Gene detail

Detailed information of acyt_s0602.g4.t1 in Acropora cytherea

Genomic Location: sc0000602_pilon:53625...63755
NR annotation: XP_015771028.1, PREDICTED: protein NLRC5-like isoform X2 [Acropora digitifera]

Gene Structure

More details in Jbrowse

Sequence

CDS

Transcript

acyt_s0602.g4.t1

tctgccaaacagcagaacagagctttacatagagatggtcctctttgttttgagacgttatgaacacaagaacggattgtcaagtagtgataaagaccttcttttggtttataaagaggaactaatgatccttggcagaatggcgctagactctctgcgcaaaggagagctgtattttgaagaccatcaaggcgatttcaagcaaagcttattagctagatttggctttgtgtccatccaggctggaggtagcaagagggcaccttgtcctcgttacacattctttcacaagagttttcaagaattcttttccgcctttttcgttgccttttctatgattgatggtacaatggactgccagtcagtggctaatagagaatacgcagaggaactatgtgaagtgttcacatttatgggaggaatcatagccatgcattctgaagcaactgcggtgtcaattgtaaaaagcattgtatcagttgtaaatgaccacaaatccggtggctatatgatgtatgtgacactggctataatatttatgagtaaatgtgaacgtttttcaaaaaacctgtacgcagaattagctcatttatttggcaggagtcttgaGCTCATGGACTTGTACAATGACATTAATTTCCCACTCGTCAGTCCGCTAATCttggccttaagagtaaacacctctcttacttctttggagttggttgataactccattggtgatgagggagctcattccctatctgaggccttaagagtaaacacctctcttacttctttggagttggttgataactccattggtcataagggagctcattccctatctgaggccttaagagtaaacacctctcttaggtccttgcatttgtttagtaactccattggtgctgagggagctcattccctatctgaggccttgagagtaaacacctttctcacttctttgaatttgttttttacctccattggtgatgatggagctcattccctatctgaggccttaagagtaaacacctctcttacttctttagatgtggggagaaacgacattcatgacgagggagcTCTTTCCTTATCTGAGGCCTTGAGAGTTAACACCTCTCTTACTTCTTTGAAGTTGGGTGCGAACTTCAttggtgatgagggagctcattccctatctgaggccttgagagttaacacctctcttacttctttgaagttggttgataactccattggtgatgagggagctcgttccctatctgaggccttaagagtaaacacctctcttacttctttgaagttggctgataactccattggtgatgagggagcTCGTTCCCTATCTGAGGCCTTAAGAGTAAACACCTCTCTTACTTCCTTGCATTTGCATGATAACGCCATTGCTCATAAGGGAGCTCATTCCCTATTGGAGGCCTGGGGGGTAAAAACCTCTCTTACTGATTTTCTTCCTTTGGTAAtgagggagctcattccctatttgaggccttaagagtaaacacctctcttacttttttggatttgcgtgataactccattggtgatgagggacctaattccctctttgaggtcctaagagtaaacacatctcatccttctttgaatttgagtctcaaccccattgatgctgagagggctatttcCCCATTTCGGGTGTTAAGAGGAAATTTTCAGGGAGCCCTTCGGGCTCTTAACCATTCCAGCTAGGGTGCCCAGCTCTCCAGGCTAGTCGCCCAGTTCTCCAGGTGGGTCGCCCCAAACAATTAATTCAACAGTCAATAATTAtgcccgctcgcggagcttgtcatataataaTTAATTAATtaatcttaacaattataatacaatctcctgaaatgtgattggtgtataaactgctgtattttgctctaattgacgctttaactgccgtaggcgccctcatgacacttacagattttactccgtctaatgccagacgattttactcgttaatggggaaccccttggcagtgaaagggttaatctccaaagttgttcaatcaaACAGTGTAATCGGatattgactataatcactatagtaactaattcaagagattgattttgtaaaattgtggagctttaatatccggtgactgtcttgaaataaacttaacagccattttgcaagctattctccatatttttaattacgatatttaAGTCGGTGGTCTTAGCAGTCAAACTTGTTTGTTGGTAGAAAGCGACATTATGCAGtgaaattatactcgtgattaactaatcggacttctgcttcgcggttgccccgtttttatatgatttttggctgaattggactccactcagtcctattaacatttttaattGCTTAAAATTTATTTGTGGTTTAATTGGTGAATAACTACTTGAACCGCGAAATAAAATTATACAAGTAATTTTGAAGTTTTTTGGTTTAGCTGTGAAGAGTTAATTTTTCCAGAACGTACATAAAAGCTTTGATAGCTATTCTTGCGACAGTCCGGCCAACTGAGGCATTGAGCAATTTGATAGTCTTTACTAAGCCGAGGGATTTTGAAAAAAGAATCGTTTCGACTTTTTACACTTGCAGGAAGCCATAGAATTACCCAAAAAAGCTACGTACTTTATAAAATATATTTCTTTTTCTTTAACCAAACTTTCACACACGGGAATGAGTAAGTTGCTATTGTAGCGTCCACAGTTTATTGTAGCGAGCTAATTAATAAACTACACGCTAAATT

Protein

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF13516	LRR_6	Leucine Rich repeat	Repeat	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR001611	Repeat	Leucine-rich repeat	Interproscan
IPR032675	Homologous_superfamily	Leucine-rich repeat domain superfamily	Interproscan
IPR052201	Family	Leucine-rich repeat-containing regulator of pluripotency	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR24111	LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN 34	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0005515	Molecular Function	protein binding	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
K14725	SLC9A9, NHE9; solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), member 9	-	Transporters	ko02000	deepkoala