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Detailed information of RMX58843.1 in Pocillopora damicornis

Genomic Location: SczhEnG_440:96263...136886
NR annotation: no NCBI-NR hit recorded
Species Pocillopora damicornis · all data for this species · gene families

Gene Structure

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Sequence

CDS

pdam_00014477

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rna-pdam_00014477

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TTTACCTAACCACACTTGACAATACTGCCCATTTAGATATATTTTGTGAATTAGAAGCTTCTTATAGAttgtttacataattttttttttactgttaaaCCTCTGCTTGATAGCTCTGACATGAAAGGTCTCCCCGCAGAAATAAAAGTGTCTCCAAAGTTATTTGAGGAGTGactaatttgaataaaatctCCTATCTCCATATAAGCttggttgaaaataaaacaaaggcaGCGAAATTATGAGCTTTTTTGGGAATTTGAAATCCCCTTTGAGTAGGTAAAGCACAAGACTTACCCACGCTATTGTAACCTTATGGACACGTTCTCATAGCAAACTCTTTGGTAAAGAActtgttaatttaaaagtcTTCCTGATGAGTTGTGGTTGATTAGGAAATTCACTGAaccttttcttgttgttgagCCGAATTTATGTTAGCTTCATTTTAGAGAAACCCCTATTGCTGCAatgttttatatatttaacGACAGGTAACACATGACAGGTGCACGAGATTTTGTTTGCCTTCACTTTCAAAGACgtgaacttaaaaataaagaggaatGCTGAATGCCTTGTCAGTGTGTGAC

Protein

RMX58843.1

MIPIIWLFSAVVQGCDPKCGNNSYCLEDDFFPYCSCSSGYTGNGDNCTVQARFYKRNCPTTPQTQGLKGKLNLSFWPLPSNCRHPTVCVRHVFTDRDECVEKNCTCAANEDCVNTIGSYSCNCSSGYTGEAGNCQDVNECSSLEMNDCDSNALCNNTDGSYLCSCRSGYQGDDVDECENGENSCDVNANCSNTPGSYVCKCKQGFDGDGETCRDLDECADKDACDANEKCVNTIVVPLGMLERHGNVKMLTSVQTLKRTNVIPKRCVTTLTGRMSVAVLVAIGAMEETAQISMSVPLMRQTIVIQMLFATIPMDPTSVVVKLDTRGMEGIVQVEFAFEIVIVVVKYGLSLSLDCLNITAVVTGCVPACGANASCLETGARPLCECNPGFEGDGYVCADIDECATSETNDCGPNAVCNNTDGSYVCLCTSGYKGDGRNCTDIDECSNPGTNQCAPNALCTNNKGSYTCGCREGYIGDGKSCTDIDECEKFEANECAPTALCNNTEGSYICRCLKGYTGDGKNCTDLDECAKNDTCAANEVCVNTVVAPLDTEGRQGVVKISTNVQLPRRISVTQMRFAPTAKDHIAAAVKMDIREMGKTAQVCFAFRLHCMRSETLLTLILETLVLCPRIDSESNNTLIIIDIDECANSEANQCDPNAECTNTNGSYVCRCLSGFQGDGRNCTGCSPSCGPNANCQNQDERPECVCKTGFQGDGYQCLDVDECDSSELNECSPNAVCNNTEGSYICNCVRGFEGDGKNCTDVEECESGENVCHANAKCSNTLGSYVCRCIRGFDGDGLTCIDRDECKDTSDTCGVGEECVNTIGSYSCNCASGYTGVAGNCQDVDECITGEATCHVNALCSNTIGFYVCRCIRGYEGDGRTCRDVDECKDGTANCPVNTDCVNTEGSYSCRCNEGYRRNEAGDCADLDECSEGLSDCDSNAYCTNTDGSFNCTCNPGYTGNGTTCIAVGVCDRPCAGNEECLEVDGKYQCTCKSGFARLGDVCLDINECEAETANCHSKAECVNTEGSYNCTCKAGFTGNNTFCTDIDECVADLTECDVNADCRNTEGSFTCACKAGFTGNGTSCKDINECERDPTACDKNALCNNTDGSYNCTCKDGFRGNGINCTEIDECFIFNVTCGSGAECVNTDGSYQCQCSTGFKEELDGNCSDINECETGSNDCDVNANCSNSDGSFSCRCKAGFDGDGKVCQDIDECIANPCDANAACLNTNGSFECTCRPGFDGDGKVCKDIDECTTNPCDVNAACSNTNGSFECTCRPGFDGNGKVCQDIDECTTNPCDVNAVCSNTNGSFECTCRPGFDGNGKVCQDIDECLISNPCDKNADCKNTNGSFVCTCRKGFTGNGTSCADIDECSKNGSPCDENAVCSNEDGSYNCTCKNGFTGSGIVCNDIDECVTNPCDANATCLNTNGSFDCSCFLGFEGDGKTCTDIDECVISNPCDKNADCVNTIDIDECSTNPCDDNAFCLNIKGSYECTCLPGFEGDGETCTDINECLADRSPCDSHVLVTKTLIVPTMRVLIAVLVNMDSLEMDQVVKVQYHFLTRELRACARASCRYDVENGTRSLARSIDTNPCDENAICTNNNGSYSCTCKQGFTGDNTTCEDINECSQDSSPCDQNADCANSGGSYSCTCKQGFSGNGTSCKDIDECSADSGPCDVNADCSNSAGFYSCSCKQGFTGNGTICTDINECSAVSNPCDEKADCGNSEGSYSCVCKQGFTGNGTACEDIDECSADTNPCHKNAICANNIGSHSCTCKQGFTGNGTACEDIDECSVDLNPCDENADCANNDGSYSCTCKKGFTGNGTTCQDIDECSVGSSPCDQNAYCSNSDGSYSCSCKKGFTGDGTTCTDIDECSTQSSPCNENADCTNNEGSYSCSCKRGFSGDGITCVDIDECSSDTSSCDQNADCTNSDGSYSCACKRGFSGDGVACTDIDECSADTSPCDRNANCTNSNGSYSCTCKQGYAGDGITCTDIDECSVDTSPCDQNAYCTNSNGSYSCTCKQGFTGDGITCTDFDECLTEPGSCGDNANCNNTDGSYICSCKKGFTGDGITCEDIDECSADSSICDKNADCSNSNGSYSCACKQGFTGDGYVCQGMRSKACSFKFMQTRHIYDIDLSTERPFTETNNEIAFQFSPLDIDECAPETNPCDVNANCSNSEGSYSCRCREGFDGDGKNCKDFDECLTEPGPCGDNASCNNTDGSYNCTCKKGFTGDGITCEDIDECSADSSICDKNADCSNSNGSYSCACKEGFTGDGSICQDIDECVSETNPCDVNANCSNSEGSYSCSCREGFDGNGKTCKDFDECLTEPGPCGDNAQCTNIGGSYNCSCKQGFTGNGLVCRDINECSADPSPCSSDADCANSDGSFSCTCKPGFTGDGTSCRDINECSEDSSPCDKNADCINSDGSYSCTCKKGFDGDGRSCKDFDECTLEPSVCGDYASCFNSDGSYNCSCRQGFTGSNGRCQGISMNARPFPVHVTKTLDVRTSMVHTVVNVKQDLQEMDLHARLMSPNIDNLWIFLGKSDIDECSADSSPCDDNANCINNDGSYSCTCKQGFDGDGETCEDIDECSTERNPCDENAECSNTAGSYSCACKAGFTRDGTTCQDVDECSREPTACDKNANCMNTKGSYSCACKPGFTGDGVTCQAVTPKIDLGVIFASLSDPTLKIMKDTVEVIVDEYGTKKTRYSLITCGQEASTKIDFTDNFRNTQGFKDAINAVVRPEGTPDLKNALDQAKKMFENAPPRPDAKKILVVLIDQKSVNSPQVLSVSAKEFEDSGITLLPVAIGSLADLDELSRLAPSKGIVIQIDDDDDGNAIAQKIINKGVKGSDDCTKCHSKSVCLSKDDVFSCVCKMGYTGNGQNCEDVDECELGIDICNANAFCTNNIGLYECSCMDGYIGDGFDCREREESIGATGGFTVINEHLAISCGKTLIQVILDKSFLMGMRRTDVRLNNPKCLPTDNGTHFLFQTNFTSCGTKLIDTDNFFIYENTIQEKPPQGIITRLADVDIPFRCCYLKEVQASAIQLETSRKIIRGNASDVGMFDINLGVFKDQGYTRPYGDQSFPIGVKVNERVFLQLSVDSEDRRLAVQAQRCHATPDPNPNSTIQYNLILNGCPQDPTVQYHHNDDNKGLHRFSVQTFQFVNSPDPFVYIHCKAVVCNSSDPNSECSKNCDVLPRNRHRRALPYSAPVHITLLSHGPIWLTNTERVQDSPWQHPLIGVSVVLGMFAVLCLVVIAVVRRKMITVKRGSSADV

