Which species have which data? The matrix below covers all 325 cnidarian
species in CnidoSite × 15 data types. Cells that carry data link straight to
that module with the species already selected, and show how much data there is; a blank cell means the data type
is genuinely not available for that species in this release. Click a species name to open its
species portal, which lists every resource it has on one page. Sort by
species name or by
class.
Species per data type:Genome 325Gene models 145Function 148Gene family 149RNA-seq 185Co-expr. 31Single-cell 15Proteome 15Epigenome 15Metagenome 24Phenotype 69Paleo 71Mitogenome 167TE 3JBrowse 145× clear
Showing 69 species having Phenotype (coverage rebuilt 2026-09-19)
| Species | Class | # | Genome | Gene models | Function | Gene family | RNA-seq | Co-expr. | Single-cell | Proteome | Epigenome | Metagenome | Phenotype | Paleo | Mitogenome | TE | JBrowse |
|---|
| Alatina alata | Cubozoa | 6 | ✓ | · | ✓ | ✓ | 6 | · | · | · | · | · | 1 | · | 3 | · | · |
| Aegina citrea | Hydrozoa | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 23 | · | · | · | · |
| Aequorea victoria | Hydrozoa | 3 | ✓ | · | · | · | 4 | · | · | · | · | · | 28 | · | · | · | · |
| Aglantha digitale | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 55 | · | · | · | · |
| Bougainvillia muscus | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 5 | · | · | · | · |
| Bythotiara depressa | Hydrozoa | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 5 | · | 21 | · | · |
| Catablema vesicarium | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 9 | · | · | · | · |
| Cladonema pacificum | Hydrozoa | 3 | ✓ | · | · | · | 15 | · | · | · | · | · | 1 | · | · | · | · |
| Cladonema radiatum | Hydrozoa | 4 | ✓ | · | · | · | 5 | · | · | · | · | · | 2 | · | 21 | · | · |
| Clytia hemisphaerica | Hydrozoa | 10 | ✓ | 27,000 | ✓ | ✓ | 88 | ✓ | 1 | · | · | · | 6 | · | 21 | · | ✓ |
| Eutonina indicans | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 28 | · | · | · | · |
| Mitrocomella polydiademata | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 10 | · | · | · | · |
| Nanomia bijuga | Hydrozoa | 4 | ✓ | · | · | · | 53 | · | · | · | · | · | 22 | · | 20 | · | · |
| Neoturris breviconis | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 6 | · | · | · | · |
| Physalia physalis | Hydrozoa | 4 | ✓ | · | · | · | 21 | · | · | · | · | · | 8 | · | 20 | · | · |
| Ptychogena californica | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 1 | · | · | · | · |
| Sarsia tubulosa | Hydrozoa | 3 | ✓ | · | · | · | 6 | · | · | · | · | · | 11 | · | · | · | · |
| Scolionema suvaense | Hydrozoa | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 1 | · | 23 | · | · |
| Stomotoca atra | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 29 | · | · | · | · |
| Tiaropsis multicirrata | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 4 | · | · | · | · |
| Antillogorgia americana | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 141 | · | · | · | · |
| Briareum asbestinum | Octocorallia | 4 | ✓ | · | · | · | 3 | · | · | · | · | · | 174 | · | 18 | · | · |
| Callogorgia gracilis | Octocorallia | 7 | ✓ | 31,504 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | 88 | · | · | · | ✓ |
| Cavernularia obesa | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 75 | · | 20 | · | · |
| Corallium rubrum | Octocorallia | 5 | ✓ | · | · | · | 184 | · | · | 1 | · | · | 944 | · | 18 | · | · |
| Dendronephthya gigantea | Octocorallia | 8 | ✓ | 28,742 | ✓ | ✓ | 3 | · | · | · | · | · | 88 | · | 20 | · | ✓ |
| Dichotella gemmacea | Octocorallia | 4 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 94 | · | 20 | · | · |
| Erythropodium caribaeorum | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 73 | · | 20 | · | · |
| Eunicea clavigera | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 111 | · | · | · | · |
| Eunicea knighti | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 63 | · | · | · | · |
| Eunicea succinea | Octocorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 117 | · | · | · | · |
| Eunicella cavolini | Octocorallia | 8 | ✓ | 49,607 | ✓ | ✓ | 15 | · | · | · | · | · | 179 | · | 20 | · | ✓ |
| Eunicella verrucosa | Octocorallia | 9 | ✓ | 44,534 | ✓ | ✓ | 34 | ✓ | · | · | · | · | 162 | · | 18 | · | ✓ |
| Gorgonia ventalina | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 15 | · | · | · | · | · | 297 | · | · | · | · |
| Heliopora coerulea | Octocorallia | 9 | ✓ | 52,918 | ✓ | ✓ | 44 | ✓ | · | · | · | · | 131 | · | 20 | · | ✓ |
| Hemicorallium imperiale | Octocorallia | 8 | ✓ | 24,708 | ✓ | ✓ | 2 | · | · | · | · | · | 37 | · | 17 | · | ✓ |
| Leptogorgia sarmentosa | Octocorallia | 8 | ✓ | 39,902 | ✓ | ✓ | 13 | · | · | · | · | · | 224 | · | 20 | · | ✓ |
