Gene detail

Detailed information of evm.model.Ap4.3380 in Astrangia poculata

Genomic Location: Ap4:26189802...26192698
NR annotation: XP_044171970.1, uncharacterized protein LOC122956364 [Acropora millepora]

Gene Structure

More details in Jbrowse

Sequence

CDS

evm.model.Ap4.3380

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Transcript

evm.model.Ap4.3380

ATGCATGCAGGGTTTTTCTTCCCAGACCCAGTGCAAGTATTTTCACTCACACTATATTCTAGCCTGTCCAGTAACAACCTACCATCATCCAAGTGCTACTGTATTGACATAAACTCCTGTATAAACACAGTCTCTGGTCTTAGAACTATGTACAAATGTACAAATGTATCAGGGTATCACCTTGAGTTTGAATCCCTTCCTTATCAGTCTAAGCCTCCCAAGCTACCCACTTTCAGTGCAAAGGAGACAGAATTAATTGAGGCTGAGATCAACAAGCTCATTTCTAAAGGGGCCATTTCTGAAGTTCATCCTTGTCATGATGAATTCATTTCAAACTTGTTTTTGGTTCCCAAGAAAACTGGTGATTTCCGTCCAGTTATTAACTTGAAGCCATTGAATCAGTTTGTTCAGAAAATTCACTTTAAGATGGAGAATATTCGGATGGCTTTAAATTCTATCTCCCCTGGGGACTACATGGTTTCCATTGACCTCAAGGACGCATATTTCAGCGTGCCTATTTTTCATCCTCATAGGAAATATTTGCGTTTTCTGTGGAGTTCCAGGCGTTTTGAATTTAGTTGTTTGCCCTTTGGGTACAGTCTTGCCCCCAGGGTGTTCACCAAGATTTTCAAGCCTATCATGGCCTATTTCAGATTCCTTGGCTCCAGGGTCTTTATTTTCATTGATGATATCTTGCTTGTTGCAAGTTCCTCTCAAGAATGTTTAGATCAACTATCGATTATAATGCACACCCTGCAAGGGTTGGGGTTTATAGTTAATGTTGATAAGTCTCAATTGATACCAGTAACTGAAATTCAGTATTTGGGTTTTATAATAAACTCTATTTTACTGAGACTTCAGTTGCCACAAGGAAAACTTGAGAAAATAGTATCAGCTTGTACTCAGCTTCTAGCTAAAGAAAGACCGTCTGTTCGAGACGTGGCCAGAGTTTCGGGGCTCCTAGTCTCTGCACTTCCAGCAGTAAGATATCTTCAACTCCATTATCGCTCTTTGGAGTTGTGCAAGACTCAACCTTTGTCTCCAGACCTTGACTATGATAAGCTACTTACCTTGAGCTCCCAGGCCCGGTTGGATTTACACTGGGTAGTGGAAAACATTTCTAAATTTAATGGAAAATTTTTCAAAGAGCCGAAAATTGATGTTTACATTGAAAGTGATGCCAGTTTGACTGGTTGGGGTGCTGCTTGTGATGATCAGTCTGCTAGTGGCAGATGGTCTCCAGGTGAATTACAATATCACATTAATTACCTGGAACTTTTGGCAGCTTTTCATGCCTTGCAATGTTTTGTTTCTAATTCGAAATCCATGCATGTCAGATTAGCTCTTGATAATTCTACTGCGGTAGCTTATATCAATAGCATGGGGGGTACAAAATCTCCCGTATTAGATTCTTTATCTAGATCTATGTGGGACTGGTGCATGTCAAGGGACATTCATATCTCTGCCCAACATTTTCCTGGCAAAGCGAATGTTAAAGCAGATACACTATCGAGGGAAATTTATTCAAATTTAGAGTGGTCCCTTGATGACAAGGTTTTTCACAGGATTATTTCTCAAACCTTTGTTCCAGAGATAGACTTATTTGCATCCAGATTAAATGCAAAGACTACTAAATTTATCTCCTGGCATCCAGATCCAGGTGCTATGGCTTATGATGCTTTTAGTATGAGTTGGTCTAATATGAGCTGTTATGCCTTTCCTCCATTTTGCCTGTTACCTCGAGTGCTGGCCAAAATTCTCAACGACGAGGCCTTAGTTCTGTTAATTGCTCCATCAGGAACAACATCCTCTAAGGAACAAACTGGATTTGGCCGCTTGGACACTATCCGGAAAACTCTCTCGGACAAGGGATTTTCTAAAGAATCAATTGACATCATCTGTGCTTCATGGACAACTGGCACTGAGAAACAGTACAAAGGAGTGTGGAACAAGTGGGTTGGCTGGTGTCATCAGAAACAAAAAGATTTATTTCAAGCCTCTGTAGACCAAGTTGCTAATTTCTTAACTGACTGTTATCATGAGGGCAAAGGATATAGTACCATCAATACTTATCGTTCAGCACTTTCTACGACACTAAACTCAGTGAGTGATGATAAGCAATCCATTGGTTCACATCCCTTGATAGTGAGATTACTCAAGGGAATTTATCTTCTCAGACCACCAACTCCTAGATACTCTTCTACGTGGGACGTTTCCAAGGTGACTGATTATTTAAAGACTTTAGCTCCTTTAAATGAGCTACGTTTCAAGTCATTGACTCTGAAGACAGTTATGCTTTGTGCTCTTGCCTCAGCCCAAAGAGAGCAAACATTATGTGCATTAGACCTTAATTGTATGAAAGAGTCCGAGAATTCAATTAGTTTTCTTGTAACTGAGCGTTTAAAGACTTCCAAGCCAGGAAAATCCCTTGAGGTGGTTTTTCCGTCATCAGACTGTACCTTAATTTGTCCTGTGGCTGCATTTAAGGAGTATATTTCTCGTACGGCAGCACTTAGAGTTTCAGATAATGGCATGTTTGTTTCAAAACTGTTTTTATCATTTATTAAGCCATATAATCCTATTTCAACAGCAACTGTTGCTAGGTGGATTAAGTCAGTGTTACAATCTGCAGGGATTGACACATCAGTATTTAAGGCTCACAGTGTTAGAGGGGCTGCTACTACGCATGCCTATATTACAGGTGTTCCAATTTCTCAGATTCTTAAGATGGCAGATTGGTCTAATGAGCGTACTTTTCGCAAGCATTACCTAAGAGTCCCAGACAAGGATGTATAA

