Which species have which data? The matrix below covers all 325 cnidarian
species in CnidoSite × 15 data types. Cells that carry data link straight to
that module with the species already selected, and show how much data there is; a blank cell means the data type
is genuinely not available for that species in this release. Click a species name to open its
species portal, which lists every resource it has on one page. Sort by
species name or by
class.
Species per data type:Genome 325Gene models 145Function 148Gene family 149RNA-seq 185Co-expr. 31Single-cell 15Proteome 15Epigenome 15Metagenome 24Phenotype 69Paleo 71Mitogenome 167TE 3JBrowse 145× clear
Showing 325 species having Genome assembly · page 3 of 4 (coverage rebuilt 2026-09-20)
| Species | Class | # | Genome | Gene models | Function | Gene family | RNA-seq | Co-expr. | Single-cell | Proteome | Epigenome | Metagenome | Phenotype | Paleo | Mitogenome | TE | JBrowse |
|---|
| Zoanthus sansibaricus | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Zoanthus sociatus | Hexacorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 3 | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Zoanthus solanderi | Hexacorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 25 | · | · |
| Aegina citrea | Hydrozoa | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 23 | · | · | · | · |
| Aequorea victoria | Hydrozoa | 3 | ✓ | · | · | · | 4 | · | · | · | · | · | 28 | · | · | · | · |
| Aglantha digitale | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 55 | · | · | · | · |
| Bougainvillia cf. muscus | Hydrozoa | 5 | ✓ | 46,432 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ✓ |
| Bougainvillia muscus | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 5 | · | · | · | · |
| Bythotiara depressa | Hydrozoa | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 5 | · | 21 | · | · |
| Candelabrum cocksii | Hydrozoa | 6 | ✓ | 28,911 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ✓ |
| Catablema vesicarium | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 9 | · | · | · | · |
| Cladonema pacificum | Hydrozoa | 3 | ✓ | · | · | · | 15 | · | · | · | · | · | 1 | · | · | · | · |
| Cladonema radiatum | Hydrozoa | 4 | ✓ | · | · | · | 5 | · | · | · | · | · | 2 | · | 21 | · | · |
| Clytia hemisphaerica | Hydrozoa | 10 | ✓ | 27,000 | ✓ | ✓ | 88 | ✓ | 1 | · | · | · | 6 | · | 21 | · | ✓ |
| Craspedacusta sowerbii | Hydrozoa | 3 | ✓ | · | · | · | 2 | · | · | · | · | · | · | · | 23 | · | · |
| Ectopleura larynx | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Euphysa ruthae | Hydrozoa | 1 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Eutonina indicans | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 28 | · | · | · | · |
| Hydra oligactis | Hydrozoa | 6 | ✓ | 63,778 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | 21 | · | ✓ |
| Hydra viridissima | Hydrozoa | 7 | ✓ | 27,914 | ✓ | ✓ | 29 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | ✓ |
| Hydra vulgaris | Hydrozoa | 12 | ✓ | 33,389 | ✓ | ✓ | 1,256 | ✓ | 2 | 1 | 175 | 40 | · | · | 11 | · | ✓ |
| Hydractinia echinata | Hydrozoa | 5 | ✓ | 56,916 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ✓ |
| Hydractinia symbiolongicarpus | Hydrozoa | 9 | ✓ | 25,826 | ✓ | ✓ | 161 | ✓ | 3 | 1 | · | · | · | · | · | · | ✓ |
| Millepora alcicornis | Hydrozoa | 7 | ✓ | 24,619 | ✓ | ✓ | 3 | · | · | · | · | · | · | 1 | · | · | ✓ |
| Millepora complanata | Hydrozoa | 8 | ✓ | 40,579 | ✓ | ✓ | 9 | · | · | 1 | · | 3 | · | · | · | · | ✓ |
| Millepora dichotoma | Hydrozoa | 7 | ✓ | 46,838 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | · | 1 | · | · | ✓ |
| Mitrocomella polydiademata | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 10 | · | · | · | · |
| Nanomia bijuga | Hydrozoa | 4 | ✓ | · | · | · | 53 | · | · | · | · | · | 22 | · | 20 | · | · |
| Nanomia septata | Hydrozoa | 5 | ✓ | 26,324 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ✓ |
| Neoturris breviconis | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 6 | · | · | · | · |
| Physalia physalis | Hydrozoa | 4 | ✓ | · | · | · | 21 | · | · | · | · | · | 8 | · | 20 | · | · |
| Ptychogena californica | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 1 | · | · | · | · |