| Muricea laxa | Octocorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 73 | · | · | · | · |
| Muricea muricata | Octocorallia | 7 | ✓ | 55,340 | ✓ | ✓ | 2 | · | · | · | · | · | 94 | · | · | · | ✓ |
| Nanipora kamurai | Octocorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 38 | · | · | · | · |
| Paragorgia papillata | Octocorallia | 8 | ✓ | 41,724 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | 37 | · | 18 | · | ✓ |
| Paramuricea biscaya | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 5 | · | · | · | · | · | 77 | · | · | · | · |
| Paramuricea clavata | Octocorallia | 9 | ✓ | 25,295 | ✓ | ✓ | 50 | ✓ | · | · | · | · | 485 | · | 20 | · | ✓ |
| Phenganax marumi | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 43 | · | 17 | · | · |
| Phenganax stokvisi | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 40 | · | 17 | · | · |
| Phenganax subtilis | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 40 | · | 17 | · | · |
| Pteroeides caledonicum | Octocorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 42 | · | · | · | · |
| Pteroeides griseum | Octocorallia | 7 | ✓ | 36,725 | ✓ | ✓ | 2 | · | · | · | · | · | 90 | · | · | · | ✓ |
| Pterogorgia guadalupensis | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 45 | · | · | · | · |
| Renilla koellikeri | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 2 | · | · | · | · | · | 38 | · | · | · | · |
| Renilla reniformis | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 100 | · | · | · | · |
| Sarcophyton elegans | Octocorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 99 | · | · | · | · |
| Stylatula elongata | Octocorallia | 4 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 38 | · | 20 | · | · |
| Veretillum cynomorium | Octocorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 112 | · | · | · | · |
| Virgularia gustaviana | Octocorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 71 | · | · | · | · |
| Aurelia aurita | Scyphozoa | 10 | ✓ | 38,009 | ✓ | ✓ | 98 | ✓ | · | · | · | 40 | 51 | · | 23 | · | ✓ |
| Cassiopea andromeda | Scyphozoa | 3 | ✓ | · | · | · | 2 | · | · | · | · | · | 5 | · | · | · | · |
| Cassiopea xamachana | Scyphozoa | 6 | ✓ | · | ✓ | ✓ | 63 | · | · | · | · | · | 2 | · | 23 | · | · |
| Catostylus mosaicus | Scyphozoa | 7 | ✓ | 24,879 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | 8 | · | · | · | ✓ |
| Chrysaora achlyos | Scyphozoa | 4 | ✓ | · | · | · | 3 | · | · | · | · | · | 1 | · | 23 | · | · |
| Chrysaora fuscescens | Scyphozoa | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 17 | · | · | · | · |
| Chrysaora quinquecirrha | Scyphozoa | 8 | ✓ | 21,853 | ✓ | ✓ | 9 | · | · | · | · | · | 21 | · | 19 | · | ✓ |
| Mastigias papua | Scyphozoa | 7 | ✓ | 26,844 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | 9 | · | · | · | ✓ |
| Nemopilema nomurai | Scyphozoa | 8 | ✓ | 18,405 | ✓ | ✓ | 9 | · | · | · | · | · | 13 | · | 29 | · | ✓ |
| Pelagia noctiluca | Scyphozoa | 8 | ✓ | 29,456 | ✓ | ✓ | 2 | · | · | · | · | · | 25 | · | 23 | · | ✓ |
| Phacellophora camtschatica | Scyphozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 15 | · | · | · | · |
| Phyllorhiza punctata | Scyphozoa | 5 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | 1 | · | · | 8 | · | 23 | · | · |
| Rhopilema esculentum | Scyphozoa | 8 | ✓ | 21,478 | ✓ | ✓ | 30 | · | · | · | · | · | 13 | · | 27 | · | ✓ |
| Stomolophus meleagris | Scyphozoa | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 12 | · | · | · | · |
How to read a cell. A number is the count of records of that data type held for the species (samples, peaks, occurrences, mitochondrial gene sets …) — columns: Gene models, RNA-seq, Single-cell, Proteome, Epigenome, Metagenome, Phenotype, Paleo, Mitogenome. A ✓ means the data type is present but is catalogued as a single resource rather than a set of countable records — columns: Genome, Function, Gene family, Co-expr., TE, JBrowse. A · means the data type is genuinely not available for that species in this release. Every populated cell is a link: it opens that module with the species already selected. Clicking a species name opens its species portal, which lists every resource it has on one page.
Reading the first two columns. Genome is set when the species has an assembly record (size, scaffold/contig N50, BUSCO, accession) — all 325 species have one. Gene models is set only when this database also carries the predicted gene set for that assembly, which is true for 145 species. A row whose count (#) is 1 therefore means “the assembly is catalogued here, but it has not been annotated in CnidoSite”, not “data are missing by mistake”. The matrix is rebuilt from the live database every hour; the same table is available as tab-separated text for scripted access.