Protein

Uniprot

Uniprot term	Description
Q2F7J3	Gag-Pol polyprotein OS=Xenotropic MuLV-related virus (isolate VP35) OX=356663 GN=gag-pol PE=1 SV=1
Q2F7J0	Gag-Pol polyprotein OS=Xenotropic MuLV-related virus (isolate VP42) OX=356664 GN=gag-pol PE=3 SV=1
A1Z651	Gag-Pol polyprotein OS=Xenotropic MuLV-related virus (isolate VP62) OX=373193 GN=gag-pol PE=1 SV=1

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00078	RVT_1	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)	Domain	Interproscan
PF00589	Phage_integrase	Phage integrase family	Family	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR000477	Domain	Reverse transcriptase domain	Interproscan
IPR043502	Homologous_superfamily	DNA/RNA polymerase superfamily	Interproscan
IPR010998	Homologous_superfamily	Integrase/recombinase, N-terminal	Interproscan
IPR013762	Homologous_superfamily	Integrase-like, catalytic domain superfamily	Interproscan
IPR002104	Domain	Integrase, catalytic domain	Interproscan
IPR043128	Homologous_superfamily	Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain	Interproscan
IPR036397	Homologous_superfamily	Ribonuclease H superfamily	Interproscan
IPR011010	Homologous_superfamily	DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR35617	PHAGE_INTEGRASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0003677	Molecular Function	DNA binding	Interproscan
GO:0006310	Biological Process	DNA recombination	Interproscan
GO:0015074	Biological Process	DNA integration	Interproscan
GO:0003676	Molecular Function	nucleic acid binding	Interproscan