Which species have which data? The matrix below covers all 325 cnidarian
species in CnidoSite × 15 data types. Cells that carry data link straight to
that module with the species already selected, and show how much data there is; a blank cell means the data type
is genuinely not available for that species in this release. Click a species name to open its
species portal, which lists every resource it has on one page. Sort by
species name or by
class.
Species per data type:Genome 325Gene models 145Function 148Gene family 149RNA-seq 185Co-expr. 31Single-cell 15Proteome 15Epigenome 15Metagenome 24Phenotype 69Paleo 71Mitogenome 167TE 3JBrowse 145× clear
Showing 116 species in Hexacorallia having Mitogenome · page 1 of 2 (coverage rebuilt 2026-09-18)
| Species | Class | # | Genome | Gene models | Function | Gene family | RNA-seq | Co-expr. | Single-cell | Proteome | Epigenome | Metagenome | Phenotype | Paleo | Mitogenome | TE | JBrowse |
|---|
| Acropora cervicornis | Hexacorallia | 10 | ✓ | 28,060 | ✓ | ✓ | 606 | · | · | · | 48 | 39 | · | 1 | 23 | · | ✓ |
| Acropora cytherea | Hexacorallia | 9 | ✓ | 27,328 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | 5 | · | 1 | 20 | · | ✓ |
| Acropora digitifera | Hexacorallia | 10 | ✓ | 34,514 | ✓ | ✓ | 257 | ✓ | · | · | 1 | · | · | 1 | 19 | · | ✓ |
| Acropora florida | Hexacorallia | 7 | ✓ | 27,574 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | 1 | 19 | · | ✓ |
| Acropora hyacinthus | Hexacorallia | 10 | ✓ | 27,216 | ✓ | ✓ | 858 | ✓ | · | · | 8 | · | · | 1 | 19 | · | ✓ |
| Acropora intermedia | Hexacorallia | 8 | ✓ | 26,983 | ✓ | ✓ | 12 | · | · | · | · | · | · | 1 | 23 | · | ✓ |
| Acropora microphthalma | Hexacorallia | 8 | ✓ | 26,385 | ✓ | ✓ | 12 | · | · | · | · | · | · | 1 | 21 | · | ✓ |
| Acropora millepora | Hexacorallia | 11 | ✓ | 41,861 | ✓ | ✓ | 1,581 | ✓ | 2 | · | 15 | · | · | 1 | 22 | · | ✓ |
| Acropora muricata | Hexacorallia | 10 | ✓ | 27,410 | ✓ | ✓ | 101 | ✓ | 2 | · | · | · | · | 1 | 19 | · | ✓ |
| Acropora nasuta | Hexacorallia | 7 | ✓ | 27,380 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | 1 | 19 | · | ✓ |
| Acropora palmata | Hexacorallia | 11 | ✓ | 34,127 | ✓ | ✓ | 802 | ✓ | · | · | 32 | 375 | · | 1 | 18 | · | ✓ |
| Acropora pulchra | Hexacorallia | 8 | ✓ | 48,183 | ✓ | ✓ | 12 | · | · | · | · | · | · | 1 | 22 | · | ✓ |
| Acropora tenuis | Hexacorallia | 9 | ✓ | 27,237 | ✓ | ✓ | 1,306 | ✓ | · | · | · | · | · | 1 | 19 | · | ✓ |
| Acropora yongei | Hexacorallia | 7 | ✓ | 27,453 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | 1 | 19 | · | ✓ |
| Actinernus sp. WN-2022 | Hexacorallia | 8 | ✓ | 44,971 | ✓ | ✓ | 4 | · | · | · | · | · | · | · | 21 | ✓ | ✓ |
| Actinia equina | Hexacorallia | 9 | ✓ | 55,608 | ✓ | ✓ | 9 | · | · | · | 5 | 7 | · | · | 26 | · | ✓ |
| Actinia mediterranea | Hexacorallia | 7 | ✓ | 50,249 | ✓ | ✓ | 4 | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | ✓ |
| Actinia tenebrosa | Hexacorallia | 9 | ✓ | 27,038 | ✓ | ✓ | 18 | ✓ | · | 1 | · | · | · | · | 25 | · | ✓ |
| Actinodendron alcyonoideum | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | · |
| Actinodendron arboreum | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | · |
| Actinoscyphia sp. m1220 | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 21 | · | · |
| Actinostella flosculifera | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Anemonia sulcata | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 4 | · | · | · | · | · | · | · | 17 | · | · |
| Anemonia viridis | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 28 | · | · | · | · | · | · | · | 27 | · | · |
| Anthopleura artemisia | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | · |
| Anthopleura sola | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 3 | · | · | · | · | · | · | · | 21 | · | · |
| Anthopleura xanthogrammica | Hexacorallia | 7 | ✓ | 39,672 | ✓ | ✓ | 4 | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | ✓ |
| Antipathozoanthus obscurus | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | · |
| Antipathozoanthus remengesaui | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | · |
| Astreopora myriophthalma | Hexacorallia | 8 | ✓ | 38,293 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | · | 1 | 19 | · | ✓ |
