Gene detail

Detailed information of evm.model.Ap10.515 in Astrangia poculata

Genomic Location: Ap10:5272910...5303744
NR annotation: KAJ7379358.1, hypothetical protein OS493_016592 [Desmophyllum pertusum]
Species Astrangia poculata · all data for this species · gene families

Gene Structure

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Sequence

CDS

evm.model.Ap10.515

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evm.model.Ap10.515

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Protein

evm.model.Ap10.515

MLQVLLSSFVPRLYHKRFTFLLFNLHFSCSGAAPVFSPSSYSGTVSENVPTDTAVSGITLSATDSDGDSITYSIISSAGPFKLSGDGTSVLTNGLAIDFETQNSYSLTVQAEAAGETDTASVTITVNDVNEAPSFTLSSYSGEIAENSANGVDIITITATDPDSGDTLTYSLSGSGSSLFNVLSNGIIEVAGSLDFETTASYSLTLTATDSGSLTDTTAVVFSITDANESPSFIGAPYSATVAENDAAASVVTVAASDPDSGDTVTFSLSGPKSSDFTIHPSSGVVTLSNALNYESHSSYSLTVTASDGNGYGNGSVTSTSLTVTVTNQNDAPVSLSSSYSATIAEDEPSGTNVLKTGASDEDGHGILFSLSGSSDFGILNSGMIRIKSGVTLDYETQDNYNLTVTFSDGSASVSKFVAISVLDKNDAPTLPSSPYSTSVSEDVSIGETVYDVDASDQDGDTLTYSLSGAGVTHFAMDSNTGIVTTSQALNYEDTTSYSMTVHVSDGNGGRASTSLTISVTDANDSPEFLGGPYTATIDEKLSSGFTLLTASAIDDDSADTLAYSLSGTNNADFAISSSSGLISTAKSLDYETVTSYSLTVSVSDGTATVTTSLTITVNNKNDEPAFTDAPYSAAVDENDAGATVYTVSASDEDTADSLSFFLSGSGSADFVLDSSTGVITLSRALDYESTSSYFLSILVLDGNGGSAATNLNVTVNDLNETPCFLTTPYSVSIAENLQTGTNVIQVTASDEDSGDSLTYSLTGTNSSHFAISSSTGLVTTTQPLDYETVGSYTLTVTVTDGTASTTEALSITVIDTNDAPSFTGAPYTANVVENDAAAAVYTVSATDEDSGDSVTFTLTGTGSTDFSLNPTTGVVTLTRALDFETTPAYYLTVRATDSNGGVATTSLNVTVVDQNDSPQFLSTPYSVNIGENLPVGTTAIKVVASDQDPSDTLTYSLSGTNNNHFNIGSNTGVITTAQELDRENINSYSLTVSVSDGSVTITEGITISVDDANDAPAFSNAPYNVSVNENVNSGNVFTVSATDDDGDAISFSLYGVGSEFFSLHASTGVVSLTDALDYETVSGYTLTVRASDSNGGVATTSLYIDVVNQNDDPTFLGTPYSTSVSEDAAIGNTVLVLTASDQDGDSLTFSLIGSSDFSIGSATGIITVSQSLDYETTSSYSLTVNVTDGTKTVSQPLTISIRDVNDAPSFTDAPYSVSVNENEAAGAVYTVSASDQDSANKSCSLQPNCCSCQSQSPPKRKGYGDENALASLLSFHASLSVSSRLKTDSTDDWGRVSHSSATRDSITFVLSGPGSADFSIHPTSGIVSLSQALDYESLSSYLLTVTASDTNGGMAQTTLNVTVVNQNDGPTFVSAPFTAQVDENLVSGSTVLKLTATDQDASDSLTFSIAGSNSGHFAVSSTGLITTTQVLDYETINTYSLNVSVSDSTATVTEALTITVRDTNDAPVFDNAPYTVTVAENNASAVVYTVSASDADSGDTLTFFLSGVGSGDFSILSSTGLVSLKTALDYERKSSYVLSVIVRDGNGGQATTSLTVTVSNENDSPSFIGTPYSVSLDEDVPIGTIVLQASVIDDDSSDTLTYSLSGTNSSDFSIASNTGIITTAVALDYESVSSYSITVSVSDGTVSVTQAVTISITDKNDVPSFEAAPYSITVAENTTTSSLLTVSATDQDTADTLNYLLLGAGSDLFSLHLTSGVVALTTALDYEVTSLYTLTVRVSDGNGGVATTSLTVTVSDVNDSPQFLGTPYSATVSENLPSGSDVIKIAANDADGDALSYSLSGTNSGHFQIHSSSGLVETTQELDYETISSYSVVVSVSDGTVNITTSLTISVTDINDAPYVINLPANVTVVENDVTAAVIDVNATDPDGNNITYTLSGTGSDDFLINSATGRITLNVPLNYEVQALYSLTVRVSDGIGGVTAASLTVIAVNQNDPPVILGAPYTTSIEESLNAGSTVYEVAIYEEDTSDTLTFALSGTNSNHFAISVAGIITTAQVLDYETVSSYTLVITVSDGTESVNTTLTVNVDDTNDSPQFINAPYTVSVDENDASAAVGNVTAVDVDSGPADTLTFSLYGAGSSYFSIHSYTGVVSLTQALDYEQESQIILTVQVKDGRGGLATTSLTVNVNDVNDAPVFQGTPFSTSVSENLPVGTSVLQITATDQDSNDTLAYALSGTNSSHFQISTSTGLILTAQELDYEVLNYYSLTVTVSDGSTSVSQPLTITITDANDSPTFSDAPYSVQINENDISALALTVNATDPDNDTLHFTLSGSRSSHFTIHTLTGLVTLTEALNYEDVAIYVLTLTVSDGEGGVNVTTLTVEVIDQNDAPSFVNSPFSADIHENIDIGTQVIQTSATDEDVNSTLTYALSGTNSSDFAISNTGIISTASEINFESCSSYSLTISVSDGTTTVTTPLTITVSDVNDPPVFSNASYSLTVNEGTTSSVSVLQVSASDQDGDSIVYSFVGITSSDFTINSASGIISTAADLDYEKTPSYVLTIQADDGNDGKTLSSVTITVIDLNDEVPSFSSASYNGHVTENAVIGSSVMTVTASDRDAADSSLAYALSGTNSSHFTVTSSGLIQTGSDIDYESVQGYSLTLTATDSANNTGITTIIITVINEVDNDPVFSSSSFSANVSEDSSPGTSVVRITASDADLGDAVTYALSGADSVNFTVDENTGVISTNALLDRESQDVYTLTITATDSGGRTSLATVNITVSDVNDNSPVCGEAVYADSLAESAAVSTSVISVSCPDLDISSNGEVTYSILSGDGGAFVVNSSTGVISTSASLDYETSQEYKITVQASDAGSPPLTTTTTVIITITGVNEHTPQFTPNNTYTVTAAESLALGHDVITVSASDADVGSQGEVTYAITAGDTYGNFVIDRHTGVIELVSGLDYETSSQITLTVTATDGDSGSPLSAQATVTVNVVDTNDNYPECLPTLLTPAVLESAGVGDVVATLNCSDQDSGANGRLSYTISAGNSDGKFNVSSSGLVSVTDALDYETVTSYSLVITVTDGGVPSLSTEVSVTISVSAVNEHVPVFTNSSSYSVSVPEDTSLGTELIRVTANDGDDSGHAHGRVVYSIISGNTGFYFHLSADNGAIQLMRNLDREVVSSYTLVVEATDGENPVNATVSITVTDANDNEPVCSPSSYSATVREDAGLGTSVLNVMCSDDDEGNNGLLVYSITSGNTNTSFTIDSNGTLSTAAWLDYETTPSFALTVRARDSSSPTSSQKSVVMKISIDVTAVNEHKPVFSAAQYSTSITEDTAVGTSILRVTATDQDDGLQGEVTYSMTPSSAPFYIDTISGIIRVKTSLDRENIDTYTLTVTASDRDPNIADIKSSSVNVTVTLTDVNDNDPVFSPDHYKDHDQKKRSDCFAELTVSTGQITTARQLDFEDAQSYSLTVEARDSSSPISSQHASLSHVDVIVAPLNEHAPVFSQSSYNVSISENTNIGVTVVSVTATDSDSGSQGELTFSLSSGSPFYIDEVSGAIILKQALDYEAVTSYSLTATATDGDVASPKSSSVNVTVMLRDENDNAPTFTPTVYSVTIAEDTAVFTNILNLTCADADSGTNGEFLMTITSGNTGTGFSITDEGFLSVATALDTETTCFYSLEITATDRHPTQPLSNTAKISVTVTASDQDPVSPKSSTATLEVTVTDINDNAPSCLPCIYGASINESVAIGTTVAQLNCSDADLSPNTISSYVITTGVKTRSPLETAAWEAYHSAVEK*

