Gene detail

Detailed information of scaffold307.g2.t1 in Morbakka virulenta

Genomic Location: scaffold307:26137...43455
NR annotation: XP_022807952.1, putative leucine-rich repeat-containing protein DDB_G0281931 isoform X1 [Stylophora pistillata]

Gene Structure

More details in Jbrowse

Sequence

CDS

scaffold307.g2.t1

ATGGATATCAAAGGATTTTTTGCGTGGTTTATTGTTCAGTTACTTTTATCAAAATACTGTATTCGTGGAAGGTGCAATTTCAGAGCAGGAAACCATTTGCTATGCAGTTATGAAGGAGGAAGTGCAATTAACCCATTACACAAAATAACAAATAAGACAGTCAGCTTCGAGATAGAGAATTATCCTCACCTGGACATAAAACGACTGTTCTTTAGAAAGACGAGAGTAAGAAGTTTACTGTTAAAAAATAACAGTATTTCACATTGGTTTTATTTGCCAAGGCGAGCAGAAATACTAATGTTATCAGATAACAATTTGAATTTGCATGAAATACAAAAACTTCTCTCTTTTGATCTCCCGACTCTGCTTAAACTCGGTCTTGAAAGAAACAAAATTGCTATCCCAAGAAATTTCAAAGTAAATTTATTCCGGAACATACCTAACCTTATATATTTAGACCTTTCTGGAACTGTTATGCCATACATATCGGAATCATTTTTTAAATCTCTTCGTCAATTGATGTTCCTTTACATTAAAGGCTGTATGACTAAAAATATCCACCCTCATGCCCTCCTTGGTTTAAATAACTTACAAGTAATAAATCTGCAAGGTAATAAGCTTAAAAAGGTACCTAGCGAATTGTTTTATTCTACAAAGCTTTACGATATTGACATGTCTTTCAATGAGCTGGAAATGTTACCAGTCATTAACGGACCGAAAGACATGACGAGGTTGGATTTTTCAAACAACGTTATCAATAACATTAGGAACCTGATATATTCAAATATTACAAGTATTGCATCGATTTTTCTGGGAAACAACAAAATACAGAATTTACCTGTTGGAATATTCAAAAAAATCCTAGTTACAATTTTATTTGATGTATCTTCAAATGACATCAAAGTCCTGGAGGATAACTTCTTTGAAGATGCGAAAAATGTAATGATTGTTAATCTTTGTAGGAACAATATAGAGAGCGTGACAAGGAGAACTTTTGCCGGATTGAAATTATTGTATGCCTTATACCTCAATAACAATAACATAAGTCATTTACCTGACGATATTTTTGATGGTTTGGTAGTTAAAAATATCCTTCTGCACAGCAACAAATTGACCCAAATATCCAGACCTTTTCGCAAATTAAAGCATGTGAAATTTGTCACATTATTTGATAATGATATTTCAACTATATCACATTCGACTCTTGTTGACTTTAACGAGCATACAGATATATACCTTAGCTGCGATAAGTTAGCAGTTTTAAATATCACGAAAGAGTGTGTCTGTAATATTCGTTGTAGCCCTGCTCATCGTATAGAACTTAAATATCTAGATTATTCCATTTCGCTATCTTTGAAGTTTGTAGGTTTTGAATGCCAAGGAAAATTAAAGTATAATGCTGCAGTACCGATAACATTGACAAGATGTGTTGCCTGTTCTCCAGGGCATTTCAATAAAGGATACGAAGTGTGCCAAAAATGTCAAAAAGGGGGCTTTTATCAAGACCAACCAGCCCAGAGTTACTGTAAACGGTGTAATTTTGGTCAGTTTGTGAATCACCATGGTGGTCGCTCAATTTTGAACTGCAAAACTTGTCCTGGAGGAACCGATCCCAATCGCTTTGCGGGTACAAGAGCTTGTTATTGCCTACCTAACTTCTCGAGGCGTGATCGATTTGGCACTTGTACAAAATGTACTCAAGAAGGATTACAGTGTAAAAATGATTCTGAACGACTTGCTCCTGGATTCTGGTGGCAGTGGAATGAGAATGCTGCCTTGAGTGGATATGAATGTTTTTTAAAAAACCTTGACAACCATGATGTAGATTACAACATATCGTGCAATACGTTTTTAAGAGAATTACCAGCAGTCTTTCAGTGTACTAGAAAGAAGGCTTGCCTCGGTGGTATATATTCAAAATGCCAAAGGAACTATACAGGGCCTTTGTGTGCCGTCTGTAATACCGGATTTTATGAAACTGTAGAATGA

