Gene detail

Detailed information of PFX25122.1 in Stylophora pistillata

Genomic Location: Spis.scaffold159:487338...533651
NR annotation: no NCBI-NR hit recorded
Species Stylophora pistillata · all data for this species · gene families

Gene Structure

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Sequence

CDS

STAB2

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Transcript

rna-Spis10268_mrna

ATGTTTTATAAAGCATGTCCTGTTGTGCCTGCATGCAGTGGGCGTGGCTCTTGTAATGACAAAGTGGGTGGTGATGGAACATGCACTTGTCAGGATGGCTATAAGGGATTTGCATGTGAGCTGTGTTGGGATTCAAACAAATTTGGTACCTACTGCAATAAAACCTGTCTTTGCAAACATGGGACATGTGACAGTGGATTGAATGGTACAGGACACTGCAAACCAGGCTCTTGTGTCTTAGGATATGCTGGGTCAAACTGTGATAATActTTGCCAAGATGTGACCGAAATCTTACCTGTGGAGCTAATGCCAACTGCTTCAGAGTTGAAAATATTGACACTTGTGTATGTAATCCAGGATATAGGAATGTTAGTGGTGTTTGCAAAGCAATAAATCCTTGCCAGGATGGTTCCCATGGTTGCCATAGTAATGCTGACTGCATCTACCTAAGGCCAGGCAAGAATAATTGCACCTGTGCTGCAGGTTATACAGGAGATGGAACAGTTTGCATTGCTATAGACCCGTGCCAGAGGAACAATGGTGGCTGTCCATCCAGTTCTACTCAATGTAATTTCCTACAACCTGGAAAGAGGGTAAAAGACCTGAACTTGGATGGCCCAGATGGACTCAAGGGACAGCTGACCACAGCTATTGATTTGCTGACAGGTTCATTTATGCACTCGGCTCTTTCTGGAGCAGGTCCATTTACTCTTTTTGTAATGGTGAACAGTGCATTTTCAAATCTCACACAAGAAGAGCTGAGTGAGCTATTAGCAAACAAAGACATGGCGTCACATTTTGTCAGTCGACACTTAGTGGCTGCTGATTTAGACTCCACATTgttgaaaaagtacaaaaaagttaCAACACTACAGGGGATTGATGCAAGCATCTCAGAATACCAGAATGTCATGTACTTAAAACTGGACAACCAGCCTGTAAATGCATCAGTGCTATTCCGTGATTTGTTAGCTGGTAATGGGATGATTCATGTCATTGACAAGATTATGTGGCATGTCGGAGAATATCAAGAAACAAGCTCTAAATCATTGCTTCAGGTCCTGTGGGCACAAAgtagattttcaatttttgcctCACTTTTACAGtcaTCTGAAATTGCTGCAGAATTGAGTGGTTTGGGGGCTTCCCTGACCATTTTGGTGCCAGTAAATTCTGCTTTTGACAAGATTGACAATGGTACCATGAGGTTTTTGACCAGCACGGATGTGgGAAGGAGAAAATTGAAGTCACTTTTAAGAAACCATATTCTCACAGGAAAGATTGCAGTTTTAGACTTGATTTACAGTGGCAAAGTTATTTCAGTAGAGGGAGAATCATTAACAGTCAAAGTAACTTCCACAGGTCGTATTGTTGTGGATGAGGATTCTGTCATCACAGAATCAAGTGTTCTTGTCAGTGATGGTATACTTCATGTGACAGATAACCTTATTATCCCTGATGATATTGAGCCTCTGTTGCCAAGATATTGCAATGGACAGAAATTCAGAAATGGAATTTGTTATCGGTGTGAAGGTGTTCAAGCCATGCCTAGGACAGGGTGCCCTATAGGATATACCCCATCGtCCACAACATCTGTGTGCTACTACCGACTGAGTTATCGAGGAGTTCCTATTGGAATTTTCCGTGGTTGTAGGGCCACCAGATGTTCAGCTCCGgAACCAGAGTGTTGCACAGGGTTTTATGGTCCTTCCTGTCATCCTTGTCCAGGGCCTTTTGATAATCCTTGCAATGGCAATAATAATGGAAAGTGTTTTGATAAAATCAATGGCAATGGAACTTGCATTTGCAAAGCCAACTTCAAGGGAACAGCATGTGAACTTTGTCAGGAGAGCAACAAATTTGGACCATTTTGCAATCAGACTTGCACCTGTATGCATGGAGTATGTGACAGTGGCTCTCCTCAAGGAAATGGAACATGTAAGGCTGGATCTTGTTCACCTGGTTTTCATGGTGATAACTGCGACCAGCGGGATGTCCCATGTCCTGGGTCAGTGAGCCGTCGTTGTCATGCTCATGCCACTTGCCGACGACAGGGAAATGTGGACAGCTGTCAGTGCAATTTTGGTTATGAAGGTTCTGGAATACAATGCACTGAAATTAATCCTTGTTCCAAACCTGATCGTGGAGGCTGTCACCATGAGGCAACCTGCACGAAAACTGGACCAGGTACCAACAATTGTACATGTGATGTTGGTTTCCGTGGTGATGGAACAGTCTGTGTTGCCATAGATCCTTGTCTGGAAGAAAATGCTGGAGATTGCCACAGTAACGCTGAGTGCCAGTATGTTGGTCCGGGACAGAGCACCTGTGTCTGCAAGGCAGGCTATACTGGAAATGGTTCATCGTGTCATGAAGTTAATCCTTGTTTAGTCAACAATGGAGGGTGTTCTCGCGATGCAAAGTGTTCGCGAACTGGCCCAGGGAATTACAGTTGTCATTGCAACAGTGGATTCATTGGAAATGGTTATACTTGTCTAGGATCTGTTGCTATGGTTGACATCAACATTACAATTTACaataatgacgatgacgatgacgatgactgcaaggatgatgatgatgatgatgatgatgattttgaTCATGATAATGATCCAAGGAAGAACATCACTATGTTTGCTCCGTCAGTGGTAGCACTTTCACAGTTATCTGATGGTGATAGAAAATATTGGACTAACAGTACTGAGAGACTTCAATATCTAATAAGGTATCATTTGGTGGAGCAAGTGTACAATTTAGAGAAGCTAAGAAATGTGGCGTCACTGACCACCTCGAACAGCCTCGTGTTAAATGTTACAACTCAAGGTCAAAAGgtatttATCGGTGGAATGGCTCAAATTATTCAAGCTAACATAACTGCAGAAAATGGAATTGTACACATCATTGACCAGGTCCTTTTGCCATCTCGTCTGTCATACGAGAGGGAGCTTCCAGTGACGTCGGAGCTTCTTAAAAGTATCCCAGAGTTCTCAGATTTCACCAGTATCTCACAGAATGTGAGCCTGTTTTTCTCCCTGGATGCCTGTGAGTCGTGTACTGTATTTGCTCCAACCAACTCTGCTCTTAAAAAATATGCCCTTGTAGACAACCAGACTTTGACGCCAGCAGTCCTTAAGTATCATATTGTAAACCAATACATCACAGAAGAAACAATTCGTAATGGAGAAGAATTTCCATCTTTGCTGGGGAATGGGAGTGATTATCTTGTGAAAATCACCAATCCTAGGAAAGGAATGCTGCGAGTGAATGGAATCGATGTTGTCGTTAAGGGCCACAAAGCTAGAAGAGCAATAGTATATGGCATAAATGGTGTACTTGAACCAGTTAAGAGGAACTGTGATGTGGTCAGAAAATCGTCACGTTTTGGTGTCTGTACATATTGCGACCTCTTTATCCCAACATGTCCGACAGGCTGGACCAAAATTGGCTCTGTGCCGGATACATGTTTGGTCCGAATATTAATCTTCATATTCAGAGGCTGCCAAGCACTATGTGAAAAAACTTCTGTTCATGCCCTGGTAATATTACCAACCCTTGTTCTGGTCATGGCGTTTGTGATGATGGCAAAACTGGAACTGGTCATTGTCAGTGTGATGCAAATTTCACCGGTACAGCATGTGAAGAATGTATTCCtggaaaatatggaaataaTTGTACAAGTGAATGCAAATGCATCAATGGAGTTTGTAATGAGGGCATTAATGGAAATGGAGGATGTTTTTGTCAACATGGTTGGAAAGGACCTGTTTGTAATACCTCTGCAAATTTTGACAACTGCCTTCCAACGAAGTGTAGTCGACATGCCACATGCCGTGGACCAAGTGGCAGTGGCAAATGTGAATGTGATGTTGGTTACACAGGCAACGGAACTTACTGCACGGGATAATGGAGGGTGTAGCGACAGAGCGATTTGTCGACAAGCTGGGCCGCAGCAGCAAAGGACTTGCACCTGCAGAAAGTTTTATGTTGGTGATGGCATCAGATGTATTGGTGATCTATCTGAGGCTTTGAAGCTTGATCCCCAACTGTCAGGTGTAGACATGCTACTCAAGaAAAATGGTCTAGACAAGCTGCTGGCTTCTCATGGACATTTTAACCTCCTCGCCCCAGTGAATGCAGCTCTTGGCAGTTTGCAACAGCAATCTCGCAAGcGTCGTAGTGTTCCGTTATCAGCCGAGGAAGAGTTGAATCTTTTGAAATACCTTATCATTGGCTGTTCAACGATCCCCACCAACACTAGTAATGCTTATGCAGCTAACTTTACTACACTGCTTGGAGCAACTATATCAGTAAAAACAGAGGGGAATATTACATCGATCATCGATCCATATGGCAACATATCCAGAGTAGTTGGAGTGTATGAGTCATCAAATGGCGTGATAATGAAACTGGATAACCTACCCAACCCACCCAAGTCTATGGATAGCACAGTACAAGGATCTTATATTGACGTGGCTAATAGACTTGGATACAAGGAGTTTGTTAAACTGGTTGAGCAAGCAGGATTGAAGAACATCCTTCATGTTCCAGTGAATAGACCTGTTCTCATGTTTTGGCCAACTGATGCGGCGATAAAAGCTTTGCCTGGCGACCTGATGGTACGACTGACTGAACCTTCACATCTGGAAGATCTGGCTCGATTTGTAAAATACCACGTTGTAACTCAAATTCATTCTGATTTTAGTACCCAGTCCTTCTTGCGAAGTGGCGCAGGGTTAGAATTGCGAACATTTGAAGGAACCAGTTTGTTTGTATCTTGTAAAGGAGGAAAgGGTGATCTTTATGTAAATGGTGACAGCAAGCTTGTTGCAAGAGACATACTCTTCAGTGGTGGTGTGGCTTTTGGAGTGGACACTGCGCTTATTCCTCTTGGATTTGGAGGCAACTGTGATGAGATCCAAGACACTAAAATGACGGGTCAGTGTGGAAATTGTTTCGTTCCTGTGAGCTGTCCACAAGAAACCACCCTTGTTGGTGT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Protein

