Gene detail

Detailed information of evm.model.contig_40742.1 in Platygyra sinensis

Genomic Location: contig_40742:146...5896
NR annotation: no NCBI-NR hit recorded
Species Platygyra sinensis · all data for this species · gene families

Gene Structure

More details in JBrowse

Sequence

CDS

evm.model.contig_40742.1

ATGCCATGTTTTAATAGTTTTTCCGATGTTTTGGAAGGAATTTTAGATGTAAACGGTGGTCAGTGGTCAGCGGTCAGTGGTCAGCGGTCAGCGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGTTCAGTGGTCTGTGGTCAGTGGTCATTAGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGGTCAGTGTTGAAGATGAAGTCCGGGATGTCGAATCTTCTGGTATTGTGACAAGTGAAGGTGGGTCAGTGAGAGTGAATGGCGTCCAACTCACATGCCCTCCAGGAGCTGTGGATGATCCTGTGAACGTCAAACTTAAATTACAAGAGCCTCAAAAATACTATGGTCTGATACTTAACCATGGACTTGAAAATGATTTGATATTTGGCGCACCCATTATCAATTGCCGACCAAATGGCCAGACCTTTAAGAAACATGTCAGGTTGACAATTGCGTTAGACCGCTATGAGAAAGAAACCTGCCCCGAGGCTTTACTTGTTTTACATGGTACACCAGCCGCTGACGGAAGAATCGTTTGGGAGGATGTCACGCGAGATTCTAAGTTCGATCTAGAAAAGGAGGAGCTAGAAGTGAAAATTGCCCAATTTTCACTCATTGTAATACTTTTGAGATTAACATGGGTTCACACAAAAAAAATTGTTACGCGGCTAAACCTCATATCCTTCAAATATACGTTGTTGGTGCTCTTTAAAAGTAATCACCAACATTTGCCTTTTGAGGATCTCGCTCTCGTGTTCATGAGCCAAGATATATACCAAGAACAGTTTTACAGAGAACGCGATTATTCAGCTTTGGTGCAACTCAAAAGGGATGGGTTTGAGGAGCTTGCTTCCAACGTTGGACAGGAAATCGGTTATATCTACAACAAGGAAAGCTTAACGGTTTCATTTCAGCTGGGAGAAGATTACAAACCTGCCAATGACAAGCAACAAAGCATAACATTTACCGTAGATTCTTCGGTTTGGTGGAGTACTGGGCATGTTCTCAAACTGCCATTGAAGGCGTCTGGTGCTGACGTCAAAATCCTGTGTGGAAGAGTTGTTGTTCGAGGTCAGCATGGTCACGTTCGAGAGGATCACTTCTGCGAACAAGATTTCTGCGGCTACATAAGACGACTTTTAGGGGTCGAGAACGTGATTTTCAACCTTAAATCCTTGACACTAAAGCTTGGATTGTCCGAAGAAACGTTGAATGAAGTTGTTCCCTGTTGGCAAAGCGAGGCAAAACAACTGGAAATAATTTTGCTACGCTGGCGAGAGAATCAAGAGAACACAGACGATTACGCCGTGCTCAGAAAAGCACTAGAAGGGTTGGAACCTGAAGGTAAAAATGCTTTTGGCGCAGATTACGTACGTTTCGTTTGA

Transcript

evm.model.contig_40742.1

atgccatgttttaatagtttttccgatgttttggaaggaattttagatgtaaacggtggtcagtggtcagcgGTCAGTGGTCAGCGGTCAgcggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtgttCAGTGGTCTGTGGTCAGTGGTCATtagtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtggtcagtgTTGAAGATGAAGTCCGGGATGTCGAATCTTCTGGTATTGTGACAAGTGAAGGTGGGTCAGTGAGAGTGAATGGCGTCCAACTCACATGCCCTCCAGGAGCTGTGGATGATCCTGTGAACGTCAAACTTAAATTACAAGAGCCTCAAAAATACTATGGTCTGATACTTAACCATGGACTTGAAAATGATTTGATATTTGGCGCACCCATTATCAATTGCCGACCAAATGGCCAGACCTTTAAGAAACATGTCAGGTTGACAATTGCGTTAGACCGCTATGAGAAAGAAACCTGCCCCGAGGCTTTACTTGTTTTACATGGTACACCAGCCGCTGACGGAAGAATCGTTTGGGAGGATGTCACGCGAGATTCTAAGTTCGATCTAGAAAAGGAGGAGCTAGAAGTGAAAATTGCCCAATTTTCACTCATTGTAATACTTTTGAGATTAACATGGgttcacacaaaaaaaattgttacgcGGCTAAACCTCATATCCTTCAAATATACGTTGTTGGTGCTCTTTAAAAGTAATCACCAACATTTGCCTTTTGAGGATCTCGCTCTCGTGTTCATGAGCCAAGATATATACCAAGAACAGTTTTACAGAGAACGCGATTATTCAGCTTTGGTGCAACTCAAAAGGGATGGGTTTGAGGAGCTTGCTTCCAACGTTGGACAGGAAATCGGTTATATCTACAACAAGGAAAGCTTAACGGTTTCATTTCAGCTGGGAGAAGATTACAAACCTGCCAATGACAAGCAACAAAGCATAACATTTACCGTAGATTCTTCGGTTTGGTGGAGTACTGGGCATGTTCTCAAACTGCCATTGAAGGCGTCTGGTGCTGACGTCAAAATCCTGTGTGGAAGAGTTGTTGTTCGAGGTCAGCATGGTCACGTTCGAGAGGATCACTTCTGCGAACAAGATTTCTGCGGCTACATAAGACGACTTTTAGGGGTCGAGAACGTGATTTTCAACCTTAAATCCTTGACACTAAAGCTTGGATTGTCCGAAGAAACGTTGAATGAAGTTGTTCCCTGTTGGCAAAGCGAGGCAAAACAACTGGAAATAATTTTGCTACGCTGGCGAGAGAATCAAGAGAACACAGACGATTACGCCGTGCTCAGAAAAGCACTAGAAGGGTTGGAACCTGAAGGTAAAAATGCTTTTGGCGCAGATTACGTACGTTTCGTTTGA

Protein

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF21300 all species →	LbR_Ice_bind	Grass antifreeze beta roll	Repeat	Interproscan
PF00791 all species →	ZU5	ZU5 domain	Family	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR011049 all species →	Homologous_superfamily	Serralysin-like metalloprotease, C-terminal	Interproscan
IPR048518 all species →	Repeat	Ice-binding protein, beta roll	Interproscan
IPR000906 all species →	Domain	ZU5 domain	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR35846 all species →	PROTEIN CBG05131	Interproscan

Gene Ontology

No Gene Ontology signature was detected for evm.model.contig_40742.1. This gene does have a gene model — the search simply returned no hit.

Search by domain instead of by gene. Any accession above (InterPro, Pfam, PANTHER, GO, KEGG) can be used as a query on the Functional Domain Search page, which searches all 148 annotated genomes at once.

KEGG pathway

No KEGG orthology assignment for evm.model.contig_40742.1.

Searching by KO or pathway ID across all species is available on the KEGG Pathway page.