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Detailed information of scaffold49.g29.t3 in Aurelia aurita complex sp. Pacific

Genomic Location: scaffold49:521837...579225
NR annotation: no NCBI-NR hit recorded
Species Aurelia aurita complex sp. Pacific · all data for this species · gene families

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Sequence

CDS

scaffold49.g29.t3

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Transcript

scaffold49.g29.t3

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Protein

scaffold49.g29.t3

LSEKSKPLEITVTATIPVLCASYGSVKDVVRLEVAQLDARDTVSSECLLKFENGTKEKSFKIAVIKDRVNRGNYQMQLKMKVQDKKLFPSVWRKHAVLPAIKVMVSDVPFGRCTSSGDPHISTFDNWYYHHYQIGDYVLVNSTARRFEVQVRTWQCSSVSCNCGIAAREGDDVVVIDMCREKIPRVYFPSEKTVEKMPGTRIRRDKNGKRFIIDFPSGANIKFDTYHWYSDVYYGNLEVNVPSDDYKNTVGLCGTFDGIRSNEMTDRGGINRGTGLPYGSVGPKEFTESWKLPAGESLFYYKPQKKKCNRQRAAAYCTCTQPDIAGDDIEAKCNVNSLVKKEVIKNPNFKEVRFRGSVHCGHRRRRSTDDFIVMPEDDGLSDYVYNPMPLQIIVPTWPTKTGKTKIAVNGKCNNTIMTSVAAKACKKIESFNFGEYIDQCIEDVKIADDYAFASSAVKAMMSSCEDVLLSNISYWKADSTGNGTLAPPVEIMEIQCPGLCSGRGKCVNSTCLCDSGFTSDDCSINMTKGATFKAIPNGGLCDIRKRSDCLKIRATGSDFIDSKNLTCRVNEVEISGTSWNVTGKIKSTNGYLLSFAEMMCEMSTNPVKSSRDPRYWIGRPFAGYMVEVSNDGIHYSQQSHLYRIYDSRCIKCNLNGTCQHKNDSCLINGFCFGSGEDNPYVAWQRCIPSKNRTAFTEDFNECAHGAHNCHANATCSNTFGSFYCTCNTGYSGNGSICTDNDECTLGTDNCHSNGTCWNTNGSYTCACKVGYSGNGVECSDNNECILATHNCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGMKCEDNNECMLATHNCHNNATCLNANGSFTCSCNVGYSGNGSYCEDNNECVLATHDCHINATCLNTNGSFACSCNAAYTGNGVDCLEKNWCTLGTHNCHINATCSKLHESFTCACNDGYTGNGVLCADHDECMLATHNCHNNATCSNTNGSFTCSCNTGYSGNGVMCQDNNECSLATHDCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGFSGNGVMCEDNNECSLVTHNCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGASCEDNNECSLVTHNCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVKCQDNNECSLATHDCHNNATCLNTYGSFTCSCNTGYSGNGVMCEDNNECSLVTHNCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVKCQDNNECSLVTHNCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVKCQDNNECSLVTHNCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVKCQDNNECSLATHDCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVMCEDNNECSLVTHNCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVKCQDNNECSLATHDCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVMCEDNNECSLVTHNCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGASCEDNNECSLVTHNCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVKCQDNNECSLATHNCHNNATCLNTNGSFTCLCNTGYSGNGVMCEDNNECSLATHNCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVLCQDNNECSLATHDCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVMCQDNNECSLATHDCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVMCQDNNECSLATHDCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVMCQDNNECSLATHDCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVMCEDNNECSLSTHDCNNNATCLNTNRSFTCSCNTGYSGNGVMCEDNNECSLATHNFHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVKCADNNECSLVTHNCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVKCQDNNECSLATHDCHKNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGVKCEDNNECSLATHNCHNNATCLNTNGSFTCSCNTGYSGNGLKCDDVDECTLATHNCHTNAKCLNTKGSFTCICNMLYTGNGVTCIGKMKLKMVDRNVQYHLIKTFWGVEFESFKLYDKDYRYSTNILHKSYGILRVKDLYEAKILNFMHKVHHNPEKLPAAFXLETIETGVPQGSVLGPILFTIFVNDMANAMNDVKPRLFADDTNIFCFSNNINDLARVINSELAKLDEWFKANKLLINTSKTNHCLFKPNRNKTIDNDFAIEMGSKLKEVNSLKYLGLQIDCNLNWNDHIDILASSLVKYCSMFAKLRHLVPAECLKALFLSLVQSKISYALEVYGVAKECHLKRLQVLQNRMLKILQFKDYRYSTNILHKSYGILKVKDLYEAKILNFMHKVNHNPEKLPAAFHSYFETNEGKHKYETRQRKDYKLCRTRKHWGDQTLKNKGARLWNNLPDKIKHINNVKSFSNEIKNLRLLQYQ

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00078 all species →	RVT_1	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)	Domain	Interproscan
PF07645 all species →	EGF_CA	Calcium-binding EGF domain	Domain	Interproscan
PF12947 all species →	EGF_3	EGF domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR000742 all species →	Domain	EGF-like domain	Interproscan
IPR018097 all species →	Conserved_site	EGF-like calcium-binding, conserved site	Interproscan
IPR000152 all species →	PTM	EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site	Interproscan
IPR009030 all species →	Homologous_superfamily	Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily	Interproscan
IPR000477 all species →	Domain	Reverse transcriptase domain	Interproscan
IPR001846 all species →	Domain	von Willebrand factor, type D domain	Interproscan
IPR001881 all species →	Domain	EGF-like calcium-binding domain	Interproscan
IPR049883 all species →	Domain	NOTCH1 EGF-like calcium-binding domain	Interproscan
IPR050751 all species →	Family	Extracellular matrix structural protein	Interproscan
IPR024731 all species →	Domain	EGF domain	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR24034 all species →	EGF-LIKE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN	Interproscan

Gene Ontology

GO term	Category	Description	Source
GO:0005509 all species →	Molecular Function	calcium ion binding	Interproscan

Search by domain instead of by gene. Any accession above (InterPro, Pfam, PANTHER, GO, KEGG) can be used as a query on the Functional Domain Search page, which searches all 148 annotated genomes at once.

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	Pathway	Map ID	Source
K24469	SVEP1; sushi, von Willebrand factor type A, EGF and pentraxin domain-containing protein 1	-	Domain-containing proteins not elsewhere classified	ko04990	deepkoala

Searching by KO or pathway ID across all species is available on the KEGG Pathway page.