Gene detail

Detailed information of pspe_0.1.m1.49912.m1 in Pachyseris speciosa

Genomic Location: Sc0000622:206256...230624
NR annotation: CAH3189634.1, unnamed protein product [Porites evermanni]

Gene Structure

More details in Jbrowse

Sequence

CDS

pspe_0.1.m1.49912.m1

ATGTCGAATGCTGAAGGCAACATTGGTAGCAATGATGGTGATCCACCTGAACTAAATGTGAACCTGCCATCCCCGAAAGATGTGAACGCGACCCCAAAACATCGAAGTGCTGTTCCTCTGCCTGTTGATGTGCTACTGCTGACAGTGAAGGAATGTGAGTTCTTGGCTTGTTACAGGCAGTTGATCAATCCCTTTAAATGTTGGTTTGACGAAATTGGCCTCGTGTACTTTGAGAACGCGGAAAATGGTGAGAAAGTGAGAGTGGCTTTAGTGGGTTGTTCGGAAGGCTCTGTTACTCCTGGTGGCTCTCTTATTACCGTGACGAAAGCTGTACCTGTGCTTCGACCAAAGGCGGTCATTGCAGTGGGAACTTGCAGTAGTCTAGATCCCAATAAAGCCAAGCTGGGAGATGTTATTGTCTCTGCTAAATTAAACGAGTTACCAACTGGTATGAAAAATTACGTTAGCAGACGATTTCTTAAAGTCATCAACCATGCTGGTTTTGGTTATAAAGCACCTTTGCAAGATCCCGAGGTTCGTGAAATCAAAGTTCACTGTAATGGCGAGTTTTTAAGTGGTCCAGAACTGGTTTGTTCAGAGACAAGGCGCAAGGAACTGGCTCAGTGCCATCCTCAAGCTCTTGCCGTGGAGACGGAAGGCGGAGGTGTTTTTACTGCAGCGTTTGAAGATCAGATTGAATGGCTCATTGTCAAAGGAATAGCTGATTATGCAGATGGTGATGAACCAACAACTGAGCGTTGGAGTCCTTTTGCCACTGTGATGGCGGCTTCTGTTGTCCAGCACATTCTAAGTAATCCATATGTTTTCAATACGTGGCCAAATTATTGCAGTGAAGAATCATGTTACGATGGTCAAGGTTCGACGCAAGCAAGAACAAAACGTGCTCAAAAGCGGAAGTGGACAGAACAACATGCAGTAGGTGCGTCACACGCAACCCATATTATACAAGGGATCCGTCAAATCTACGAAACACGTGAGGGCCAGGTTTTGCCAGTTCCTTGGTGTGAAGAATTCAGCTTCCCTCTGAAAGACATCTTCACCACGCTCCGCATCGTTGGAAAAGAAAAGAGACGAGGACAGCTGACTGATGAGATCACTAACATGACAAAATGTGCAAATTGTAAAAAGGAAATTTGTACCCAACTAGCTAATAATTTAGGTAGAGCCTTTTCTCGAACTGAGAATTTGGATTTGCGTGAGGACCGTATTGGTGCTGAGGGTGCTAATTATCTTTCCCAGGCTCTCATGGTAAACACCACCCTGACTAATTTGGATTTGTCTGTGAACCGTATTGGTGCTGAGGGCGCTAATTCCCTTTCCAAGGCTCTCAAAGTAAACACCACCCTGACTAATTTGGATTTGTGTTGGAACCGTATTGGCGATGAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGCTATCAAAGTAAACACCACTCTGACTAATTTGAATTTGAGTCAGAACAGTATTGGTGCTGAGGGTGTTAATTCCTTTTCACAGGCTATCAAAGTTAACACCACTCTGACTAATTTGAATTTGAGTCACAACAGTATTGGTGCTGAGGGTGTTAATTCCTTTTCACAGGCTATCAAAGTAAACACCACTCTGACTAATTTGAATTTGAGTCATAACAGTATTGGTGCTGAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGTTCTCACAGTAAACTCCACCCTGACTAATTTGGATTTGGGTGGGAACAGTATTGGTGCTGAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGCTCTCACAGTAAACACCACTCTGACTAATTTGAATTTGTATGTGAACAGTATTGGTGCTGAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGTTCTCAAAGTAAACACTACCCTGACTAATTTGGATTTGAGTTGGAACAGTATTGGTGATGAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGTTCTCACAGTAAACTCCACCCTGACTAATTTGGATTTGGGTGGGAACAGTATTGGTGCTGAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGTTCTCACAGTAAACTCCACCCTGACTAATTTGGATTTGGGTGGGAACAGTATTGGTGATGAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGCTCTCACAGTAAACACCACCCTGactaatttggatttgaatAGCAACAGGATTGGTACTAAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGCTCTCACAGTAAACACCACTCAGACTAATTTGAATTTGCGTAGCAACAATATTAAATTTGAATATCGA

