Gene detail

Detailed information of gene21819.t2 in Actinoscyphia liui

Genomic Location: chr6:17082483...17149182
NR annotation: XP_020908667.1, lipoxygenase homology domain-containing protein 1 isoform X1 [Exaiptasia diaphana]
Species Actinoscyphia liui · all data for this species · gene families

Gene Structure

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Sequence

CDS

gene21819.t2

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Transcript

gene21819.t2

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Protein

gene21819.t2

MYGTRTETITTKEVRHVRSINGKVILDDYDQHTDRDVEYTPDKHSYVAIGSNSHEFGAIDNGSPRKPKEMVFETDTEVQQSARGDIDDMPTGPVPPQPRTFDISDLGSESSHKDFSDAPPYPPGATARSGYSSDRENTRRKSSSGSTAGLKSASVTLPMKSNTISRTETSPGSQSVVYNIMLKIGEVKGDGANGNVYIQLFGENGDSSKINLRQAGDDQHSFNEGDQYRCTVNDTDIGKIDRIKLSHDHMDYGSGFFVEEVEIDIPSRNDNYKFPCQFWLSQERHQIMPAERSLSASTPPPTKLYNVSMQLGRVMNPNAKLYLQLCGDHGDSSKIVLRPTGGPTDTFQEGKVYRFSVDMPSVGMVDKIRIGHESRGRNKGIYVDEVEVTPENEETVFFPCGCWLAEDMSDGKLEREVLMGQAPAPIGTDATHTVSVTLGEVLNYNAQLYIYLIGVRGETSKVPLRPEELLERTKTYQFPLALNVDIGKIEKIILGQNSRGYGKGLFIEEVNVWPNGGTPVNFPCQCWLAEDVWDSKIERELLPGKPVKKAPNTTYELTFKTGDKPHAGTDANVTLQLFGVHGQTEKIMLRQSGRLNTLKRFDRGRTDRFDVQTLNVGKLTKIRLSHDNSNPDPEWFLDKLTISIPDDIGETYHFPVNRWLTGDEADTLVEMEMEPALIEPIVVVEKELPVQSEVNFQDLEPPKVLYTVSYRLGPILDPYTRVYLMFHGEKGDSEKIYLNPPQGEELESNKVYKIITETSDVGQIHSATIGHDSPGPDKGVFVEEFDISSPAEKPVQFPCRCWLAEDVDDGEIERTLSPGETLTYPYEITFTIGDVIDPHCKLYMMVYGTKGDSGKLYLSPSDGSQFVKGRTYKVIADLRDIGDIDEIRLGLDGDRGLFVEEIDIKATNIESVVFPCRCWLDESIDDGKTDRVLRPGQSVTFPYEIVFTLGEVDPNAQLYMIMYGTDGDSGKLFLTPSDGSKFVKGQTYRVMVDVPDIGDIERIRLGQEGSDKGLFVEEVEIRAQGKEPLLFPCRCWVDNQERDLAPNETITPVEDTTLYNAAFETGDVPFAGTDATVFLQMFGTEGCTDKIEFPQEDGKEERFEKGRTDKFAVETLDIGDLTKVRVGHDNTGHSPEWFLKQLTIDIPSKDKHYVFPYNNWIAGEDVDLEPVDEKSKTELYTILLKLGDVLDPHTPVLVQLIGEKGESGKIQVKPGVRPTDKFEKDKVYKLIARVSDIGRIKDVVVTQDETIPSEGLYVEEVEVTTSHGDCFVFPVRCWTCPDKEKDKDMLYDVTFKTGVLPNSGTTANVFFQIHGEEENTEEIQLQEDKSLNLFETGGTDKFKVETKDVGKVKRLRVGHDNTGSSPDWYLQRVDINIPENDEHYQFNFNQWIGGRNPVVQVAAAPDRSDKLQDLDYRITVKTGDDPLAGTDSNVFLQMFGEEGQSSKFLLREEGDKTRFARGKTDKFVIRNKDLGTLERINVCRDDTGSRSGWQLDNVMIDIPEKDEHYIFRCNRWLTGSSPDADFRGEKVSGKDGMYTVVCKVGDVLDPGVSPYFQISGNDGETGRIMLRDGYPKQHAFKKGNTYKVSLKNPDVGEITKLRVGDDGGGRGRTIFIEEVSIIDKNGDEVAFPCNCWLGTDDDGRPMVRELVPGESLPADVDDIFYHMTIITADEPEAGTDSTVYFRLYGEKGETSDIVLEDERKTFKKFESGRADKFVVQTADVGKLEKMVIGHDNRGPDPSWYLEEVHVDIPSRNEHYVFKCGRWLRINNGKDETETVLYPDDGAKRELVVDQIAGVIDENLVQGAMTDDGGTKRQLVVDQIAGVIDENLVQGAMTDDDGTKRALVDDQIAGVIDENLVQGAMADDDGTKRALVGDQIAGGTDEKLVQGAMTDGLFAEDSQAKASGELDYKLDITTADQPNASTNSGVHFQLLGERGETDKVQLGDNKDGHYFQPGQTDTFNTRGKDVGKLQYLRVGHDGQNPSPDWLIDEAVVYVPDRNERYVFKNDRWIDNRDNPIDIPLESFSYCQLIGKEPTIPDLLAFMKSGDNVKATHAAFYLQHLCYNDENIKNEVRELKGIPIIIECLHRNNENVRYGAACVLRNLSYSASSDDNKVTVVVILHIYHIYIMAVVIVVLTIIRNCGSDTAYISYIYLMAVVIVVLTIISDLSGDGCDDYSDLSGDGCDDYSDLSGDCCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCDDYSDLSGDCCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCDDYSDLSGDVCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCDDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDVCDDYSDLCGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDCCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCDDYSDLSGDGCDDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCDDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDDYSDLSSDCCIDYSDLSGDDYSDLSSDCCIDYSDLSGDGCDDYSDLSGDCCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCDDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSSDGCDDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCDDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDCCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCDDYSDLSGDVCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCDDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCDDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYSDLSGDGCIDYLIVI

UniProt (Swiss-Prot top hit)

UniProt accession	Description
C8YR32	Lipoxygenase homology domain-containing protein 1 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Loxhd1 PE=2 SV=1
Q8IVV2	Lipoxygenase homology domain-containing protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=LOXHD1 PE=2 SV=4

Gene family

Family type	Membership / link
Orthogroup (gene family)	OG0004114 (this species only) · gene tree & orthology

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF01477 all species →	PLAT	PLAT/LH2 domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR001024 all species →	Domain	PLAT/LH2 domain	Interproscan
IPR036392 all species →	Homologous_superfamily	PLAT/LH2 domain superfamily	Interproscan
IPR016024 all species →	Homologous_superfamily	Armadillo-type fold	Interproscan
IPR000225 all species →	Repeat	Armadillo	Interproscan
IPR003110 all species →	Repeat	Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM	Interproscan
IPR052970 all species →	Family	Inner ear hair cell lipoxygenase homology domain-containing protein	Interproscan
IPR011989 all species →	Homologous_superfamily	Armadillo-like helical	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR45901 all species →	PROTEIN CBG12474	Interproscan

Gene Ontology

GO term	Category	Description	Source
GO:0005515 all species →	Molecular Function	protein binding	Interproscan
GO:0004888 all species →	Molecular Function	transmembrane signaling receptor activity	Interproscan
GO:0007166 all species →	Biological Process	cell surface receptor signaling pathway	Interproscan
GO:0016020 all species →	Cellular Component	membrane	Interproscan

Search by domain instead of by gene. Any accession above (InterPro, Pfam, PANTHER, GO, KEGG) can be used as a query on the Functional Domain Search page, which searches all 148 annotated genomes at once.

KEGG pathway

No KEGG orthology assignment for gene21819.t2.

Searching by KO or pathway ID across all species is available on the KEGG Pathway page.