| Bergia puertoricense | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Bergia sp. 'catenularis' | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 17 | · | · |
| Bunodosoma granuliferum | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | · |
| Churabana kuroshioae | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 21 | · | · |
| Colpophyllia natans | Hexacorallia | 9 | ✓ | 36,154 | ✓ | ✓ | 16 | · | · | · | · | 3 | · | 1 | 19 | · | ✓ |
| Condylactis gigantea | Hexacorallia | 7 | ✓ | 36,079 | ✓ | ✓ | 8 | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | ✓ |
| Dendrophyllia cribrosa | Hexacorallia | 7 | ✓ | 46,987 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | · | · | 21 | · | ✓ |
| Desmophyllum pertusum | Hexacorallia | 7 | ✓ | 37,485 | ✓ | ✓ | 110 | · | · | · | · | · | · | · | 22 | · | ✓ |
| Diadumene cincta | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | · |
| Diadumene leucolena | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | · |
| Diadumene lineata | Hexacorallia | 7 | ✓ | 30,937 | ✓ | ✓ | 4 | · | · | · | · | · | · | · | 26 | · | ✓ |
| Diploria labyrinthiformis | Hexacorallia | 4 | ✓ | · | · | · | 2 | · | · | · | · | · | · | 1 | 21 | · | · |
| Edwardsia elegans | Hexacorallia | 7 | ✓ | 49,838 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | ✓ |
| Entacmaea quadricolor | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 52 | · | · | · | · | · | · | · | 17 | · | · |
| Epizoanthus illoricatus | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Epizoanthus ramosus | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Epizoanthus rinbou | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Epizoanthus scotinus | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Exaiptasia diaphana | Hexacorallia | 10 | ✓ | 26,043 | ✓ | ✓ | 479 | ✓ | · | 4 | 170 | · | · | · | 26 | · | ✓ |
| Fimbriaphyllia ancora | Hexacorallia | 9 | ✓ | 27,538 | ✓ | ✓ | 41 | ✓ | · | · | · | · | · | 1 | 22 | · | ✓ |
| Fimbriaphyllia paradivisa | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 178 | · | · | · | · | · | · | · | 22 | · | · |
| Galaxea fascicularis | Hexacorallia | 10 | ✓ | 22,419 | ✓ | ✓ | 79 | ✓ | · | · | · | 72 | · | 1 | 25 | · | ✓ |
| Heteractis aurora | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 6 | · | · | · | · | · | · | · | 17 | · | · |
| Heteractis doreensis | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 7 | · | · | · | · | · | · | · | 21 | · | · |
| Heteractis magnifica | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 7 | · | · | · | · | · | · | · | 21 | · | · |
| Heteranthus verruculatus | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | · |
| Hydrozoanthus antumbrosus | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | · |
| Hydrozoanthus gracilis | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Hydrozoanthus sils | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Hydrozoanthus tunicans | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Isopora palifera | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 1 | 19 | · | · |
| Madracis auretenra | Hexacorallia | 8 | ✓ | 36,768 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | · | 1 | 19 | · | ✓ |
| Metridium farcimen | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 21 | · | · |
| Metridium senile | Hexacorallia | 7 | ✓ | 37,436 | ✓ | ✓ | 12 | · | · | · | · | · | · | · | 22 | · | ✓ |
| Montipora cactus | Hexacorallia | 8 | ✓ | 55,029 | ✓ | ✓ | 3 | · | · | · | · | · | · | 1 | 19 | · | ✓ |
| Montipora efflorescens | Hexacorallia | 8 | ✓ | 48,795 | ✓ | ✓ | 7 | · | · | · | · | · | · | 1 | 23 | · | ✓ |
| Oculina patagonica | Hexacorallia | 8 | ✓ | 39,483 | ✓ | ✓ | 1 | · | 2 | · | · | · | · | · | 21 | · | ✓ |
| Orbicella annularis | Hexacorallia | 5 | ✓ | · | · | · | 15 | · | · | 10 | · | · | · | 1 | 19 | · | · |
| Orbicella faveolata | Hexacorallia | 11 | ✓ | 32,588 | ✓ | ✓ | 696 | ✓ | 1 | · | · | 76 | · | 1 | 22 | · | ✓ |
| Orbicella franksi | Hexacorallia | 8 | ✓ | 38,071 | ✓ | ✓ | 65 | · | · | · | · | · | · | 1 | 19 | · | ✓ |
| Palythoa caribaeorum | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 3 | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Palythoa grandiflora | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 27 | · | · |