| Sarsia tubulosa | Hydrozoa | 3 | ✓ | · | · | · | 6 | · | · | · | · | · | 11 | · | · | · | · |
| Scolionema suvaense | Hydrozoa | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 1 | · | 23 | · | · |
| Sertularella gayi | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Stomotoca atra | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 29 | · | · | · | · |
| Tiaropsis multicirrata | Hydrozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 4 | · | · | · | · |
| Turritopsis dohrnii | Hydrozoa | 7 | ✓ | 23,315 | ✓ | ✓ | 91 | · | · | · | · | · | · | · | 21 | · | ✓ |
| Turritopsis rubra | Hydrozoa | 7 | ✓ | 21,773 | ✓ | ✓ | 8 | · | 1 | · | · | · | · | · | · | · | ✓ |
| Ceratomyxa sp. 57-BR2022 | Myxozoa | 1 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Ceratomyxa sp. 58-BR2022 | Myxozoa | 1 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Ceratonova shasta | Myxozoa | 3 | ✓ | · | · | · | 4 | · | · | 1 | · | · | · | · | · | · | · |
| Ellipsomyxa sp. 115-BR2022 | Myxozoa | 1 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Ellipsomyxa sp. 70-BR2022 | Myxozoa | 1 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Enteromyxum leei | Myxozoa | 1 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Henneguya salminicola | Myxozoa | 7 | ✓ | 8,188 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | ✓ |
| Kudoa iwatai | Myxozoa | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | · | · | 9 | · | · |
| Kudoa neothunni | Myxozoa | 1 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Kudoa sp. trachurus | Myxozoa | 1 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Myxobolus honghuensis | Myxozoa | 6 | ✓ | 15,434 | ✓ | ✓ | · | · | · | 2 | · | · | · | · | · | · | ✓ |
| Myxobolus sp. r MT-2024 | Myxozoa | 1 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Myxobolus squamalis | Myxozoa | 7 | ✓ | 5,724 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | · | · | 19 | · | ✓ |
| Myxosporea sp. 108-BR2022 | Myxozoa | 1 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Sphaeromyxa zaharoni | Myxozoa | 1 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Sphaerospora molnari | Myxozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 9 | · | · |
| Thelohanellus kitauei | Myxozoa | 7 | ✓ | 15,021 | ✓ | ✓ | 3 | · | · | 2 | · | · | · | · | · | · | ✓ |
| Antillogorgia americana | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 141 | · | · | · | · |
| Briareum asbestinum | Octocorallia | 4 | ✓ | · | · | · | 3 | · | · | · | · | · | 174 | · | 18 | · | · |
| Callogorgia gracilis | Octocorallia | 7 | ✓ | 31,504 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | 88 | · | · | · | ✓ |
| Cavernularia obesa | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 75 | · | 20 | · | · |
| Chrysogorgia sp. JL179-B06 | Octocorallia | 6 | ✓ | 52,330 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | 20 | · | ✓ |
| Corallium rubrum | Octocorallia | 5 | ✓ | · | · | · | 184 | · | · | 1 | · | · | 944 | · | 18 | · | · |
| Dendronephthya gigantea | Octocorallia | 8 | ✓ | 28,742 | ✓ | ✓ | 3 | · | · | · | · | · | 88 | · | 20 | · | ✓ |
| Dichotella gemmacea | Octocorallia | 4 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 94 | · | 20 | · | · |
| Erythropodium caribaeorum | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 73 | · | 20 | · | · |
| Eunicea clavigera | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 111 | · | · | · | · |
| Eunicea knighti | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 63 | · | · | · | · |
| Eunicea succinea | Octocorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 117 | · | · | · | · |
| Eunicella cavolini | Octocorallia | 8 | ✓ | 49,607 | ✓ | ✓ | 15 | · | · | · | · | · | 179 | · | 20 | · | ✓ |
| Eunicella verrucosa | Octocorallia | 9 | ✓ | 44,534 | ✓ | ✓ | 34 | ✓ | · | · | · | · | 162 | · | 18 | · | ✓ |
| Gorgonia ventalina | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 15 | · | · | · | · | · | 297 | · | · | · | · |
| Heliopora coerulea | Octocorallia | 9 | ✓ | 52,918 | ✓ | ✓ | 44 | ✓ | · | · | · | · | 131 | · | 20 | · | ✓ |
| Hemicorallium imperiale | Octocorallia | 8 | ✓ | 24,708 | ✓ | ✓ | 2 | · | · | · | · | · | 37 | · | 17 | · | ✓ |
