACATGATTGGTGATTCTGGTACTGGTTCCCTCTCTAGGGCTCTTACTGTTAATAAAAGGACCACAATTACTTACTTGAATTTGAGAGGGAACAAGATTGGTCATTCTGGTGCTGGTTTTCTCTCTAAGGCTCTGGCAGTGAATACCACAGTGACTGACTTGAATTTGAGTGCGAACGGGATTGGTGATTCTGGTGCTGGTTTTCTCTCTAGGGCTCTTACTGTTAATACCACAGTGACTGATTTGGATTTGAGTGAGAACTGGATTGGTGCTTCTGGTGCTGGTTTTCTCTCTAAGGCTCTTACAGTGAATATCACGTTGTCTCATTTGGATTTGAGTTTGAACAGGATTGGTCCTACTTGTCGCGCTTCCCTGTCAGATGCACAAACAGTGAATAGCACCTGCAGCGTACAGCTCGAACCACAATTTCTTTAG

Transcript

rna-ACROYT_G012402.t0

AGACGAAGCTGACCCCAGTAAACTACCAATGTATATCAAACTTGTTGAAAGTAGAGAGCTGCCTGAATGTCGCATCATTCTTACATCTAGACATGAAGTTGGAATGAAATTTAGGCGCTTCTGTGATACCCTGTGGGAAATTGTTGGATTCACCTATCTAGATGCACGAAGTTTCATCTTCAAGcactttaaaaacaacaaacctATGGCTGACAAACTTCTAACGAAACTTTATGGATCTGATTTCTTGGGCGATAGGCCAGAAGAACTAGTGGAATGTTTCTGGCCTCGATCTATTGATCACTTACGCGAACTGACGTCAAATCCTCTAAACACAGCTTTACTTTGTGTACTCTGGGAGGATTTTGAGGGTGATCTTCCGACGAGCAGGACTCAATTGTACATTGAAATTGTTCTCTGTGTTTTGAGAAGATACGAAAAGAAGAATGGCTTAGCTAGCAACAACGAAGACCTAATTAAAGTTTACAAGAAAGAGCTAATATGTCTGGGGCTTATGGCGTTAATTTCTCTACGTAAAGGAGAGCTATATATTGAAGAAAGCGAATCTGGTAGCAATTCAACTGCTTTAACCAAGTTTGGATTTCTGTCAGTCCAAGCTGCAGGCAGTAGAAGGAAAACCTGCCTGCGTTACGGATTTTTACACAAGAGCTTTCAAGAGTTCTTCGCTGGTTTCTATCTCGCCACCAAGATTCTCAGCGAAGAAATTGACTTGGATACAGAAGTGACTGATAAGAGGTATTTAACTGAACTTAAACAAGTATTTTTGTTCATGAGTGGAATTGTTACGTCACAATGCGAAGAAACCGCCGTGTGTCTTGTAAAAAGCATAACTAAGCATATAAATTGCGGCGGTCGCAGTACTCTTTTTAATAAGCTTGAAGTTACAGCCAAAAATGTGCGCTTCGCTTTTGACTGTATAACGGAGTGTATAACTTGTAAAGAAAACCTTCAGTCTCGATTGGCGCATACTTTTGGTTCCCACCTTGACCTTGAAACTTTAACATTAGAGATTAGTGATTCTGAGGCGTGTTTCCTCTCAGATGCGCTTACAGTTAATGCCACTTTAACTGATTTGAATTTAAGTCGGAACGGGATAGGTCATCCTGGTGCTGGTTCTCTCTCTAAGGCCCTTACAGTGAATACCACATTGACTCATTTGGATTTGAGTGGGAACAGGATTGGTGATTTTGGTGCTGATTCACTCTCTAACGCACTTGTAGTGAATACCACATTggctaatttaaatttaatttgcaaCCGGATTGGTAATTCTGGTGCTGGTTCTCTCTCTGATGCTCTTACAGTGAATACCACATTAACTCATTTGGTTTTAAGTCGGAATACGATTGGTGATTCTGGTGCTGGTTCTCTCTCTAAGGCTCTTACAGTGAATACCGCATTGGCTCATTTGGATTTGAGTGAGAACAGGATTGGTGATTCTGGTGCTTGTTCCCTTGCTAAGGCCCTTACAGTGAATACCACATTGGCTTATTTGGATTTAAGTCGAAACAGCATCGGTCATTCTGGTGCTGGTTTTCTCTCTAAGGCTCTTACAGTGAATGCCGCTTTGGCTTATTTGGATTTGAGTGGGAACACGATTTGTGATTCTGGTGCTGGTTCACTCTCTAGTGCTCTTACTGTTAATACCACAATTACGTATTTGAATTTGAGAGGGAACGGGATTGGTTATTCTGGTGCTGGTTCTCTTTCTAAGGCTCTCGTAGTGAATACCACATTGACGCATTTGGATTTGAGTGGGAACATGATTGGTGATTCTGGTACTGGTTCCCTCTCTAGGGCTCTTACTGTTAATAAAAGGACCACAATTACTTACTTGAATTTGAGAGGGAACAAGATTGGTCATTCTGGTGCTGGTTTTCTCTCTAAGGCTCTGGCAGTGAATACCACAGTGACTGACTTGAATTTGAGTGCGAACGGGATTGGTGATTCTGGTGCTGGTTTTCTCTCTAGGGCTCTTACTGTTAATACCACAGTGACTGATTTGGATTTGAGTGAGAACTGGATTGGTGCTTCTGGTGCTGGTTTTCTCTCTAAGGCTCTTACAGTGAATATCACGTTGTCTCATTTGGATTTGAGTTTGAACAGGATTGGTCCTACTTGTCGCGCTTCCCTGTCAGATgcacaaacagtgaatagcaCCTGCAGCGTACAGCTCGAACCACAATTTCTTTAGTGATTTGTACGACTTGTAGTTAGCCGTCCTATTCGTAATTATGTATAGTGTACAAGTATATCAATCCTTCAGTTTAGAAAGCTAATTTTTATGAAATTGCTGtgtaaaattaataatattgcTTTATACGACATTACAAATGCATGTATTTAGTATGGTGTCTGTATATGAGAATATGCGTGATTGCTTGTGAGTCTTGATCTTGAATATAAATGTAAAACAGTTTAAAAGAATATATCCTGTGTTGTAATCTGAGGAATAACAACGATTTTCTTAAGTGTTGGGTCAAGATTCAGAAAATTTAAATagttgttaaatttattttgtagtAATGTTGCGTGATTTCATCTTTAGCTTATTTGAAATGTAGGTACTTTGCACACTGTAAGACATTTGGTCATAGCAGTGTCTATAGGAACGGTTTTTATAGTCAaaaaagtgttaacaaaacacgCCAACTTAGATTTATTTCAATTAGATTTAAGAAAGAAGCTTAAGTGACATATGCCGAATGAAAATGTTGGCCTGAATCATTTCTCTGAAATtggttgtaatttttattttttatactcATGATTCTACGTGGTCAactataatttgttttaataaaagaTATTCAGATATTGAATATAATCTCAACCTCACTTCGTCAATAAAAC

Protein

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF13516	LRR_6	Leucine Rich repeat	Repeat	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR032675	Homologous_superfamily	Leucine-rich repeat domain superfamily	Interproscan
IPR001611	Repeat	Leucine-rich repeat	Interproscan
IPR052410	Family	Dynein regulatory complex subunit 5	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR24107	YNEIN REGULATORY COMPLEX SUBUNIT 5	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0005515	Molecular Function	protein binding	Interproscan