| Palythoa grandis | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 22 | · | · |
| Palythoa heliodiscus | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Palythoa mizigama | Hexacorallia | 6 | ✓ | 32,485 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | ✓ |
| Palythoa mutuki | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Paracondylactis sinensis | Hexacorallia | 6 | ✓ | 26,361 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | 26 | · | ✓ |
| Paraphelliactis xishaensis sp. nov. | Hexacorallia | 6 | ✓ | 32,550 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | 20 | · | ✓ |
| Parazoanthus darwini | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 21 | · | · |
| Parazoanthus swiftii | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Pavona decussata | Hexacorallia | 4 | ✓ | · | · | · | 58 | · | · | · | · | · | · | 1 | 19 | · | · |
| Phymanthus crucifer | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 26 | · | · |
| Phymanthus loligo | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | · |
| Platygyra daedalea | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 1 | 22 | · | · |
| Pocillopora damicornis | Hexacorallia | 10 | ✓ | 25,423 | ✓ | ✓ | 637 | · | · | · | 28 | 60 | · | 1 | 22 | · | ✓ |
| Pocillopora grandis | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | · | · | 19 | · | · |
| Pocillopora meandrina | Hexacorallia | 7 | ✓ | 5,342 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | 27 | · | · | · | 22 | · | ✓ |
| Podabacia crustacea | Hexacorallia | 7 | ✓ | 29,343 | ✓ | ✓ | 3 | · | · | · | · | · | · | · | 22 | · | ✓ |
| Porites cylindrica | Hexacorallia | 9 | ✓ | 37,612 | ✓ | ✓ | 13 | · | · | · | · | 12 | · | 1 | 25 | · | ✓ |
| Porites harrisoni | Hexacorallia | 6 | ✓ | 27,824 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | ✓ |
| Porites lobata | Hexacorallia | 9 | ✓ | 63,853 | ✓ | ✓ | 101 | · | · | · | · | 45 | · | 1 | 25 | · | ✓ |
| Porites lutea | Hexacorallia | 9 | ✓ | 32,437 | ✓ | ✓ | 80 | · | · | · | · | 263 | · | 1 | 37 | · | ✓ |
| Porites rus | Hexacorallia | 8 | ✓ | 43,885 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | · | 1 | 37 | · | ✓ |
| Radianthus crispa | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 16 | · | · | · | · | · | · | · | 21 | · | · |
| Ragactis hyalina | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | · |
| Ricordea florida | Hexacorallia | 7 | ✓ | 54,520 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | · | · | 21 | · | ✓ |
| Scolanthus callimorphus | Hexacorallia | 7 | ✓ | 24,595 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | · | · | 19 | · | ✓ |
| Siderastrea radians | Hexacorallia | 9 | ✓ | 73,674 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | 73 | · | 1 | 21 | · | ✓ |
| Sphenopus marsupialis | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Stephanocoenia intersepta | Hexacorallia | 8 | ✓ | 42,339 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | · | 1 | 23 | · | ✓ |
How to read a cell. A number is the count of records of that data type held for the species (samples, peaks, occurrences, mitochondrial gene sets …) — columns: Gene models, RNA-seq, Single-cell, Proteome, Epigenome, Metagenome, Phenotype, Paleo, Mitogenome. A ✓ means the data type is present but is catalogued as a single resource rather than a set of countable records — columns: Genome, Function, Gene family, Co-expr., TE, JBrowse. A · means the data type is genuinely not available for that species in this release. Every populated cell is a link: it opens that module with the species already selected. Clicking a species name opens its species portal, which lists every resource it has on one page.
Reading the first two columns. Genome is set when the species has an assembly record (size, scaffold/contig N50, BUSCO, accession) — all 325 species have one. Gene models is set only when this database also carries the predicted gene set for that assembly, which is true for 145 species. A row whose count (#) is 1 therefore means “the assembly is catalogued here, but it has not been annotated in CnidoSite”, not “data are missing by mistake”. The matrix is rebuilt from the live database every hour; the same table is available as tab-separated text for scripted access.