UniProt (Swiss-Prot top hit)

No Swiss-Prot hit above the reporting threshold for this gene.

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00092 all species →	VWA	von Willebrand factor type A domain	Domain	Interproscan
PF12946 all species →	EGF_MSP1_1	MSP1 EGF domain 1	Domain	Interproscan
PF07645 all species →	EGF_CA	Calcium-binding EGF domain	Domain	Interproscan
PF12947 all species →	EGF_3	EGF domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR000742 all species →	Domain	EGF-like domain	Interproscan
IPR000152 all species →	PTM	EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site	Interproscan
IPR018097 all species →	Conserved_site	EGF-like calcium-binding, conserved site	Interproscan
IPR002035 all species →	Domain	von Willebrand factor, type A	Interproscan
IPR009030 all species →	Homologous_superfamily	Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily	Interproscan
IPR002172 all species →	Repeat	Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat	Interproscan
IPR009017 all species →	Homologous_superfamily	Green fluorescent protein	Interproscan
IPR001507 all species →	Domain	Zona pellucida domain	Interproscan
IPR036465 all species →	Homologous_superfamily	von Willebrand factor A-like domain superfamily	Interproscan
IPR024730 all species →	Domain	Merozoite surface protein, EGF domain 1	Interproscan
IPR001881 all species →	Domain	EGF-like calcium-binding domain	Interproscan
IPR049883 all species →	Domain	NOTCH1 EGF-like calcium-binding domain	Interproscan
IPR024731 all species →	Domain	EGF domain	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR24039 all species →	FIBRILLIN-RELATED	Interproscan

Gene Ontology

GO term	Category	Description	Source
GO:0005509 all species →	Molecular Function	calcium ion binding	Interproscan
GO:0005515 all species →	Molecular Function	protein binding	Interproscan

Search by domain instead of by gene. Any accession above (InterPro, Pfam, PANTHER, GO, KEGG) can be used as a query on the Functional Domain Search page, which searches all 148 annotated genomes at once.

KEGG pathway

No KEGG orthology assignment for RMX58843.1.

Searching by KO or pathway ID across all species is available on the KEGG Pathway page.