| Leptogorgia sarmentosa | Octocorallia | 8 | ✓ | 39,902 | ✓ | ✓ | 13 | · | · | · | · | · | 224 | · | 20 | · | ✓ |
| Muricea laxa | Octocorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 73 | · | · | · | · |
| Muricea muricata | Octocorallia | 7 | ✓ | 55,340 | ✓ | ✓ | 2 | · | · | · | · | · | 94 | · | · | · | ✓ |
| Nanipora kamurai | Octocorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 38 | · | · | · | · |
| Paracalyptrophora sp. SY255-jin | Octocorallia | 1 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · |
| Paragorgia papillata | Octocorallia | 8 | ✓ | 41,724 | ✓ | ✓ | 1 | · | · | · | · | · | 37 | · | 18 | · | ✓ |
| Paramuricea biscaya | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 5 | · | · | · | · | · | 77 | · | · | · | · |
| Paramuricea clavata | Octocorallia | 9 | ✓ | 25,295 | ✓ | ✓ | 50 | ✓ | · | · | · | · | 485 | · | 20 | · | ✓ |
| Phenganax marumi | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 43 | · | 17 | · | · |
| Phenganax stokvisi | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 40 | · | 17 | · | · |
| Phenganax subtilis | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 40 | · | 17 | · | · |
| Pteroeides caledonicum | Octocorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 42 | · | · | · | · |
| Pteroeides griseum | Octocorallia | 7 | ✓ | 36,725 | ✓ | ✓ | 2 | · | · | · | · | · | 90 | · | · | · | ✓ |
| Pterogorgia guadalupensis | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 45 | · | · | · | · |
| Renilla koellikeri | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 2 | · | · | · | · | · | 38 | · | · | · | · |
| Renilla reniformis | Octocorallia | 3 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 100 | · | · | · | · |
| Sarcophyton elegans | Octocorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 99 | · | · | · | · |
| Stylatula elongata | Octocorallia | 4 | ✓ | · | · | · | 1 | · | · | · | · | · | 38 | · | 20 | · | · |
| Trachythela sp. YZ-2020 | Octocorallia | 6 | ✓ | 36,220 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | 17 | · | ✓ |
| Veretillum cynomorium | Octocorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 112 | · | · | · | · |
| Virgularia gustaviana | Octocorallia | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 71 | · | · | · | · |
| Xenia sp. Carnegie-2017 | Octocorallia | 5 | ✓ | 26,117 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | ✓ |
| Aurelia aurita | Scyphozoa | 10 | ✓ | 38,009 | ✓ | ✓ | 98 | ✓ | · | · | · | 40 | 51 | · | 23 | · | ✓ |
| Aurelia aurita complex sp. Pacific | Scyphozoa | 7 | ✓ | 37,463 | ✓ | ✓ | 29 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | ✓ |
| Aurelia coerulea | Scyphozoa | 10 | ✓ | 26,778 | ✓ | ✓ | 96 | ✓ | 7 | · | · | 56 | · | · | 21 | · | ✓ |
| Aurelia sp. 3 sensu Dawson et al. (2005) | Scyphozoa | 2 | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | · | 19 | · | · |
| Aurelia sp. 4 Dawson et al 2005 | Scyphozoa | 6 | ✓ | 31,346 | ✓ | ✓ | · | · | · | · | · | · | · | · | 19 | · | ✓ |
How to read a cell. A number is the count of records of that data type held for the species (samples, peaks, occurrences, mitochondrial gene sets …) — columns: Gene models, RNA-seq, Single-cell, Proteome, Epigenome, Metagenome, Phenotype, Paleo, Mitogenome. A ✓ means the data type is present but is catalogued as a single resource rather than a set of countable records — columns: Genome, Function, Gene family, Co-expr., TE, JBrowse. A · means the data type is genuinely not available for that species in this release. Every populated cell is a link: it opens that module with the species already selected. Clicking a species name opens its species portal, which lists every resource it has on one page.
Reading the first two columns. Genome is set when the species has an assembly record (size, scaffold/contig N50, BUSCO, accession) — all 325 species have one. Gene models is set only when this database also carries the predicted gene set for that assembly, which is true for 145 species. A row whose count (#) is 1 therefore means “the assembly is catalogued here, but it has not been annotated in CnidoSite”, not “data are missing by mistake”. The matrix is rebuilt from the live database every hour; the same table is available as tab-separated text for scripted access.