PFX25122.1

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Gene family

Family type	Membership / link
Orthogroup (gene family)	OG0002990 (this species only) · gene tree & orthology

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF12947 all species →	EGF_3	EGF domain	Domain	Interproscan
PF02469 all species →	Fasciclin	Fasciclin domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR000742 all species →	Domain	EGF-like domain	Interproscan
IPR000782 all species →	Domain	FAS1 domain	Interproscan
IPR024731 all species →	Domain	EGF domain	Interproscan
IPR036378 all species →	Homologous_superfamily	FAS1 domain superfamily	Interproscan
IPR051146 all species →	Family	Phosphatidylserine Receptors and Protein Disulfide Isomerases	Interproscan
IPR001881 all species →	Domain	EGF-like calcium-binding domain	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR24038 all species →	STABILIN	Interproscan

Gene Ontology

GO term	Category	Description	Source
GO:0005509 all species →	Molecular Function	calcium ion binding	Interproscan

Search by domain instead of by gene. Any accession above (InterPro, Pfam, PANTHER, GO, KEGG) can be used as a query on the Functional Domain Search page, which searches all 148 annotated genomes at once.

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	Pathway	Map ID	Source
K19013	STAB2, HARE; stabilin-2	-	Glycosaminoglycan binding proteins	ko00536	deepkoala

Searching by KO or pathway ID across all species is available on the KEGG Pathway page.