Gene detail

Detailed information of RMX51280.1 in Pocillopora damicornis

Genomic Location: SczhEnG_1809:691381...709095
NR annotation: no NCBI-NR hit recorded
Species Pocillopora damicornis · all data for this species · gene families

Gene Structure

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Sequence

CDS

pdam_00004709

ATGGACGACGATGCACACGAAGGCGATATCTGCAGGGTTTGTCGCGCTGAAGGGACACATGATAAGCCTCTGTACCACCCATGTATATGCACGGGAAGCATTAAATTTATACATCAAGAATGTTTGGTACAGTGGCTTAAACACAGTAAAAAAGAATATTGTGAATTATGCAATCACCGGTTTGCATTCAAACCAATTTATGCACCAGACATGCCCAACAGACTTCCTGTCAAGGATTTTGTTGGTGGTTTAGTAACAAACATTCTTAGAGCTCTAAAATATTGGCTTCATTACACACTGGTTGCCTTGGCATGGCTGGGAGTTGTACCTATTACAGCATATCGTATATACAGATGCTTATTTGCTGGATCTGTCAATTCTCTTCTTACTTTGCCATTAGATATGTTGTCCACAGAAAATCTATTTTCAGACTGTATACGAGGCTGTTTTGTGGTAGCCTGTACACTGTGCGCATTCATTAGCTTAGTTTGGTTACGGGAACAGATTATCACAAATGGTGGCCCTGCATGGCTGGAGCCTAATGCTGATCCTCTTCCTCAACTTAATGTTATAAACAATGATCCTGGGGGTGGTGCTGAGAATGCAGCTGCTGAGGGAGGTGGGGGTGGGGAGAATGTTAACCAGCCTCAAGATATTCCAGAAGAAGAAGGGAACAATGGAGCAAATCAAGATGCAGAAAATGGAGCTCAAAATGGTGATGATGATGCAAATTGGAATCCTGTGGAATGGGAGAGGGCTGCAGAAGAACTTACATGGGAGAGGATGCTTGGGCTGGATGGGTCTTTGGTATTTTTGGAGCATGTTTTCTGGGTGGTTTCTCTAAACACATCCTTTATTTTGGTCTTTGCCTTCTGTCCTTTTCACATTGGGCAGTTTACAGTTATTCTATTATCACTTGAGGAAGTGTTTCAGTCATCGAAATTTGAAGGTCTTTTAACTGCAGTTCTAGGATATGTGATTATTGCCTTCTCTCTAATACTGTGTCATAGTGTAGCATCTGTGTGTGGATTGAGAAGACCGAAAAGAATATTGGGGTTGTGCTATGTAGTAGTTAAGGTTTCATTGTTAATGTTGGTAGAGATTGGATTGTTTCCATTGGTGTGTGGTTGGTGGTTAGACGTATGCTCGTTGTCTCTGTTTGGAGCTACATTGAAAGACAGACTTCTAAGTGTTGATTCAGCACCAGGTACAGCCATGTTCCTTCACTGGCTTGTTGGTATGGTGTACGTGTTCTACTTTGCTTCATTTGTTCTCTTGCTCAGAGAGGTCCTCAGACCTGGTGTCCTGTGGTTCTTGAGAAATCTGAATGATCCTGACTTTCATCCAGTCCAAGAGGTTGTGTTCGGCACCACGGTGCTCCTTATGATGTATCTTCCTGTCCGACTCATTAAATGGCTGTTTCCAAGTTTCTTGCCGTACAATGTCCAGTTATTCAGTGAGGTTCCCGTAAGCGAGTTATCCCTTGAGTTGCTACTACTTCAGGTTGTGTTACCAGCTTTGTTGGAGCAGGGTCATACCAGACAATGGCTGAAAAATGTCATGCGTGGCTGGGCTGTTGCCGCAGCCTTCGTCCTAAATCTTAGATCATACTTGTTAGGGGACGTGCCTCTGGATGGAGCAGAAAATGTGTATGGATTGCATTTAAGTTACCGTGTTGATCAGAGGAATGCTGGAAATGGCCCTCAAGTAAACGCTGCCGGTCAGAATGCAGTGCAGGCTCAGCCAGCTGCTGGTAATGCTGCGGGGGGTGGTGGAGCTGCTCTCGGATTTCAGCCGTATATCAGACCACGTATGTTCGCTTTCAAGATATTGTTGCTTGTCGTGTTGATGTGTGTTTCGCTGTCTTTTGCAAGTTTTGTGACTTTAACTGGACCAGTTTTTATTGGCCGAAGCGTGATGCTGCTGTGGATGGGTGATGCCGCTGTACACGAGCTGTATACAGCAGCATGTGGTTTGTATATTATATGGCTTGTTTGCCGAATAGGCAGTGTACTCACCTCCTGGATACCTCTTGGCTGCAAGGGTGTTGCTTTGAAATTCTTCGAGTGGTTTCTCTTGGGTCTCAAGTGTGTTATCGTAGCCCTCGCTCTTATTGGCTTGGTACCATTATTGTTGGGCCTTCTGTTTGAGCTCGTCGTGGTAGCGCCTTTGCGAGTCCCTCTCGATCAGACCCCTTTGTTTTTTCCGTGGCAGGACTGGGCATTGGGTGTGCTTCACATGAAGATTATATGTGCTGTTACCATGATGGGACCAAACTGGTGGCTTAAGAGAGCTTTAGAACAGAGGTCATGTACCGAGAGAATCGTTTTAGTTGACGTTGATATTGTGGTAAATATGAAATGCTGCGGGGACTCGGCTGCGCCTCCTCGTAAGTATATAACATTTTTACCACTGTGA

Transcript

rna-pdam_00004709

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Protein

UniProt (Swiss-Prot top hit)

No Swiss-Prot hit above the reporting threshold for this gene.

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF12906 all species →	RINGv	RING-variant domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR013083 all species →	Homologous_superfamily	Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type	Interproscan
IPR011016 all species →	Domain	Zinc finger, RING-CH-type	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR13145 all species →	SSM4 PROTEIN	Interproscan

Gene Ontology

GO term	Category	Description	Source
GO:0030176 all species →	Cellular Component	obsolete integral component of endoplasmic reticulum membrane	Interproscan
GO:0030433 all species →	Biological Process	obsolete ubiquitin-dependent ERAD pathway	Interproscan
GO:0008270 all species →	Molecular Function	zinc ion binding	Interproscan

Search by domain instead of by gene. Any accession above (InterPro, Pfam, PANTHER, GO, KEGG) can be used as a query on the Functional Domain Search page, which searches all 148 annotated genomes at once.

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	Pathway	Map ID	Source
K10661	MARCH6, DOA10; E3 ubiquitin-protein ligase MARCH6	EC:2.3.2.27	Ubiquitin system	ko04121	deepkoala

Searching by KO or pathway ID across all species is available on the KEGG Pathway page.