Transcript

scaffold307.g2.t1

GAACAGAACAGCGTTTGTTATTAATGAAGTGAAATGTAGAAACAAGACGGAGGGGAAACTTAGCAGTACGACAGGTTTCAGCCTTCAAAATGGCAGTTGCCCTTCGATTCCTTGTGTGTATGTTATGGCACGATCAAACCGGTCATTTTCATTCGTTCtgcactggagaacaaaattggaatcttttgtgagGTTACCCTTTTTCAACCATACCATGGATATCAAAGGATTTTTTGCGTGGTTTATTGTTCAGTTACTTTTATCAAAATACTGTATTCGTGGAAGGTGCAATTTCAGAGCAGGAAACCATTTGCTATGCAGTTATGAAGGAGGAAGTGCAATTAACCCATTACACAAAATAACAAATAAGACAGTCAGCTTCGAGATAGAGAATTATCCTCACCTGGACATAAAACGACTGTTCTTTAGAAAGACGAGAGTAAGAAGTTTACTGTTAAAAAATAACAGTATTTCACATTGGTTTTATTTGCCAAGGCGAGCAGAAATACTAATGTTATCAGATAACAATTTGAATTTGCATGAAATACAAAAACTTCTCTCTTTTGATCTCCCGACTCTGCTTAAACTCGGTCTTGAAAGAAACAAAATTGCTATCCCAAGAAATTTCAAAGTAAATTTATTCCGGAACATACCTAACCTTATATATTTAGACCTTTCTGGAACTGTTATGCCATACATATCGGAATCATTTTTTAAATCTCTTCGTCAATTGATGTTCCTTTACATTAAAGGCTGTATGACTAAAAATATCCACCCTCATGCCCTCCTTGGTTTAAATAACTTACAAGTAATAAATCTGCAAGGTAATAAGCTTAAAAAGGTACCTAGCGAATTGTTTTATTCTACAAAGCTTTACGATATTGACATGTCTTTCAATGAGCTGGAAATGTTACCAGTCATTAACGGACCGAAAGACATGACGAGGTTGGATTTTTCAAACAACGTTATCAATAACATTAGGAACCTGATATATTCAAATATTACAAGTATTGCATCGATTTTTCTGGGAAACAACAAAATACAGAATTTACCTGTTGGAATATTCAAAAAAATCCTAGTTACAATTTTATTTGATGTATCTTCAAATGACATCAAAGTCCTGGAGGATAACTTCTTTGAAGATGCGAAAAATGTAATGATTGTTAATCTTTGTAGGAACAATATAGAGAGCGTGACAAGGAGAACTTTTGCCGGATTGAAATTATTGTATGCCTTATACCTCAATAACAATAACATAAGTCATTTACCTGACGATATTTTTGATGGTTTGGTAGTTAAAAATATCCTTCTGCACAGCAACAAATTGACCCAAATATCCAGACCTTTTCGCAAATTAAAGCATGTGAAATTTGTCACATTATTTGATAATGATATTTCAACTATATCACATTCGACTCTTGTTGACTTTAACGAGCATACAGATATATACCTTAGCTGCGATAAGTTAGCAGTTTTAAATATCACGAAAGAGTGTGTCTGTAATATTCGTTGTAGCCCTGCTCATCGTATAGAACTTAAATATCTAGATTATTCCATTTCGCTATCTTTGAAGTTTGTAGGTTTTGAATGCCAAGGAAAATTAAAGTATAATGCTGCAGTACCGATAACATTGACAAGATGTGTTGCCTGTTCTCCAGGGCATTTCAATAAAGGATACGAAGTGTGCCAAAAATGTCAAAAAGGGGGCTTTTATCAAGACCAACCAGCCCAGAGTTACTGTAAACGGTGTAATTTTGGTCAGTTTGTGAATCACCATGGTGGTCGCTCAATTTTGAACTGCAAAACTTGTCCTGGAGGAACCGATCCCAATCGCTTTGCGGGTACAAGAGCTTGTTATTGCCTACCTAACTTCTCGAGGCGTGATCGATTTGGCACTTGTACAAAATGTACTCAAGAAGGATTACAGTGTAAAAATGATTCTGAACGACTTGCTCCTGGATTCTGGTGGCAGTGGAATGAGAATGCTGCCTTGAGTGGATATGAATGTTTTTTAAAAAACCTTGACAACCATGATGTAGATTACAACATATCGTGCAATACGTTTTTAAGAGAATTACCAGCAGTCTTTCAGTGTACTAGAAAGAAGGCTTGCCTCGGTGGTATATATTCAAAATGCCAAAGGAACTATACAGGGCCTTTGTGTGCCGTCTGTAATACCGGATTTTATGAAACTGTAGAATGAGAGCGTTTTTTCTGGGGTTGGCAAACAGTCATACTTGGACATGAAATTGAAAAAGATGTGCTTGAGGATCGAATACAAAAGTCAATTTTGGCAATGACCAATGGCTTTAAAATGTCAAATAAAATTTAATCATCAGATGCAGATGAGGATCGAATGTGCAAATGTGCTCTGGCAATTACCTGTTTTTGGATGATAAATAAAGTGTGATAATACGATGCAATTAAGGATCTAATTCACCAATGAGCTCTGGGAACCTCTTATCGTTTTAGGATGCTAAATAAATTGTGATAATAAGATGCAATTAAGGATCTAATGCACAAATGTGCTCTGGGAACTACTTATCGTTTTATGATGCTAAATAAAGTGTGACAATAAGATGCAACTAAGGATCGAATGCACAATTGTGCTTTGGAAACTACATATCGTTTTAGGATGCTAAAAAAAGGGAAATAATACGATACAGTTAAGTATCAATTCCCAAATGTGCTTTGCGAACTACTTATCGTTTTGTGGTGCTGAGTGGGTTGTGATAATAAGATGCAACTAAGGATCAAATGCACAACAGTGCTCTGGAAACTACTTATCGTTTTATGATGCTAAATAAAATGTGACAATAAGATGTAAGTAATGATCGAATGCACAATTGTGCTTTGGAAACTACATATCGTTTTAGGATGCTAAAAAAGTGAAATAATACGATACAGTTAAG

Protein

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF13855	LRR_8	Leucine rich repeat	Repeat	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR001611	Repeat	Leucine-rich repeat	Interproscan
IPR003591	Repeat	Leucine-rich repeat, typical subtype	Interproscan
IPR050541	Family	Leucine-rich repeat and transmembrane domain-containing protein	Interproscan
IPR032675	Homologous_superfamily	Leucine-rich repeat domain superfamily	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR24369	ANTIGEN BSP, PUTATIVE-RELATED	Interproscan

Gene Ontology

GO terms	Category	Description	Source
GO:0005515	Molecular Function	protein binding	Interproscan
GO:0005886	Cellular Component	plasma membrane	Interproscan

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	pathway	mapID	Source
K06850	SLIT3; slit 3	-	Glycosaminoglycan binding proteins	ko00536	deepkoala