UniProt (Swiss-Prot top hit)

UniProt accession	Description
Q2PZL6	Protocadherin Fat 4 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Fat4 PE=1 SV=2
Q6V0I7	Protocadherin Fat 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=FAT4 PE=1 SV=2
Q8R508	Protocadherin Fat 3 OS=Rattus norvegicus OX=10116 GN=Fat3 PE=1 SV=1

Gene family

Family type	Membership / link
Orthogroup (gene family)	OG0000235 (this species only)

Pfam domain

Pfam accession	Pfam name	Description	Type	Source
PF00028 all species →	Cadherin	Cadherin domain	Domain	Interproscan

InterPro

InterPro term	Type	Description	Source
IPR002126 all species →	Domain	Cadherin-like	Interproscan
IPR015919 all species →	Homologous_superfamily	Cadherin-like superfamily	Interproscan
IPR020894 all species →	Conserved_site	Cadherin conserved site	Interproscan
IPR022409 all species →	Domain	PKD/Chitinase domain	Interproscan
IPR006644 all species →	Domain	Dystroglycan-type cadherin-like	Interproscan

PANTHER

PANTHER term	Description	Source
PTHR24026 all species →	FAT ATYPICAL CADHERIN-RELATED	Interproscan

Gene Ontology

GO term	Category	Description	Source
GO:0005509 all species →	Molecular Function	calcium ion binding	Interproscan
GO:0007156 all species →	Biological Process	homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules	Interproscan
GO:0016020 all species →	Cellular Component	membrane	Interproscan
GO:0005886 all species →	Cellular Component	plasma membrane	Interproscan
GO:0007155 all species →	Biological Process	cell adhesion	Interproscan

Search by domain instead of by gene. Any accession above (InterPro, Pfam, PANTHER, GO, KEGG) can be used as a query on the Functional Domain Search page, which searches all 148 annotated genomes at once.

KEGG pathway

KO	Enzyme	Enzyme ID	Pathway	Map ID	Source
K16669	FAT4; protocadherin Fat 4	-	Cell adhesion molecules	ko04515	deepkoala

Searching by KO or pathway ID across all species is available on the KEGG Pathway page.