Transcript

pspe_0.1.m1.49912.m1

CATTATTGTTCctgtttttaaaaacattcaCTCGCTTTCACATTCCAGTGTACACAGAATTGGTGTCTCTCCTCCTTGAAAATCAGTGTCCTTTGATGCAGttgAGTGGAAACCCTTCTGTGCACCAGCAGAATCTGCTCTGTGCTCAGAGACTACGtATGGAGACCAACAAGAGGTTGTTTCTGACGCCTTTGAGGATCGTTACTTCCTTGCTGCCATGTCGAATGCTGAAGGCAACATTGGTAGCAATGATGGTGATCCACCTGAACTAAATGTGAACCTGCCATCCCCGAAAGATGTGAACGCGACCCCAAAACATCGAAGTGCTGTTCCTCTGCCTGTTGATGTGCTACTGCTGACAGTGAAGGAATGTGAGTTCTTGGCTTGTTACAGGCAGTTGATCAATCCCTTTAAATGTTGGTTTGACGAAATTGGCCTCGTGTACTTTGAGAACGCGGAAAATGGTGAGAAAGTGAGAGTGGCTTTAGTGGGTTGTTCGGAAGGCTCTGTTACTCCTGGTGGCTCTCTTATTACCGTGACGAAAGCTGTACCTGTGCTTCGACCAAAGGCGGTCATTGCAGTGGGAACTTGCAGTAGTCTAGATCCCAATAAAGCCAAGCTGGGAGATGTTATTGTCTCTGCTAAATTAAACGAGTTACCAACTGGTATGAAAAATTACGTTAGCAGACGATTTCTTAAAGTCATCAACCATGCTGGTTTTGGTTATAAAGCACCTTTGCAAGATCCCGAGGTTCGTGAAATCAAAGTTCACTGTAATGGCGAGTTTTTAAGTGGTCCAGAACTGGTTTGTTCAGAGACAAGGCGCAAGGAACTGGCTCAGTGCCATCCTCAAGCTCTTGCCGTGGAGACGGAAGGCGGAGGTGTTTTTACTGCAGCGTTTGAAGATCAGATTGAATGGCTCATTGTCAAAGGAATAGCTGATTATGCAGATGGTGATGAACCAACAACTGAGCGTTGGAGTCCTTTTGCCACTGTGATGGCGGCTTCTGTTGTCCAGCACATTCTAAGTAATCCATATGTTTTCAATACGTGGCCAAATTATTGCAGTGAAGAATCATGTTACGATGGTCAAGGTTCGACGCAAGCAAGAACAAAACGTGCTCAAAAGCGGAAGTGGACAGAACAACATGCAGTAGGTGCGTCACACGCAACCCATATTATACAAGGGATCCGTCAAATCTACGAAACACGTGAGGGCCAGGTTTTGCCAGTTCCTTGGTGTGAAGAATTCAGCTTCCCTCTGAAAGACATCTTCACCACGCTCCGCATCGTTGGAAAAGAAAAGAGACGAGGACAGCTGACTGATGAGATCACTAACATGACAAAATGTGCAAATTGTAAAAAGGAAATTTGTACCCAACTAGCTAATAATTTAGGTAGAGCCTTTTCTCGAACTGAGAATTTGGATTTGCGTGAGGACCGTATTGGTGCTGAGGGTGCTAATTATCTTTCCCAGGCTCTCATGGTAAACACCACCCTGACTAATTTGGATTTGTCTGTGAACCGTATTGGTGCTGAGGGCGCTAATTCCCTTTCCAAGGCTCTCAAAGTAAACACCACCCTGACTAATTTGGATTTGTGTTGGAACCGTATTGGCGATGAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGCTATCAAAGTAAACACCACTCTGACTAATTTGAATTTGAGTCAGAACAGTATTGGTGCTGAGGGTGTTAATTCCTTTTCACAGGCTATCAAAGTTAACACCACTCTGACTAATTTGAATTTGAGTCACAACAGTATTGGTGCTGAGGGTGTTAATTCCTTTTCACAGGCTATCAAAGTAAACACCACTCTGACTAATTTGAATTTGAGTCATAACAGTATTGGTGCTGAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGTTCTCACAGTAAACTCCACCCTGACTAATTTGGATTTGGGTGGGAACAGTATTGGTGCTGAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGCTCTCACAGTAAACACCACTCTGACTAATTTGAATTTGTATGTGAACAGTATTGGTGCTGAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGTTCTCAAAGTAAACACTACCCTGACTAATTTGGATTTGAGTTGGAACAGTATTGGTGATGAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGTTCTCACAGTAAACTCCACCCTGACTAATTTGGATTTGGGTGGGAACAGTATTGGTGCTGAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGTTCTCACAGTAAACTCCACCCTGACTAATTTGGATTTGGGTGGGAACAGTATTGGTGATGAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGCTCTCACAGTAAACACCACCCTGactaatttggatttgaatAGCAACAGGATTGGTACTAAGGGTGCTAATTCCCTTTCCCAGGCTCTCACAGTAAACACCACTCAGACTAATTTGAATTTGCGTAGCAACAATATTAAATTTGAATATCGA

Protein

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF13516	LRR_6	Leucine Rich repeat	Repeat	Interproscan
PF01048	PNP_UDP_1	Phosphorylase superfamily	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR001611	Repeat	Leucine-rich repeat	Interproscan
IPR032675	Homologous_superfamily	Leucine-rich repeat domain superfamily	Interproscan
IPR035994	Homologous_superfamily	Nucleoside phosphorylase superfamily	Interproscan
IPR052201	Family	Leucine-rich repeat-containing regulator of pluripotency	Interproscan
IPR000845	Domain	Nucleoside phosphorylase domain	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR24111	LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN 34	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0005515	Molecular Function	protein binding	Interproscan
GO:0003824	Molecular Function	catalytic activity	Interproscan
GO:0009116	Biological Process	nucleoside metabolic process	Interproscan